船舶主管部門應當協助公安機關或者公安邊防機關實施港口和船舶的邊防治安管理。第二章船舶管理第四條各類船舶必須持有船舶主管部門簽發的各種有效證件，方可從事生產經營。
集體和個體所有的漁船、運輸船、農副業船還應向公安邊防機關申請辦理海上船舶戶口簿和海上船舶邊防登記簿。第五條凡長期在船上生產或輪產，年滿16周歲的漁民，應向常住戶口所在地公安邊防機關申領船民證或臨時船民證。
非沿海地區的海上作業人員應當持常住戶口所在地公安機關和生產單位出具的證明和居民身份證，向其服務船舶所在地公安邊防機關申領臨時船民證。第六條《航行船舶戶口簿》、《航行船舶邊防登記簿》、《航行船民證》和《臨時航行船民證》應當進行年審，未經年審無效。嚴禁偽造、塗改、出售、出租、轉讓或更換海上各類船舶和人員的邊防證件。第七條船舶進出港口時，船舶負責人應當主動到公安邊防機關或者其授權的簽證點申請簽證，接受出入境檢查。第八條各類船舶應當按照規定標明船名和編號，並按照核定的客貨定額裝載。嚴禁超載、超載和非客船。第九條船舶錨泊和航行必須遵守有關交通安全管理規定，並做好以下工作，確保船舶、設施和人員的安全。
(壹)船舶航行和停泊應按規定顯示信號種類和施放各種音響、信號，謹防碰撞。
(2)船舶不得在橋(堤)、彎道、狹窄水道、水流湍急的區域、禁行區域拋錨、拋錨。
(3)拖輪應按區域定額拖帶，嚴禁船只拖帶或攀爬拖帶船隊航行。
(四)小型掛機、遊艇不得超出港口範圍，城市港口應嚴格按照規定的旅遊路線行駛，並限速行駛。
(5)裝運易燃、易爆等危險品的船舶，應經海事局和公安部門批準，並使用專用船舶在指定地點裝卸。第十條船舶更新、改建、買賣、出租、轉讓、報廢時，除按規定經船舶主管部門批準外，還應當向公安邊防機關辦理船舶戶口變更和註銷手續；轉移船(漁)民應當向公安邊防機關辦理出海船民變更、註銷手續。
船舶被盜、被搶或沈沒，應向事發地和原港口公安邊防機關和當地船舶主管部門報告。第十壹條各類出海摩托艇應當按照隸屬關系進行登記、編號和發放船舶證書。所有摩托艇經考試合格後持證駕駛，主管機關將其納入管理範圍。
未經交通、漁政、海關和邊防部門批準，任何單位和個人不得擅自購買摩托艇。第十二條各類船舶應認真執行船長負責制。根據船舶類型、噸位和人員數量，設立船舶保安隊或保安人員負責船舶保安，嚴格執行“港航”聯防制度。第三章漁民管理第十三條各類船舶的船員和漁民(船民)應當接受公安邊防機關的治安管理、戶籍管理和其他邊防管理，並接受檢查核實。第十四條加強對海員、漁民和船民的治安管理教育和形勢、政策、法制、安全、保密的宣傳教育。海員的管理和教育由船舶主管部門負責；個體和集體船舶的漁民(船)的管理和教育，由縣(區)主管部門和公安部門負責。第十五條有下列情形之壹的，有關主管部門和公安邊防部門有權責令其停止出海。
(壹)緩刑、假釋、管制人員和保外就醫、服刑人員；
(二)被監視居住、取保候審的刑事案件被告人，以及公安邊防機關、人民檢察院或者人民法院認定的犯罪嫌疑人；
(三)未解決的經濟、民事糾紛，經縣級以上人民法院、鄉鎮人民政府或者主管部門通知後，責任人不能出海的；
(四)有其他違反治安管理行為，公安機關認為不可能出海的。第十六條船員、漁民和船民應當嚴格遵守國家法律、法令和有關船舶、港口、邊防治安管理的規定，維護海防安全，勇於同海上敵特破壞、走私、販毒、投機、走私、渡運等各種違法犯罪行為作鬥爭。