(1)辦公室
負責機關調配的協調、監督和服務；負責全面反映全市工會工作和職工隊伍的情況和動態；協調和監督機關各部門和駐地產業工會落實市總工會的部署；承擔重要會議和活動的組織協調工作；負責重要文件和領導講話的起草，協助領導處理日常工作；負責統計、文秘、檔案、保密、保衛、信訪、行政、車輛管理等工作。負責全市基層工會年度工作目標責任書的制定、實施和考核；承辦市領導同誌交辦的其他工作。
(2)研究室
負責與職工利益密切相關的重要經濟和社會政策問題的調查研究；負責自治區總工會和市總工會確定的重大研究課題的組織協調；負責重要文稿的起草；編輯出版南寧工運。
(三)組織部
負責研究制定全市工會組織制度和工會領導制度；負責工會換屆選舉；協助全市各級黨組織管理各級工會領導幹部；做好全市工會幹部的培訓教育工作；負責組織與市總會、常委會、全委會和市工會代表大會有關的人事問題。
(4)宣傳教育部
負責工會的宣傳教育工作；參與制定職工思想、教育、文化工作的方針、政策；負責制定工會工作的宣傳教育計劃；負責組織協調工會重點工作的宣傳；負責工會精神文明建設；調查和反映員工的思想狀況；做好全市職工文體協會和各類職工文體協會的工作；指導市工人文化宮的工作。
(5)勞動保護部
參與制定我市勞動保護政策法規，監督檢查安全生產和勞動保護法律法規的執行情況；參與職工重大傷亡事故和嚴重職業危害事故的調查處理；負責指導、協調和組織員工開展勞動競賽和合理化建議；指導基層工會開展群眾性安全衛生活動；承擔勞動模範和“五壹”勞動獎章及證書獲得者的推薦、評選和表彰管理工作。
(6)安全工作部
負責參與職工就業和收入分配政策的制定和制定；參與制定涉及員工切身利益的政策；指導和組織實施送溫暖工程，維護貧困職工和困難職工群體的合法權益；參與研究制定有關職工和工會的法律法規，承擔工會參與立法的綜合協調和指導工作；參與監督檢查勞動法規的制定和重大勞動爭議案件的調查處理；研究和指導勞動爭議調解工作，推進勞動爭議仲裁；指導和承擔工會的法律援助和法律服務工作；配合有關部門開展普法宣傳教育。
(7)財務部
研究制定全市工會財務管理的規章制度；審查和批準基層工會經費的預算、決算；負責基層工會財務工作的政策指導和監督；負責完成市總工會本級工會經費收繳和管理任務，收繳、管理和使用好工會經費；負責全市本級資金的預算和決算；負責組織協調工會重點工作的宣傳；負責全市工會的資產管理。
(8)民主管理部
負責調查研究貫徹全心全意依靠工人階級的方針，推動政策的落實；負責指導和推動基層工會實行廠務公開，堅持和發展職工代表大會制度；指導和推動公司制企業建立職工董事和職工監事制度；負責全市工會的建立和會員的發展；負責指導基層工會開展建設“職工之家”活動。
(九)女職工部(掛女職工委員會辦公室牌子)
參與涉及女職工合法權益特別是特殊權益的法律、法規和政策的制定和實施監督；調查研究女職工合法權益保護及其工作、學習、生活中存在的問題，提出意見和建議；負責工會女職工工作的理論和政策研究；負責女職工組織建設的研究和指導；承擔南寧市總工會女職工委員會的日常工作。
(10)基金評審委員會辦公室
負責監督和審查工會經費和各種經費的使用。
全國總工會的兩個產業工會是中國教育工會南寧市委員會和南寧市財政工會委員會。
1，中國教育工會南寧市委員會
全面負責教育系統的工會工作。
2.中國財貿工會南寧市委員會
全面負責財貿系統的工會工作。