市、縣(市、區)人民政府應當每年向本級人民代表大會及其常務委員會報告水環境保護工作。
鄉(鎮)人民政府、街道辦事處應當加強轄區內的水環境保護工作，配合有關部門做好水環境保護的監督管理工作。發現水環境違法行為，應當予以制止；對嚴重的水環境違法行為，及時通報負有水環境保護監督管理職責的部門。第五條政府有關部門應當按照下列職責分工，做好水環境保護工作:
(壹)生態環境主管部門負責水環境保護工作的統壹指導和監督管理，並對企業事業單位和其他生產經營者(以下簡稱排汙單位)排放汙染物的行為進行監督管理；
(二)自然資源主管部門負責地下水超采的監督管理，並負責生態公益林和濕地的保護管理；
(三)住房城鄉建設主管部門負責城鎮汙水處理設施的建設、管理和指導，實施城鎮黑臭水體治理；
(四)水行政主管部門負責水資源保護的監督管理；
(五)農業農村主管部門負責畜禽養殖、養殖和屠宰中病死動物無害化處理的監督管理；
(六)發展改革、經濟和信息化、教育、公安、交通運輸、衛生、市場監督管理、應急管理、文化和旅遊等有關部門應當根據有關法律、法規和本條例的規定以及市、縣(市、區)人民政府確定的職責分工履行職責。
實行綜合行政執法的地區，與水環境保護有關的行政處罰和與行政處罰有關的行政強制措施，由綜合行政執法部門依法實施。第六條水環境保護實行目標責任制和考核制。市、縣(市、區)人民政府應當根據本行政區域的水環境保護目標制定年度考核指標。考核指標應當包括水汙染防治、水生態保護任務和水環境質量改善目標完成情況。評估結果向社會公布。第七條排汙單位應當承擔水環境保護責任，嚴格執行環境保護法律、法規和制度，加強汙染治理，推行清潔生產，防止和減少水環境汙染和生態破壞，並對造成的損害依法承擔責任。第八條任何單位和個人都有保護水環境的義務，並有權檢舉破壞水環境的行為。市生態環境主管部門應當公布全市統壹的舉報電話、網上舉報平臺和電子郵箱，方便公眾舉報。相關監督管理部門接到舉報後，應當及時調查處理，並將實名舉報的處理結果反饋舉報人。舉報經查證屬實的，有關部門應當按照規定給予獎勵。
鼓勵公民、法人和其他組織通過捐贈、資助和誌願服務等方式參與水環境保護活動，支持水環境保護公益事業。
村(居)民委員會可以依法組織制定村規民約、居民公約，明確垃圾收集、水面保潔、環境綠化、民主監督和獎懲機制等相關權利義務，引導村(居)民參與水環境保護活動。第九條各級人民政府和有關部門應當加強水環境保護的宣傳、培訓、教育和指導，鼓勵和支持水汙染防治的公共管理和科學技術研究，推廣先進適用的水汙染防治技術和設備，完善水質自動監測系統和長效管理運行機制。第二章汙染防治第十條市、縣(市、區)人民政府應當按照國家和省有關市場準入的限制性和禁止性規定，明確本行政區域內的產業準入要求，嚴格限制和禁止不符合生態環境功能定位的產業項目，優化產業布局，淘汰高汙染落後產能，發展綠色經濟，從源頭上控制和減少對水環境的汙染。第十壹條排汙單位排放水汙染物，應當符合省水汙染物排放標準；省內汙染物排放標準沒有規定的，應當符合國家標準。
市人民政府可以根據水環境保護的需要，報請省人民政府制定嚴於國家和省規定的水汙染物排放標準。