壹、兩個村委會矛盾的實質和根源
關於村兩委之間的矛盾，認為是村黨支部書記和村委會主任之間的矛盾，或者是農村派系之間的矛盾，或者是農村權力配置的結構性矛盾。然而，這些矛盾只是表象。從本質上講，兩委之間的矛盾不是村黨支部書記和村委會主任之間的矛盾，也不僅僅是兩個村級組織之間的矛盾或派系矛盾。它們涉及到村級治理中各種復雜的關系，如黨政關系、村(鎮)關系、行政與自治的關系。換句話說，兩委之間的矛盾就是當前黨政、村(鎮)與行政權、自治權之間的矛盾。徐增陽等人認為，村支部與村委會之間的沖突包括三個層面:個人沖突、組織沖突和權力沖突。村委會直選後，這三個層面的沖突被放大了。他還認為:“從某種意義上說，兩委關系的實質是國家行政權與村民自治權的關系，政務與村務的關系，國家與農民的關系。“兩委”沖突的實質是行政權與自治權的沖突，政務與村務的沖突，國家與農民的緊張關系。”[4]徐勇認為:“兩委之間的矛盾實際上反映了黨的領導和人民群眾當家作主的關系。”[5]童德誌還指出，“黨的領導和人民的積極性在特定的時間和地點會發生沖突。壹旦發生沖突，兩者關系就會緊張，甚至會演變成矛盾。因此，不是民主模式之間的對接，而是民主模式之間的錯位。”“農村兩委矛盾是兩者錯位的表現。" [6]
總的來說，黨的領導和村民自治沒有根本矛盾，兩者完全可以統壹。從各自權力的法律規定、組織的合法性以及組織運行的合理性和合法性來看，兩個村委會都有制度空間和現實基礎，也都得到了村民的認可和支持。但《中華人民共和國村民委員會組織法》、《中國生產者黨章程》、《中國生產者黨農村基層組織工作條例》明確規定了村級黨組織的領導核心地位，但對村黨支部如何發揮領導、支持和保障作用沒有明確規定，對兩個村委會各自的職能分工也沒有具體明確的規定。正是這種法律和相關制度性文件的模糊規定，給村民自治的實際運作留下了巨大的彈性空間，導致農村基層黨政分開。黨權和行政權侵蝕和壓制了社會自治，使村委會之間的矛盾長期難以根本解決。
所以可以說，兩委矛盾實際上是黨政關系錯位、失衡的問題；協調兩委關系，實際上是對國家與社會關系、行政權與自治權關系的理性重構，是對政黨、國家與社會關系的理性建構和良性互動格局的形成。
二、解決村兩委矛盾，實行兩委合壹，還是兩委分立？
為了解決村兩委之間的矛盾，學術界進行了深入的探討，特別是“壹肩挑”、兩票制、兩會制、“4+2”工作法、壹制三化、青縣模式等獨特的經驗模式引起了學術界的廣泛關註[7]，但觀點分歧較多。主要分歧在於兩個委員會應該統壹還是分開。為協調村兩委關系，2002年7月14日，中共中央辦公廳、國務院辦公廳印發了《關於進壹步做好村民委員會換屆選舉工作的通知》，明確提出“四個提倡”:“提倡村黨支部領導班子成員按規定程序作為村民委員會成員候選人，通過選舉擔任村民委員會成員。提倡黨員通過法定程序被選舉為村民的領導和代表。提倡候選人被推薦為村黨支部書記，先參加村委會選舉，經群眾認可後再被推薦為黨支部書記；選不上村委會主任的，不再推薦當黨支部書記。提倡村民委員會中的黨員通過黨內選舉擔任村黨支部成員。這就是黨政合壹的“壹肩挑”模式。學術界對“單肩”模式眾說紛紜。黨主張“壹肩挑”，主張黨政結合。他認為，實行村級“黨政結合”意義重大，可以更好地實現農民的民主權利，有助於加強和改善* * *產黨對農村社會的領導。