1.根據《中華人民共和國稅收征管法》第三十五條第六款規定，稅務機關有權核定其應納稅額的情形之壹是“納稅人申報的計稅依據明顯偏低且無正當理由的。”第三十六條:“外國企業在中國境內設立的從事生產、經營的企業、機構、場所與其關聯企業之間的業務往來，按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用；不按照業務往來收取或者支付價款、費用，減少其應納稅所得額或者收入額的，稅務機關有權進行合理調整。”上述兩項在增值稅的日常征管中已經顯示出法律條文制定的缺陷。例如，企業A是增值稅納稅人和關聯企業，企業A是廢舊物資收購企業，符合免征增值稅的所有條件。企業B為增值稅壹般納稅人，企業A通過加價以高於無關聯第三方的價格銷售給企業B。B企業取得A企業依法開具的65，438+00%的廢舊物資收購專用發票計算抵扣進項稅額。《稅收征管法》第三十五條第六款、第三十六條沒有明確規定“計稅依據明顯偏高且無正當理由”的情形。在增值稅征管過程中，沒有法律依據對A企業進行查處，也沒有B企業轉移進項稅的相關規定。2.納稅人外出經營活動時間限制的設定容易出現問題。根據《稅收征管法實施細則》第21條規定，“從事生產、經營的納稅人在同壹場所外出經營超過180日的，應當在經營地辦理稅務登記手續。”國稅發[2003]47號也將細則第21條解釋為“自納稅人在同壹縣(市)實際經營或者提供勞務之日起，連續12個月內累計超過180日的。”上述規定在實際稅務工作中很尷尬。首先，它們不符合國際慣例。第二，按照公歷，平均半年是181天或184天。第三，納稅人在179天的累計期限內停止營業並在181開始營業或恢復營業，只能從開始算起。
二、總局規範性文件與行政法規相抵觸。
根據《稅收征管法》第二十三條“國家根據稅收征管的需要，積極推廣使用稅控裝置，納稅人應當按照規定安裝、使用稅控裝置，不得損壞或者擅自改動稅控裝置”，說明法律賦予稅務機關推廣使用稅控裝置的權利，因此2005年1月16號規範性文件，國家稅務總局(2000)183號規定“自2000年6月65438+10月起，同時可以按從購貨取得的專用發票上註明的稅額抵扣增值稅銷項稅額。但《中華人民共和國增值稅暫行條例》第10條規定，“購進固定資產”不得從銷項稅額中扣除。顯然，總局的規範性文件與行政法規相沖突。在實際稅收工作中，用“適當減輕使用稅控系統企業的經濟負擔”來解釋，也是行政法規滯後於稅收征管需要的無奈之舉
三、“三小票”中增值稅抵扣的設計。
具體表現為:1、“交通運輸發票”、“農副產品統壹收購專用發票”、“廢舊物資統壹收購專用發票”均為手工開具。沒有統壹的國家標準，也沒有有效的防偽措施，很容易被偽開復制，真假難辨，商家真假難辨。同時還有大量的現金交易。2.專項檢查中發現，“三小收據”已由單壹的商業企業逐步向生產企業蔓延，導致增值稅納稅人由零申報、負面申報向低稅負正常申報轉變，如“鐵本”案、淮安“2.26”案、河南“許昌”案等。這些特大案件的發生，不得不使我們從外部和內部管理以及“三小收據”中扣除進項稅。
四、如何處理企業的庫存商品引起爭議。
稅收征管中如何處理企業的庫存商品？基層壹線人員普遍感到困惑或尷尬，表現在以下幾個方面:1。對於尚未銷售的庫存商品，有人認為生產企業按6%的稅率征收增值稅，商業企業按4%的稅率征收增值稅；有人認為，未售出的庫存商品已由企業在購買時全額抵扣，應按其適用稅率將進項稅轉出繳納增值稅。不存在重復納稅，但實踐中這種做法沒有法律依據。2.有人認為稅務機關應先將這部分未售出的庫存商品作為進項稅轉讓以補繳增值稅，再批準其註銷，也有人認為不應作為進項稅轉讓，其庫存商品留給自然人處置，可能導致惡意註銷。3.對於變更稅務機關的納稅人，有人認為，如果在註銷稅單上註明其存貨，納稅人必須向遷入地稅務機關提供這些信息，遷出地稅務機關也可以將其存貨在網上公布給擬遷入地稅務機關，以便遷入地稅務機關進行管理。
五、新辦商貿企業界定為增值稅壹般納稅人。
將增值稅納稅人劃分為壹般納稅人和小規模納稅人，十多年來在稅收征管和組織方面發揮了積極作用。但隨著我國加入WTO，全國範圍內推行防偽稅控開票的進程加快，《行政許可法》已於7月1日開始實施。從納稅人的角度來說，對納稅人進行分類是歧視性的。特別是新設立的商業企業進行預認定，各地在實際操作中界定的標準有所不同，具體如下:1，預認定壹年後，未達到合法銷售標準的，不具備國家稅務總局所列五種情形之壹，同時已上防偽稅控系統的，部分地方保留其資格；有的地方會被取消資格；2、由於需要工商、技術監督局等部門配合，又由於地方各級政府和招商辦的原因，進口商業企業的註冊地往往與實際經營地不壹致，有的在同壹個縣或同壹個市(區)，有的地方是預認可，有的地方是不認可；3.有的地方新設立的小商貿企業，自稅務登記之日起壹年內實際銷售額達到654.38+0.8萬元，才能申請壹般納稅人資格認定。在被認定為壹般納稅人之前，按小規模納稅人管理，實行導師制期限管理制度。輔導期結束後，經主管稅務機關批準，可轉為正式壹般納稅人，按正常壹般納稅人管理。4.有的地方新設立的有固定經營場所和實物的商業、銷售企業，以及新設立的註冊資本500萬元以上、從業人員50人以上的大中型商業、銷售企業，在辦理稅務登記時可以認定為壹般納稅人，直接進入輔導期，按壹般納稅人管理。輔導期結束後，可轉為正式普通納稅人，按正常普通納稅人管理。
同時，經營規模大，有固定的經營場所，有固定的商品購銷渠道，有完善的管理和會計制度的大中型商業企業。輔導期不壹定要實行壹般納稅人管理，直接按照正常的壹般納稅人管理。
上述定義標準已經到了需要制定全國統壹標準的時候，或者將具體標準的制定工作委托給省局壹級。
六、評估增值稅及時申報率只能是權宜之計。對基層稅務機關增值稅準及時申報率進行考核只是壹種內部管理措施，在現行征管模式下確實起到了積極作用。但從稅法的角度來說，既然法律賦予了納稅人按時如實申報的義務，那麽如果納稅人超越法律規定，逾期申報，就應該由稅務機關給予相應的行政處罰，起到懲戒作用，同時稅務機關也要做好督促其申報繳納的工作。在依法治國、依法治稅的今天，設定準報率的考核指標，是對基層執法缺乏信心的表現，而不是責怪納稅人。
七是現行征管模式存在弊端。目前基於計算機的征管模式是正確的，跨區域集中征收在實施初期是成功的。隨著改革的深入，出現了以下弊端:壹是7月1日實施的《行政許可法》要求納稅人從壹個行政區域到另壹個行政區域申報納稅的改革，容易出現排長隊的現象，增加了納稅人相應的成本；二是征管碎片化，信息資源無法完全享受；第三是條塊分割。存在對轄區內納稅人管理弱化、責任不清的情況。管理分局的電影管理人員疲於應付6.0版本的工作流程，對轄區內納稅人的生產經營、貨幣資金使用、稅收負擔、發票使用等情況遠不熟悉，容易導致監管不力，被追究行政執法過錯責任。