制定本系統年度工作計劃和相關工作制度；起草和審核重要文稿；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼等工作；承辦稅務宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收科學研究和學術交流；辦理NPC代表和CPPCC委員建議的有關事宜。
(2)政策法規科
組織實施綜合稅收政策；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦局外綜合性稅收政策文件工作；承辦重大稅務案件的審理；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查，承擔稅收執法質量評估；配合財政、審計等部門對稅務部門進行監督和審計。
(3)商品及服務稅科
組織實施增值稅、消費稅和車輛購置稅的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估和稅源管理；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
(4)所得稅部分
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理，制定具體的征收管理實施辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等措施；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與與稅收有關的納稅輔導、咨詢服務和稅收法律救濟工作。
(5)收入會計科
牽頭編制年度稅收計劃、出口退(免)稅計劃，下達年度免(免)稅轉移計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用。
(6)納稅服務科
組織、協調、指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅務糾紛的調解；負責12366熱線、網站納稅服務專欄、短信系統的運營管理。
(7)收款管理科
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；組織實施綜合納稅評估方法，承擔稅收征管質量評估、風險管理和稅收征管因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、稅控工具推廣應用等相關工作。組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度；監督註冊稅務師管理制度的實施。
(8)財務管理科
組織實施會計核算基本規範，分析評估稅收成本；組織實施國庫集中支付，辦理具體支付事項；承擔本系統的基本建設、資產管理、政府采購和著裝管理；組織實施財務管理、基本建設項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計。
(9)人事科
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔對下壹級領導班子和領導後備幹部的管理、考核和監督；監督檢查本系統幹部人事規章制度的執行情況；制定年度檢查工作計劃，組織檢查工作。
(10)教育組
組織實施本系統的思想政治工作、精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估；指導黨建、工會、* *團委、婦委會工作。
(11)監督辦公室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；監督檢查下級領導班子及其成員執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設責任制和勤政廉政建設的情況；組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本系統工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作。
(12)國際稅務管理科
承擔有關稅收法律法規和國(地區)間稅收協定、安排的具體實施；組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；管理機關和系統的外事工作。
(13)進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理，制定稅收管理的具體實施辦法；承辦出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；組織對進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合相關部門開展反騙取出口退稅工作。
機關黨委辦公室負責機關及直屬單位的黨群工作；承辦機關的思想政治工作和精神文明建設；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作；協調政府工作人員、青年和婦女的工作。
離退休幹部處承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，指導本系統的離退休幹部工作。稽查局級別為副處級，車購稅征收管理分局和直屬稅務分局級別為科級。
(1)檢驗局
組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的調查、審理和執行；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；承擔金稅工程發票調查工作；牽頭組織稅收專項檢查。
稽查局內設機構的名稱、數量、級別、職責按照《江西省國家稅務局關於規範九江市國家稅務局系統稽查機構設置和職責分工的意見》(贛國稅發〔2008〕138號)設置。
(2)車輛購置稅征收管理分局
組織實施車輛購置稅征收管理規章制度和規範性文件；承擔車輛購置稅的稅源管理、納稅評估、日常稽查和納稅服務；承擔車輛稅收的綜合管理工作；就各類車輛的最低應課稅價值提出建議；管理車輛購置稅票。
車輛購置稅征管分局內設綜合股、征管股、綜合業務股三個內設機構，級別為正股。
(3)直屬稅務局
承擔納稅申報核查、稅源管理、納稅評估、日常檢查、納稅服務、催繳稅和壹般違法行為處理等工作；承擔為大型企業提供納稅服務的工作；承擔大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查；承擔匯總納稅企業日常稅務檢查的相關工作。
直屬稅務局，內設八個機構，分別是:綜合股、稅收管理股、征收管理股、收入核算股、納稅服務科(納稅服務科)、稅源管理壹科、稅源管理二科、納稅評估科。(1)信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，落實信息系統管理制度和技術標準；承擔本系統信息化建設的技術支持和保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織本系統的信息安全管理和實施。
(2)代理服務中心
承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度並組織實施；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；參與機構後勤系統的改革；指導本系統的物流服務。
(3)票務中心
承擔稅務憑證、增值稅專用發票和普通發票的管理工作。
九江市國家稅務局下設潯陽區、廬山區、永修縣、德安縣、九江縣、修水縣、武寧縣、瑞昌市、都昌縣、湖口縣、彭澤縣、幸子縣國家稅務局，為科級；九江經濟開發區，九江廬山風景名勝區國家稅務局，* * *青城經濟開發區國家稅務局，級別是副處級。