協助局領導處理日常工作，協調局機關政務工作；負責會議組織、文電、政務信息、新聞宣傳、保密、信訪、檔案、安全和後勤工作；組織起草綜合報告和文件；制定相關規章制度並組織實施；協調和處理CPPCC全國委員會的建議。
(2)政策法規科
組織研究制定全市農業行業管理辦法和規章制度；引導農業產業結構的合理調整、農業資源的合理配置和農產品質量的提高；負責監督檢查全市農業產業政策法規的執行情況；負責審查起草其他部門規範性文件中涉及農業、農民和農村經濟的條款；指導農業執法體系建設和農業法制宣傳教育，維護農資市場正常經濟秩序；負責農業行政復議；組織政策性和綜合性研究並承擔規範性文件的起草工作；研究提出農產品、農業生產資料流通、價格、進出口等方面的政策建議；負責相關農業行業許可證的審查、登記和發放；組織協調種子、種苗、農藥、化肥、農機、獸藥、飼料添加劑等產品的質量監測、鑒定、執法監督管理，負責農業環境保護的監督檢查。
⑶規劃和財務科
組織制定農業和農村經濟發展規劃，負責農業基本建設投資項目和農業技術改造項目的規劃管理；負責農業統計；承擔具有示範效應的產業化項目支持工作；負責編制市財政撥給農業的資金和本部門資金的預決算，監察局負責資金的使用；指導農業行業和直屬單位的財務管理工作；監督直屬單位國有資產的管理、保值和增值；研究提出我市農業和農村經濟發展的財政、稅收、信貸、保險等政策建議；負責本局的財務管理。
(4)農村經濟體制和管理科
組織貫徹國家、省、市有關農村工作和農民問題的法律、法規和政策；研究提出深化農村經濟體制改革的意見；完善農村家庭聯產承包責任制和雙層經營體制；指導農業社會化服務體系建設；制定農業產業化規劃，指導農業產業化經營和農業現代化；指導鎮村集體經濟組織建設；指導鄉鎮集體資產的管理；指導農村土地承包、使用權流轉和承包經營；組織對農村經濟收支、農民收入和農民負擔的監測，管理和監督減輕農民負擔工作；指導農民專業合作經濟組織建設；負責實施強鎮富民戰略，促進鎮級經濟發展。
(5)市場和經濟信息科
負責農情的收集和上報；擬訂農產品市場體系建設規劃並指導實施，推進農業產前、產中、產後壹體化；規劃和實施“菜籃子工程”，負責“菜籃子工程”發展基金的管理和使用；組織協調農業投入品質量檢驗和涉農工業產品技術質量標準的制定；負責綠色食品的審查、推薦和管理；組織、指導和管理農業領域信息系統建設，收集、整理、預測和發布農產品和農業生產資料供求等農業經濟信息；組織國內外種植業、畜牧業、鄉鎮企業和農業機械的經濟技術交流與合作；擬訂農業利用外資和農業投資促進項目的規劃和相關政策，引導農業外資企業發展，促進農業對外開放。
(6)科技教育科
擬訂農業科技、教育、技術推廣和隊伍建設發展規劃；管理和指導農業科研、技術推廣和教育培訓體系建設；實施科教興農戰略；組織重大科學研究和技術推廣項目的選擇和實施；管理、申報和推薦科技成果；指導農業和農民教育工作，組織農民技術職稱評審；負責農業技術宣傳和組織指導農業展示活動；負責對涉農相關協會、學會的管理和指導。
(7)種植管理科
研究提出種植業發展規劃和重大技術措施；指導種植結構和布局的調整；負責種植業生產項目建設的實施和管理；組織農作物先進技術的試驗、示範和推廣；引進優良作物品種和先進技術；制定農作物良種繁育和種子工程規劃並組織實施；指導救災種子、化肥等生產資料的儲存和調撥；指導農作物病、蟲、鼠、螺的防治工作；負責植物檢疫。負責農業生物物種和野生植物的保護。
(8)農業機械化管理辦公室
貫徹國家和省有關農業機械化的方針、政策，執行有關農業機械化的法律、法規和規章；擬訂農業機械化發展規劃；引進國內外先進適用的農業機械，搞好示範推廣，引導農業機械產品結構調整；擬訂農業機械操作規範和技術標準；實施拖拉機、聯合收割機安全監管和農機人員安全教育；組織農業機械人員的專業培訓；指導農業機械化推廣體系和服務體系建設；管理使用國家和地方投入的各類農業機械化服務設施和農業機械化專項資金；組織農業機械參與農業綜合開發、農田基本建設和搶險救災活動；負責農業機械化統計、信息服務和技術咨詢。
(9)畜牧獸醫辦公室
指導畜牧業結構調整，研究提出畜牧業(飼料生產)發展規劃和重大技術措施；負責獸藥、獸藥管理和種畜、牧草、飼料、飼料添加劑的管理；負責畜禽優良品種和先進生產技術的引進、改良和推廣；組織實施動物防疫和檢疫工作；組織控制和撲滅動物疫病；組織監督實施獸醫、獸藥、牧草、飼料、飼料添加劑和畜禽品種的國家、行業和地方標準；組織實施畜禽資源和草原資源保護；負責相關業務統計；組織和指導專業技術人員的培訓；負責各級畜牧獸醫部門的業務指導。
(10)農業綜合開發辦公室
制定中長期農業綜合開發規劃；進行項目前期準備和申報；根據上級農業綜合開發辦公室批準的方案組織項目實施，並組織竣工項目的綜合驗收；制定農業綜合開發項目實施細則和資金管理辦法；指導市(區)鎮農業綜合開發和項目區幹部專業培訓；負責農田基本建設的規劃和實施；提出耕地保護、補償和改良的措施和方法；監測全市農田肥力，實施“沃土工程”，提高土壤肥力；指導和管理農業生態環境的保護和建設；負責保護農業用地和適宜農業的濕地；指導農村可再生能源綜合開發利用。
(xi)人事科
負責人事、勞動工資、勞動保險、工會、* *共青團、婦女、計劃生育、教育培訓、老幹部工作；協調有關部門做好專業技術資格申報評審和行業特有工種職業技能鑒定的組織工作；負責局機關及直屬單位的黨群、紀檢、監察和黨風廉政建設工作。
(12)扶貧開發領導小組辦公室
貫徹國家和省扶貧開發政策，制定扶貧開發規劃；組織和指導貧困地區的扶貧開發工作；組織協調全市扶貧縣和支援三峽庫區工作；負責扶貧資金和扶貧資金的分配、管理和監督。負責制定支持老區建設的計劃，處理老區建設的日常事務。