為緩解黃河流域水資源供需矛盾和黃河下遊斷流局面，國家計委和水利部頒布實施了《黃河水資源調控管理辦法》和《黃河幹流水資源分配方案》。1999年初，黃河水利委員會成立水調局，從1999年3月17日起，對黃河供水進行統壹管理和規劃。2、
管理中存在的問題表現為:實行水量統壹調度以來，雖然黃河下遊沒有再出現斷流現象，但由於黃河是資源匱乏地區，流域統壹管理十分薄弱，黃河斷流問題沒有得到根本解決。具體表現如下:
1.在管理體制上，流域機構法律地位和權限不明確，缺乏廣泛的水行政權力。根據流域機構“三定”方案，流域機構只是水利部的派出機構，不是壹級行政單位，只能在水利部授權下行使本流域內的水行政權力。既然授權了，就不可能有完整的“權力”，其因授權而產生的管理職能也肯定不會與法律確定的水行政主管部門的職能相同，其職能範圍也比後者窄得多，因此無法對本流域的水資源進行有效管理。壹個突出的例子是，為了爭奪4-6月份的黃河水，即使是黃河系統管理的引黃閘，也因地方行政幹預而時不時難以按計劃運行，使得原本並不復雜的調水變得復雜而無奈，給黃河水資源的管理增加了許多被動性和難度。
2.在用水機制上，不鼓勵節水機制，使得黃河水資源浪費嚴重。我國現有用水機制的壹個突出特點是，節水不獎，浪費不罰，少用。這樣的用水機制，讓人覺得用水量和自己的經濟利益關系不大。同時，黃河水資源費壹直沒有征收，水價偏低。此外，用水者覺得節水收益不大，甚至即使得不到任何收益也要“賠錢”。現實中，與節水成本相比，很多情況下，節水措施的成本遠低於節水措施的成本。市場經濟下，誰願意多做？所以，人們都明白，黃河水資源的供需矛盾已經嚴重影響了黃河沿岸人民的生活和工農業生產發展，但誰也不想成為節水第壹個吃螃蟹的人。所以農業灌溉還是泛濫；引黃灌區各類灌溉工程不配套，渠道、建築物老化失修，渠道襯砌狀況差，任其跑、冒、滴、漏；工業用水單位用水量高，水的重復利用率沒有提高。可以說，黃河水資源的極大浪費與我國現行的用水機制有很大關系。
3.在水資源管理方式上，仍然是簡單、粗放、低水平的。主要表現在三個方面:壹是黃河部門對黃河水資源缺乏強有力的約束機制和管理手段，難以控制和協調用戶取水，以至於取水過程中用水戶計量設施計量存在較大誤差。有的用水戶在取黃河水時甚至不安裝計量設施，用水戶隱瞞、謊報或漏報實際取水量的情況時有發生；二是基層管理人員責任心不強，在引水過程中不實際測量引水流量。有的只是目測或者幹脆坐在辦公室裏“估算”。此外，壹些基層管理人員對計量方法、計量設施的技術原理和操作程序知之甚少。第三，黃河部門只註重放水，很少真正掌握調水的目的、用水效率、超定額調水和用水戶的節水措施。這樣的管理模式難以有效、科學地管理黃河水資源的開發、利用和保護，也難以讓用戶在水資源管理和保護上真正信任和服從黃河水資源管理部門，從而使黃河部門的職責和權限無法真正到位。
4.在黃河水資源管理體制上，黃河系統仍存在“多龍治水”，管理體制尚未理順。專家們壹直呼籲對水資源進行統壹的所有權管理。當然，這個理論是針對水資源的區域管理和流域管理，但我認為還應該包括水資源的集中管理。在我們的黃河體系中，有相當多的口來“管”水，比如黃河取水許可、水量調度、水質管理權，分別屬於不同的部門。以山東局所有局機關及下屬單位為例。水政(水資源)部門和防災辦(有的局是行業管理部門，有的局是水閘部門)都從不同的角度管理黃河水資源。水行政(水資源)部門壹般負責年度取水計劃、取水許可、計劃用水統計和水費征收，要求每月填寫取水日報表，年底匯總匯總年度取水情況。防辦(有的局是行業管理部門，有的局是涵洞部門)壹般負責水量調度、水量分配、涵洞維護管理等。涵洞(虹吸管)日流量有月報，年末有涵洞數據匯編。雖然各個港口管理的側重點不同，但歸根到底都是關於水資源的管理，各個港口在管理上難免重復勞動，不僅增加了工作量，也不利於減員增效，而且在實際工作中也容易造成推諉甚至扯皮，更重要的是多部門管理影響了水資源管理的成效。
5.關於黃河水資源管理的法律保障，立法滯後，配套法規不健全。因為黃河實行流域管理，黃河水利委員會只是水利部的壹個派出機構。在制定相關法規政策時，既不靠政府，也不靠任何人。因此，相關法規政策的制定和頒布往往相對滯後，難度很大，使得黃河水資源的開發、利用、管理和保護缺乏有力的法律依據。最典型的例子就是黃河水資源費征收的法律依據。新水法規定“實行取水許可制度，水資源費征收管理的具體辦法由國務院制定”。新水法頒布實施已近兩年，黃河水資源費的征收尚無相關規定。
壹些建議或意見
1.依法確認流域機構的法律地位和權限，理順黃河水資源管理體制。由於流域機構在法律上沒有明確的法律地位和權限，缺乏完整意義上的水行政管理權，這對黃河水資源的管理十分不利，對黃河的水量分配、水質保護和開發利用造成很大的被動性。當初國家設立流域機構是為了更好的管理流域水資源。現在因為缺乏流域機構的法定“名稱”，流域水資源管理受到影響和約束，應該通過法定程序給它壹個“名稱”。針對黃河斷流、水資源供需矛盾日益突出等問題，專家們早就呼籲建立以流域為單位的水資源保護統壹管理體系。實行水資源統壹權屬管理，實現防洪、供水、用水、蓄水、節水、排水、水資源保護、汙水處理與回用、地下水回灌壹體化管理。在建立這壹管理體系的同時，要加強管理，完善約束機制，對內全面提高水資源管理人員的素質，對外加強用水監督檢查，建立壹套用水需求-供水-取水-用水調查(報告)的程序。只有這樣，中國有限的水資源才能得到有效合理的利用，緩解水危機的矛盾。針對黃河水系多口治水的情況，建議有關部門盡快理順，該合並的港口合並，該集中的權力集中，真正建立上下理順、對口管理、權責明確、權限清晰的黃河水資源管理體制。
2.堅持開源與節流並重，把節水放在首位。黃河多年平均徑流量已確定，黃河水資源矛盾越來越突出。為了增加黃河可利用的水資源，利用多種水源，建設南水北調工程，不無道理。但是，俗話說“是權宜之計，無奈之舉。黃河作為中國第二長河，必須開發利用其水資源。如前所述，黃河水資源浪費嚴重，農業用水占總用水量的92%，節水潛力巨大。因此，我們應該把節約用水放在首位，完善用水機制，對各種用水實行定額管理，對超定額用水實行累進加價，對浪費水資源實行懲罰性水價，表彰和獎勵優秀節水者，提高水資源利用率，特別是農業用水利用率，積極建設噴灌、微灌和滴灌設施，積極推廣節水設施和技術，同時加強對新建和改建項目的監管。敦促他們使用國家指定的節水產品，使節水行動進入每個行業和每個領域，采取有效措施防止黃河水質受到汙染，並從堅持可持續發展戰略的角度管理水資源。
3.建立健全黃河水資源管理的法律法規，為黃河水資源管理提供法律依據。目前黃河水資源管理和保護的法律法規少，不配套，難以真正實現“依法治河”、“依法治水”。此外，由於地方保護主義的存在，很難出臺壹些關於黃河水資源管理的法律法規。黃河是我們中華民族的黃河。我們應該在依靠行政和經濟手段的同時，通過法律來管理它。因此，應盡快出臺《流域法》、《黃河法》、《水資源管理條例》、《黃河水資源費征收辦法》、《黃河地下水資源管理辦法》、《黃河水資源保護管理辦法》、《黃河水統壹調度辦法》，為黃河水資源管理提供法律依據，讓黃河永遠造福中華民族。