摩根碰巧遇到了易洛魁部落聯盟塞內卡部落壹個首領的兒子帕克，經帕克介紹認識。他結識了部落首領，能夠直接了解印度社會的內部情況和他們的鬥爭歷史，接觸到印第安人的實際問題。
當時美國政府正在用各種手段侵占印第安人的土地。壹家名為Ogden的房地產公司誘使Seneca部落的領導人簽署了壹份出售其土地的條約，並強迫印第安人遷移到中西部的貧瘠保留地。易洛魁人為生存的權利進行了頑強的鬥爭。“大易洛魁社會”的年輕人籌集資金，幫助印第安人前往華盛頓，向國會和總統要求廢除該條約。摩根努力為印第安人工作，真誠地希望使他們成為美國的平等成員。後來，印第安人終於被允許買回被剝奪的土地。
1846 10年底，摩根和他的兩個朋友拜訪了易洛魁的塞內卡部落。由於他們的堅決要求，他被接納為塞內卡部落鷹氏族的壹員，成為該氏族的養子。從那以後，摩根經常去易洛魁人的聚居地。他不僅詳細調查了易洛魁人的氏族、胞族、部落和部落聯盟的結構、經濟和社會生活，而且他的鷹族成員身份使他能夠了解他們最秘密的、他從未向外人透露的習俗和儀式。在幾年的時間裏，他獲得了許多關於印第安人的知識，並不知疲倦地寫了壹篇又壹篇關於印第安人的文章。在此基礎上，1851出版了他的第壹部代表作《易洛魁聯盟》。這本書追溯了易洛魁人的歷史，詳細描述了他們的宗教、社會組織、家庭、習俗、經濟和語言，並以對印第安人命運的討論結束。該書以聯盟內部組織結構為主題，全面描述了印第安人淳樸樸素的原始氏族社會，與之前壹些浸透了殖民者反動觀點和偏見的作品形成鮮明對比。這本書使摩根獲得了很高的聲譽。幾十年後，人們仍然認為它是世界上第壹本關於印第安人的科學著作，也是關於易洛魁人的最好的書。即使在今天，它仍然是壹部珍貴的民族學傑作。
在《易洛魁聯盟》出版的1851年，摩根和他的表妹結婚了。此時他33歲。在隨後的5年裏，他暫時中止了對印第安人的研究，將全部精力投入到律師業務中，因為對印第安人的研究占據了他大量的業務時間。然而，他始終無法忘記印第安人，無法抑制自己繼續研究印第安人的強烈願望。從1857開始，他開始了新的探索。
摩根早就註意到易洛魁人的親屬制度與他們實際的家庭關系相矛盾。比如叫妳爸爸和他哥哥爸爸，叫妳媽媽和她姐姐媽媽等等。他想尋求規律，找到正確答案。他調查了蘇西、吉布瓦等部落的親屬稱謂，通過傳教士和旅行者獲得了美國西部、加拿大和美洲的壹些印第安部落以及阿拉斯加的愛斯基摩人的信息，發現易洛魁人的親屬制度並不是孤立的現象。他逐漸形成了這樣的觀念:易洛魁人的親屬制度在美洲的其他印第安部落中也存在，他們同源，可能來自亞洲。如果我們在亞洲的土著民族中發現與印度人相同的親屬制度，我們就可以證實這個論點。為此，他進行了長期、廣泛、深入的調查研究。
從1859開始，四年來，摩根每年夏天都去印第安地區。前兩年去了堪薩斯中部和內布拉斯加，1861去了明尼蘇達北部，1862沿著密蘇裏河從堪薩斯向北到西北。摩爾根的四次調查不僅研究了印第安人的親屬制度和社會結構，而且對許多部落的社會生活的各個方面進行了全面的調查。這是摩爾根日後許多傑出發現的事實基礎。在各種保留地，摩爾根目睹了印第安人的悲慘境遇，對資本主義殖民政策造成的災難深感憤怒。後來，他寫信給亞伯拉罕·林肯總統和拉瑟福德·伯查德·海斯總統，提出修改印第安人政策和改善他們處境的建議，但沒有結果。在旅途中，他寫下了許多調查筆記。1859年在美國出版的《摩根印度雜誌》(1859—1862)就是這四次旅行的記錄。
摩根是壹位忠誠的科學研究者，他尊重客觀事實，認真細致。對於受訪者提供的信息，他很註意區分親身經歷的第壹手信息和道聽途說的信息。他不滿足於聽，更註重直接觀察。他所描述的大部分印度習俗、儀式和遊戲都是他親眼所見的真實情況。摩根經過長期的實地調查，觀察敏銳，判斷準確。那些反對他的人總是竭力挑他的毛病，尤其是他對事實的調查，但事實證明錯的是他們自己，而不是摩根。
除了實地調查之外，摩根還采用了壹種獨特的調查方法。他精心設計了壹份詳細的調查表，通過美國大使館、傳教士和世界各地的相關人士，發往世界各地，調查當地的民族。這壹大範圍的調查持續了10年，為摩爾根提供了大量豐富的信息。隨著信息的積累，問題越來越清晰，不尋常的發現常常讓摩根異常興奮。他有時甚至會關閉律所，沈浸在自己想解決的問題中。
通過各種形式的調查，摩爾根掌握了世界各國近200種親屬制度資料。他在他的藏書室裏，日以繼夜地伏案寫作。1865年，他完成了自己的第二部重要著作《人類家庭的親屬關系和公婆制度》，由於出版社的延遲，該書推遲到1871年出版。摩爾根對親屬制度的研究本來是為了解決印第安人的來源問題，但研究的結果卻使他取得了比原先想象的大得多的成就。在19世紀60年代之前，沒有人研究過人類家庭的歷史。1861年，巴庫芬發表了《母性論》，提出了人類是從雜交發展到壹夫壹妻制的觀點，早期的原始時代是母系氏族制，但他沒有明確表達這些觀點，認為這些變化是宗教觀念發展的結果。摩爾根在他的書中用大量的新材料系統地提出了家族進化理論，建立了人類家族發展史，家族史是人類社會史的組成部分。在他看來，階級社會的壹夫壹妻制是通過群婚的階段和不同形式從雜交狀態，並通過對偶婚的階段來實現的。這徹底推翻了以往歷史學家認為家庭永遠是社會的細胞，壹夫壹妻制個體家庭自古就有的理論。人種學家認為，摩爾根對親屬制度的研究是開創性的，史無前例的。
20世紀60年代，達爾文的《物種起源》(1859)發表，在自然科學和社會科學中都引起了強烈反響。人們試圖用進化論來解釋社會。起初，摩根傾向於物種不變的觀點。經過長期的科學研究，特別是在原始社會領域，他完全接受了達爾文的進化論，並進壹步提出了人類社會進化論。為了研究社會進化，摩爾根研究了海貍的活動。連續幾個夏天，在密歇根半島的森林和沼澤裏，我長時間觀察海貍是如何合作築堰築窩的。《美國海貍及其活動》出版於1868。他將海貍築壩築巢的活動與人類最原始的發明相比較，研究了人與動物的區別，提出了人類與動物有區別但又不完全不同的觀點。
20世紀60年代末，摩根被選入州議會。他向議會提議增加對印度教育的撥款，並提交了各種針對印度人的抗議。
1870年6月，摩根帶著妻子和兒子去了歐洲，進行了14個月的長途旅行。他白天孜孜不倦地參觀歷史遺跡，晚上做筆記，寫很長時間的文章。美國在20世紀30年代出版的摩爾根的《歐洲旅行日記》是部分記錄之壹。在這次旅行中，摩爾根結識了當時歐洲的壹些著名學者。在倫敦，他愉快地結識了達爾文，還結識了赫胥黎和著名的同事，如亨利·梅恩、麥克倫南和盧伯克。後兩者在幾年後對摩根發起了猛烈的攻擊。摩爾根到達巴黎時，事情發生在巴黎公社起義失敗後不久，他對革命口號和街道上槍林彈雨的痕跡印象深刻。他對公社社員的英勇鬥爭深表同情。
從1871到1877，摩爾根致力於撰寫他壹生中最重要的壹本書《古代社會》，並為此發表了壹系列預備論文。《古代社會》出版於1877。這本書研究了人類從野蠻到文明的發展過程，從四個方面展示了人類從低級發展到高級，步入文明的門檻。首先是發明和發現，描述了人類的經濟和文化發展，以及在尋求生活資料的方式上的不斷進步。二是政治理念的發展，明確了人類社會組織已經從氏族制度發展到國家生產。三是家庭婚姻概念的發展，論述了家庭婚姻的歷史，進壹步發展了他以前的家庭進化論。四是財產概念的發展，闡述了財產的歷史。財產從公有發展到私有，私有財產導致了階級社會的產生。
19世紀中葉以前，人們對原始社會的社會組織幾乎壹無所知，各種錯誤的理論大行其道。摩爾根通過研究易洛魁等印第安部落、希臘羅馬以及其他民族的氏族組織的古代史，揭示了氏族的本質，指出氏族是原始社會的基本細胞，是沒有階級和國家的原始時代的社會組織。摩爾根的氏族制度理論為研究原始社會歷史奠定了基礎。摩爾根在印第安人中的實地調查和從世界各民族中收集的親屬制度信息，使他能夠確定母系氏族優先於父系氏族。恩格斯對此給予高度評價，指出摩爾根關於原始母系氏族是壹切文明民族的父系氏族之前的階段的重新發現，對於原始歷史的意義，就如同達爾文的進化論對於生物學，馬克思的剩余價值理論對於政治經濟學壹樣。
摩爾根晚年身體不好，但在1878年夏天，他在侄子的陪同下，到科羅拉多州和新墨西哥州做了壹次短暫的旅行，參觀了壹些考古遺址，參觀了印第安人的村莊。那些閃耀著古代光輝的遺物引起了摩爾根的極大興趣，點燃了這位年老體弱學者的新生命。他寫的最後壹本書《美洲土著的住房和居住生活》，出版於1881。該書系統地描述了印度住房的發展過程，並將這壹過程與他們的社會發展聯系起來。
長時間的實地調查、艱苦的探索、艱苦的寫作，嚴重損傷了摩爾根的神經。身患疾病，在書房度過了最後的歲月，於188112月17日去世。63歲時。