第壹，兩者的適用對象不同。
對於勞動合同，適用對象主要體現在《勞動合同法》第二條。中國境內的企業、個體經濟組織、民辦非企業單位和其他組織(以下統稱用人單位)與勞動者建立勞動關系，訂立、履行、變更、解除或者終止勞動合同，適用本法。國家機關、事業單位、社會團體和與之建立勞動關系的勞動者，應當依照本法訂立、履行、變更、解除或者終止勞動合同。
關於聘用合同，其適用對象主要體現在《必要事業單位聘用合同管理辦法》第二條。事業單位聘用合同制是指事業單位與職工根據國家有關法律、法規、規章和政策，在平等自願、協商壹致的基礎上簽訂聘用合同，確定聘用關系，明確雙方權利和義務的人事管理制度。
第二，兩者的就業招聘方式不同。
勞動合同的簽訂沒有嚴格的程序要求。根據《勞動合同法》第七條規定，用人單位自用工之日起與勞動者建立勞動關系。用人單位應當建立員工名冊備查。第八條用人單位招用勞動者時，應當如實告知勞動者其工作內容、工作條件、工作場所、職業危害、安全生產條件、勞動報酬以及勞動者要求了解的其他信息；用人單位有權了解與勞動合同直接相關的基本信息，勞動者應當如實說明。
雇傭合同關系的建立有嚴格的招聘程序。《辦法》第七條規定，事業單位應當按照科學合理、精簡高效的原則設置崗位，根據國家有關規定和本單位實際情況確定崗位工資。機構編制部門核定人員編制的事業單位，應當定崗定編，不得超過核定的人員編制數額。第八條聘用人員的基本程序是:
(壹)公布聘用崗位及其職責、應聘條件、工資待遇等事項；
(2)申請人申請就業；
(3)聘用機構對應聘人員的資格和條件進行初審；
(四)聘用機構對初審合格的應聘人員進行考試或考核，擇優錄用；
(五)聘用單位負責集體討論確定受聘人員；
(6)聘用單位法定代表人或其委托代理人與受聘人員簽訂聘用合同。
三、根據合同期限分類的特點不盡相同。
根據《勞動合同法》第十二條規定，勞動合同分為固定期限勞動合同、無固定期限勞動合同和以完成壹定工作任務為期限的勞動合同。
根據《北京市事業單位聘用合同制試行辦法》第十五條規定，聘用合同分為以完成壹定工作為期限的短期、中期和長期合同。流動性強、技術含量低的崗位壹般簽訂3年以下的短期合同；相對期限較長的合同，是指因崗位或職業需要而簽訂的中長期合同；以完成壹定工作為期限的合同，合同期限根據工作任務確定。合同最長期限不得超過候選人達到國家規定的退休年齡時的年限。
第四，簽訂安全合同的條件不盡相同。
勞動合同中的保障性合同是從簽訂到退休的合同；而勞動合同的保障性合同是(無固定期限勞動合同)。兩者的簽約條件不同。
對於勞動合同的簽訂者來說，如果要簽訂無固定期限的勞動合同，根據《勞動合同法》第13條規定，用人單位與勞動者協商壹致可以簽訂有固定期限的勞動合同。第14條勞動者在用人單位連續工作滿十年的；用人單位首次實行勞動合同制或者國有企業改制訂立新的勞動合同時，勞動者在用人單位連續工作滿十年，距法定退休年齡不足十年的；連續訂立兩個固定期限勞動合同，勞動者沒有本法第三十九條、第四十條第壹款、第二款規定的情形，續訂勞動合同的。用人單位自用工之日起壹年內未與勞動者訂立書面勞動合同的，視為用人單位與勞動者訂立無固定期限勞動合同。
對於聘用合同的簽訂人，想簽訂期限至退休的聘用合同，根據《辦法》第十六條，被聘用人員在本單位工作滿25年或者連續工作滿10年，且年齡距國家規定的退休年齡不足10年的，提出簽訂聘用至退休合同的，聘用單位應當與其簽訂。
五、對違約責任的規定不盡相同。
就勞動合同而言，根據《勞動合同法》第二十二條，勞動者違反服務期約定的，應當按照約定向用人單位支付違約金。違約金的金額不得超過用人單位提供的培訓費用。用人單位要求勞動者支付的違約金不得超過服務期未完成部分應分攤的培訓費用。第二十三條對負有保密義務的勞動者，用人單位可以與勞動者在勞動合同或者保密協議中約定競業限制條款，約定勞動合同解除或者終止後，在競業限制期內按月向勞動者支付經濟補償金。
關於聘用合同，根據《辦法》第四十三條，違約金數額由雙方在聘用合同中約定。未在聘用合同中約定，但造成可計算的經濟損失的，責任人應按實際損失承擔經濟賠償責任；第四十四條勞動者經用人單位出資培訓後解除勞動合同的，應當在勞動合同中約定培訓費用的補償，勞動者解除勞動合同的，由用人單位出資的勞動者承擔培訓違約金；聘用單位解除合同的，受聘人員不承擔培訓違約金。
六、發包人可以單方解除合同的條件不盡相同。
關於勞動合同，根據《勞動合同法》第三十九條規定，有下列情形之壹的，用人單位可以解除勞動合同:
(壹)在試用期內，被證明不符合錄用條件的；
(二)嚴重違反用人單位規章制度的；
(三)嚴重失職、營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；
(四)勞動者同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出拒不改正的；
(五)因本法第二十六條第壹款第壹項規定的情形致使勞動合同無效的；
(六)被依法追究刑事責任的。
第四十條有下列情形之壹的，用人單位提前三十日以書面形式通知勞動者或者額外支付勞動者壹個月工資後，可以解除勞動合同:
(壹)職工患病或者非因工負傷，在規定的醫療期滿後，不能從事原工作也不能從事由用人單位安排的其他工作的；
(二)勞動者不能勝任工作，經過培訓或者調整工作崗位，仍不能勝任工作的；
(三)勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使勞動合同無法履行，經用人單位與勞動者協商不能就變更勞動合同內容達成協議的。
第41條有下列情形之壹，需要裁減20人以上或者不足20人，但占本企業職工總數10%以上的，用人單位應當提前30日向工會或者全體職工說明情況，在聽取工會或者職工意見後，可以將裁減人員方案報勞動行政部門:
(壹)符合企業破產法的規定；
(二)生產經營發生嚴重困難；
(三)企業發生生產變化、重大技術革新或者經營方式調整，變更勞動合同後仍需裁減人員的；
(四)勞動合同訂立時所依據的客觀經濟情況發生其他重大變化，致使勞動合同無法履行的。
勞動合同方面，根據《辦法》第二十七條規定錄用的員工有下列情形之壹的，用人單位可以隨時單方解除勞動合同:
(壹)試用期內不符合本崗位要求，不同意調整工作崗位的；
(二)連續曠工10個工作日以上或者1年內累計曠工20個工作日以上的；
(三)未經聘用單位同意，擅自出國或超過出國期限的；
(四)違反工作規定或操作規程，發生事故，或玩忽職守，造成嚴重後果的；
(五)嚴重擾亂工作秩序，使用人單位和其他單位的工作不能正常進行的；
(六)被判處有期徒刑以上，正在收監執行，或者被勞動教養的；
(七)國家法律法規規定的其他情形。
第二十八條有下列情形之壹的，用人單位可以單方解除勞動合同，但應當提前30日以書面形式通知被辭退的勞動者:
(壹)職工患病或者非因工負傷，醫療期滿後，不能從事原工作或者由用人單位安排的其他工作的；
(二)被聘用人員年度考核或者聘期考核不合格，且不同意聘用單位調整崗位，或者到新崗位後仍考核不合格的；
(三)勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使勞動合同無法履行，經當事人協商不能就變更勞動合同達成協議，或者勞動者不服從其他安排的。
七、解除合同的賠償標準不盡相同。
解除勞動合同的補償標準:根據《勞動合同法》第四十七條規定，經濟補償金按照勞動者在本單位工作每滿壹年發壹個月工資的標準支付。
六個月以上不滿壹年的，按壹年計算；不滿六個月的，向勞動者支付半個月工資的經濟補償。勞動者月工資高於用人單位所在地直轄市或者設區的市人民政府公布的當地職工月平均工資3倍的，向勞動者支付經濟補償的標準為勞動者月平均工資的3倍，向勞動者支付經濟補償的期限最長不超過12年。本條所稱月工資是指勞動者在勞動合同解除或者終止前十二個月的平均工資。
解除聘用合同的補償標準:根據《辦法》第四十五條規定，被辭退人員在本單位工作每滿1年，支付本人月平均工資1個月。月平均工資在本市事業單位3倍以上的，按3倍計算。
八、解除合同的經濟補償不壹樣。
關於解除勞動合同，有《勞動合同法》第四十六條規定的下列情形之壹的，用人單位應當向勞動者支付經濟補償:
(五)除用人單位維持或者提高勞動合同約定的條件續訂勞動合同，勞動者不同意續訂的以外，依照本法第四十四條第壹款的規定終止固定期限勞動合同的；
(六)依照本法第四十四條第四項、第五項的規定終止勞動合同的；
對於解除勞動合同，沒有關於經濟補償的相關規定。
九、兩者就業管理不同。
勞動合同簽訂後，用人單位對員工的管理主要依據雙方簽訂的勞動合同。
關於聘用合同，用人單位對員工的管理，除了依據雙方簽訂的勞動合同外，還依據《辦法》第四十六條。用人單位應當按照聘用合同加強對受聘人員的聘後管理和考核。考核必須堅持客觀公正的原則，實行領導考核與群眾評議相結合、考核成績與考核態度相統壹的方法。
考核內容應符合崗位的實際需要。考核結果分為優秀、合格、基本合格、不合格四個等級。在群眾意見和被聘用人員領導意見的基礎上，由聘用組織提出考核等次意見，報聘用單位負責人員集體決定。
第四十七條聘用單位應當將被聘用人員的考核結果作為續聘、解聘、崗位調整、職務升降、工資待遇和獎懲的依據。
如果簽訂聘用合同和勞動合同被不當對待，可以通過法律途徑維權，具體可以咨詢律師。