不應向納稅人收取滯納金，文件明確規定:
1.《稅收征收管理法》第六十九條:扣繳義務人應當扣繳未繳的稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處未繳稅款百分之五十以上三倍以下的罰款。
註意:這裏寫的是追繳稅款，不是追繳稅款和滯納金，也不是追繳稅款後立即寫，從滯納之日起每天加收萬分之五的滯納金。
2.國家稅務總局關於行政機關代扣代繳個人所得稅問題的批復。國稅函[2004]1199號。
關於是否為應扣繳的稅款增加滯納金。
根據稅收征管法規定的原則，扣繳義務人應當扣除未繳的稅款，無論是適用修訂前還是修訂後的稅收征管法，都不得向納稅人或者扣繳義務人加收滯納金。
這個文件應該是很明確的:無論根據新的稅收征管法還是舊的稅收征管法，都不得向納稅人或者扣繳義務人加收滯納金。
但也有人不這麽認為。他們有各種各樣的理由:
1.稅函的效力低於稅收征管法，是無效的。
2.1199號文件是案件批件，不具有普遍適用性。
3.文件編號1199是指行政機關，不能適用於其他納稅人。
4.扣繳義務人未代扣代繳稅款的，納稅人有自行申報繳納的義務，未按時申報繳納的，從欠繳稅款之日起加收滯納金。
這些理由都不是理由:
1，稅函與稅收征管法的效力。法律文件有層級效力是好的，但是如果下級文件和上級文件沒有沖突，就沒有下級文件是無效的。在應扣除的稅款是否加收滯納金方面，稅收征管法沒有加收滯納金的意思。如果有，1199號文件是無效的，違反了稅收征管法的規定，但是稅收征管法沒有說。
2.案例回復沒有普遍適用性，存在於很多商業問題的討論中。對於持這種觀點的人，我無話可說。不適用於類似問題的逐案審批，也就是說所有類似問題都要壹個壹個請示，總局要壹個壹個發文。這不是很可笑嗎？1199號文件是給廣西的批復，那麽這個問題其他省份也要請示，總局也要給個文件批復？
3.文件編號1199是指行政機關，不能適用於其他納稅人。
4.扣繳義務人未代扣代繳稅款的，納稅人有自行申報繳納的義務，未按時申報繳納的，從欠繳稅款之日起加收滯納金。這種觀點從根本上否定了1199號文件，沒有反駁的必要。
延伸閱讀:1199號文件全文如下:
國家稅務總局關於行政機關代扣代繳個人所得稅問題的批復[2004]1199號。
妳局《關於行政機關代扣代繳個人所得稅法律責任的請示》(桂地稅報〔2004〕45號)收悉。經研究，現答復如下:
壹、關於個人所得稅扣繳義務人的認定
根據《中華人民共和國個人所得稅法》(以下簡稱《個人所得稅法》)第八條規定，行政機關為個人所得稅的扣繳義務人。向職工支付工資、獎金、補貼等工資薪金時，應當依法代扣代繳個人所得稅。
二、關於扣繳義務人應扣繳稅款的法律責任。
2001，1年5月前，扣繳義務人應當按照修訂後的《中華人民共和國稅收征收管理法》(以下簡稱稅收征管法)，由扣繳義務人繳納代扣所得稅。2001、1年5月以後，扣繳義務人應按照修訂後的稅收征管法和《中華人民共和國國家稅務總局關於實施〈中華人民共和國稅收征收管理法〉及其細則若幹具體問題的通知》(國稅發〔2003〕47號)，由稅務機關指令扣繳義務人向納稅人追繳稅款。
三、關於代扣代繳稅款是否應收取滯納金的問題。
根據稅收征管法規定的原則，扣繳義務人應當扣除未繳的稅款，無論是適用修訂前還是修訂後的稅收征管法，都不得向納稅人或者扣繳義務人加收滯納金。
雖然文件的標題不是。1199是關於行政機關代扣代繳個人所得稅的回復，文件內容全部引用《個人所得稅法》和《稅收征管法》原文，文件全是納稅人的扣繳義務人，不限於行政機關。所以不能太糾結標題而忽略內容。
另壹方面，本來可以普遍適用的文件，只適用於某壹類納稅人，在適用主體上具有歧視性。