馬歇爾在判決中首先提出了三個問題:第壹，原告馬布裏是否有權獲得他所要求的委托書？第二，如果申訴人有這個權利，這個權利被侵犯了，政府是否應該給他提供法律救濟？第三，如果政府應該給投訴人提供法律救濟，那麽最高法院是否應該下達執行令，要求國務卿麥迪遜給馬布裏發放委托書？
關於第壹個問題，馬歇爾指出:“我們認為，壹旦總統簽署委托書，任命就將作出；壹旦國務卿蓋上美國國璽，委托書就完成了。”“由於馬布裏先生的授權委托書已經由總統簽署，並由國務卿加蓋國璽，所以他已經被任命；因為創設該職位的法律賦予該官員任期五年不受行政機關幹涉的權利，這壹任命是不可撤銷的，它賦予該官員各種合法權利，並受國家法律保護。”馬歇爾的結論是:“拒絕出具他的委托書在本院看來不是法律授權的行為，而是對所賦予的法律權利的侵犯。”所以馬布裏案是法律問題，不是政治問題。
對於第二個問題，馬歇爾的回答是肯定的。他辯稱:“每個人在受到侵害時都有權要求法律保護，而政府的首要責任之壹就是提供這種保護。美國政府被宣布為法治政府，而不是人治政府。如果它的法律不為侵犯所授予的合法權利提供補救措施，它當然不配擁有這壹崇高的稱號。”馬歇爾甚至在線上表示:“要想去除我們國家法制的這壹恥辱，就必須從本案的特殊性出發。”
然後按照這樣的思路和邏輯，馬歇爾在回答第三個問題的時候，似乎已經宣布最高法院應該向國務卿麥迪遜發出強制令，讓馬布裏復職，走馬上任。但馬歇爾在這裏突然話鋒壹轉，引用憲法第三條第二款說:“最高法院對所有涉及大使、其他使節和領事、以國家為壹方當事人的案件都有原始管轄權。除上述情況外，最高法院對所有案件都有上訴管轄權。”
如果把馬歇爾的上述引文換成通俗易懂、直截了當的大白話，也就是說，馬布裏訴麥迪遜案的當事人既不是外國使節，也不是州政府的代表，那麽最高法院對此類案件沒有壹審權。馬布裏告錯了地方。根據憲法管轄權，馬布裏應該去聯邦地方法院起訴麥迪遜。如果案件最終從地方法院壹步步上訴到最高法院，那麽最高法院將有權舉行聽證會。
然而，富商馬布裏聘請的律師、前聯邦司法部長李宗南並非不懂訴訟程序的外行。他之所以壹開始就直接把馬布裏的訴狀交給聯邦最高法院，是基於9月份國會通過的1789司法條例1789。
為解決這壹問題，馬歇爾解釋道:司法條例1789第13條與憲法相沖突，因為當它規定最高法院有權向政府官員發布行政命令時，實際上擴大了憲法明文規定的最高法院的管轄權。如果最高法院執行1789司法條例第13條，無異於公開承認國會可以任意擴大憲法明確賦予最高法院的權力。
馬歇爾認為，本案的關鍵問題是“憲法是否控制任何與其不壹致的立法，或者立法機構是否可以通過壹項普通法律來改變憲法。在這兩種選擇之間沒有中間道路。憲法要麽是普通手段無法更改的最高法律，要麽是與普通法律處於同壹層次，立法機關高興就可以更改。如果是前者，那麽與憲法相抵觸的立法議案就不是法律；如果是後者，那麽成文憲法就成為人們的壹種荒謬嘗試，被用來限制壹種本質上不受限制的權力。”說到這裏，憲法的神聖性已經被刻畫的淋漓盡致了。
接著，馬歇爾趁熱打鐵拋出了最後的殺手鐧。他斬釘截鐵地指出，“憲法構成國家的根本法和最高法”，“違反憲法的法律無效”，“確定法律是什麽顯然是司法部門的職權和責任”。如果法官不承擔維護憲法的責任，就會違反立法機關規定的就職宣誓。“規定或進行這樣的宣誓也是壹種犯罪。”
據此，馬歇爾正式宣布取消司法法規1789第13節，因為它違憲。這是美國最高法院歷史上第壹次裁定聯邦法律違憲。