毀壞農作物的立案標準是:
1，故意毀壞農作物涉嫌故意毀壞財物罪，造成公私財產損失5000元以上，應予立案追訴。
數額較大或者有其他嚴重情節的，處三年以下有期徒刑、拘役或者罰金；數額巨大或者有其他特別嚴重情節的，處三年以上七年以下有期徒刑。
2、違反土地管理法規，非法占用耕地、林地和其他農用地，改變所占用土地的用途，造成耕地、林地和其他農用地大量毀壞，涉嫌下列情形之壹的，應予立案追訴:
(1)非法占用基本農田五畝以上或者基本農田以外的耕地十畝以上的；
(二)非法占用防護林地或者特種用途林地單處或者總量五畝以上的；
(三)非法占用其他林地十畝以上的；
(四)非法占用本款第(二)項、第(三)項規定的林地，其中壹項數量達到相應數量標準50%以上，兩項數量之和達到規定數量標準的；
(五)非法占用其他農用地數量較大的。
故意毀壞財物罪的認定
1，此罪與非罪的界限
根據該條規定，故意毀壞公私財物，數額較大或者情節嚴重的，是犯罪。所以，數額較大還是情節嚴重，是罪與非罪的界限。故意毀壞公私財物，數額較小，情節較輕的，屬於壹般違法行為，應當依照《治安管理處罰法》第四十九條的規定:盜竊、詐騙、哄搶、敲詐勒索或者故意毀壞公私財物的，處五日以上十日以下拘留，可以並處五百元以下罰款；情節嚴重的，處10日以上15日以下拘留，可以並處1000元以下罰款。
所謂“情節嚴重”，壹般是指破壞或損毀重要物品，造成嚴重損失；破壞、損毀公私財物的手段特別惡劣的；出於陷害他人的動機等。
2.這壹罪行與其他罪行的界限
本罪與破壞社會主義經濟秩序罪中的破壞交通工具罪、破壞交通設備罪、破壞易燃易爆設備罪、破壞通信設備罪、破壞生產經營罪等危害公共安全罪的區別在於，後者破壞了特定的財產，侵害了其他獨立的物體，本法又單獨規定了已被起訴的，所以只應當依照本法的有關規定定罪處罰。
從上面可以看出，只有故意毀壞農作物的價值達到5000元以上才能立案。非法占用和破壞五畝以上基本農田和十畝以上其他耕地的，構成刑事犯罪。
法律依據:
中華人民共和國刑法
第275條
故意毀壞公私財物，數額較大或者有其他嚴重情節的，處三年以下有期徒刑、拘役或者罰金；
數額巨大或者有其他特別嚴重情節的，處三年以上七年以下有期徒刑。
第342條
違反土地管理法規，非法占用耕地、林地和其他農用地，大量改變所占用土地用途，造成耕地、林地和其他農用地大量毀壞的，處五年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處罰金。
最高人民檢察院公安部關於公安機關管轄刑事案件立案追訴標準的規定(二)
第六十七條
違反土地管理法律法規，非法占用耕地、林地和其他農用地，改變所占用土地用途，造成耕地、林地和其他農用地大量毀壞，涉嫌下列情形之壹的，應予立案追訴:
(壹)非法占用基本農田五畝以上或者基本農田以外的耕地十畝以上的；
(二)非法占用防護林地或者特種用途林地單處或者合計五畝以上的；
(三)非法占用其他林地十畝以上的；
(四)非法占用本款第(二)項、第(三)項規定的林地，其中壹項數量達到相應數量標準50%以上，兩項數量之和達到規定數量標準的；
(五)非法大量占用其他農用地的。