財政、發展改革、水行政主管部門應當按照各自職責，做好城鎮汙水處理廠運行的監督管理工作。第五條縣級以上人民政府應當制定本行政區域的汙水再生利用規劃，統籌安排城市汙水再生利用，並符合國家和自治區的有關要求。第六條城鎮汙水處理廠投入運行後壹年內的實際處理負荷不得低於設計能力的60%。第七條城鎮汙水處理廠應當在進水口、出水口和重點水處理構築物安裝汙染物在線監測裝置和流量計量裝置，並與當地環境保護行政主管部門和建設行政主管部門的監測設施聯網。
在線監測裝置投入使用前，應當依法檢定，在用在線監測裝置應當依法定期檢定。
城鎮汙水處理廠應當按照操作規程使用和維護在線監控裝置及附屬設施，不得擅自拆除、閑置、變更或損壞。第八條汙水處理廠排汙口的設計和建設應當符合環境保護行政主管部門的要求。
設計能力2萬噸/日以上的城鎮汙水處理廠應配備符合國家要求並正常運行的中央控制系統。第九條工業企業和其他排汙者向城市汙水集中處理設施排放汙水，應當先在工業企業內部進行處理，達到國家有關規定和環境影響評價要求後，再排入城市汙水處理系統。
城鎮汙水處理廠接受的汙水水質濃度不得高於國家有關規定和環境影響評價批準的標準。第十條城市汙水處理廠的出水水質應當符合國家汙染物排放標準和環境影響評價審批標準。
城鎮汙水處理廠出水水質達不到國家或者地方水汙染物排放標準的，應當升級改造。第十壹條城鎮汙水處理廠進水水質超過設計標準，導致出水超標時，城鎮汙水處理廠有舉證責任和應急處理義務，應當及時向當地環境保護行政主管部門和建設行政主管部門報告，環境保護行政主管部門和建設行政主管部門接到報告後應當立即處理。第十二條城鎮汙水處理廠應當按照國家有關規定，對運行中產生的汙泥進行綜合利用或者無害化處理。汙泥屬於危險廢物的，應當按照《危險廢物管理條例》進行安全處置，並對處置後汙泥的去向、用途和用量進行跟蹤、記錄和報告，不得造成二次汙染。
城市汙水處理廠應當對汙泥暫存池采取有效的汙染防治措施，使其符合環境影響評價批復的建設要求。第十三條城鎮汙水處理廠應當采取措施防止臭氣外溢，並符合國家有關規定的要求。第十四條城鎮汙水處理廠應當建立汙水處理廠運行記錄和臺帳管理制度。第十五條城鎮汙水處理廠應當保持連續運行，不得擅自停止運行。城鎮汙水處理廠因設施大修、檢修、維護等確需停止全部或者部分設備運行，或者處理能力明顯降低的，應當提前15個工作日向當地環境保護行政主管部門和建設行政主管部門提出申請，經批準後實施，並按照規定時間恢復正常運行。第十六條因突發事件導致城市汙水處理廠全部或部分設備停運的，城市汙水處理廠應當立即啟動安全運行應急預案，進行維護，並在2小時內向當地建設行政主管部門和環境保護部門報告。恢復正常運行後，汙水處理廠應在10個工作日內向當地建設行政主管部門和環境保護行政主管部門報告。第十七條城鎮汙水處理廠需要在河流、湖泊設置排汙口的，應當向有管轄權的縣級以上人民政府水行政主管部門提出申請，經審查批準後方可建設。
城鎮汙水處理廠試運行或者關停期間，廢水需要直接排入江河湖泊的，應當向環境保護和水行政主管部門提出申請，經批準後方可進行。第十八條縣級以上人民政府建設、環境保護行政主管部門和有關部門應當嚴格按照有關法律、法規、規章和技術規範的規定，加強對城鎮汙水處理廠運行的監督管理，並按照各自職責依法查處違法行為。