負責起草工作計劃、總結、領導講話及相關文件；參與對全市工會工作的調查和綜合分析，提出意見和建議；負責重要會議和活動的安排和組織；協調機關各司局的工作；檢查和監督董事長辦公會議決議的執行情況；負責全市勞動力流動信息的收集和處理；負責文秘、監察、保密、檔案、計生、接待、保衛、基建和行政後勤工作，負責工會系統外事和接待工作。
2.組織部
負責全市基層工會組織的發展和建設；指導工會的組建和規範化；引導員工參與民主管理；會同有關部門開展企業民主制度建設；組織、協調和指導全市工會幹部教育培訓工作；協助有關黨組織管理工會領導班子；負責機關、企事業單位的人事工資、老幹部管理和職稱評聘工作。
3.宣教部
制定並提出全市工會宣傳教育的計劃和任務；調查和反映員工的思想狀況，配合黨委開展員工的思想政治工作；指導全市職工文化體育工作；承擔市職工自考協會等職工協會的日常管理工作；負責對工人文化幹事的業務指導。
4.政策研究室
負責起草研究課題，組織有關工人運動和工會工作的重大課題的調查研究；參與起草市總工會的重要文件；負責指導工會的理論和政策研究工作；負責編寫工會歷史、記錄和參考資料；編輯發行《廈門經濟特區工人運動》；承擔廈門市工人運動研究會的日常工作。
5.經濟事務部(評估辦公室)
參與經濟建設、企業改革和勞動保護的調查研究；參與相關法律、法規和政策的制定；組織和指導全市職工開展群眾性經濟技術創新活動；組織群眾勞動保護，實施勞動安全衛生群眾監督；參與企業重大工傷事故的調查處理和建設項目勞動保護設施的審查驗收；承擔勞動模範和五壹獎章(證書)獲得者的推薦、評選和管理服務；市總工會職工技術協作辦公室和職工技術交流站負責業務指導。
6.法律和安全部
參與制定和修訂涉及職工的法律、法規和政策以及涉及職工切身利益的重大改革方案；配合有關部門實施《工會法》、《勞動法》及相關法律法規，為工會組織和職工提供法律服務；負責工會系統的信訪工作；參與重大勞動爭議案件的調查處理；加強對勞動法律法規執行情況的監督檢查；指導各級勞動爭議調解委員會的工作，協調工會系統的法制宣傳教育工作；引導市內企業建立平等協商、簽訂集體合同；促進職工社會保障、再就業和集體福利的發展；指導職工的療養工作；負責員工休養所的業務指導；承擔送暖工程和市職工物價監督站的日常工作。
7.財會部
負責工會經費的籌集、管理和使用；編制、批準和匯總工會經費的預算、決算；檢查和指導工會系統的財務工作和會計事務管理；管理市綜合管理局直屬的經濟實體。
8.女性員工部門
參與制定與女職工權益保護和特殊利益保護有關的法律、法規和政策，並檢查監督實施；調查研究女職工工作、生活、學習、教育和勞動保護中的特殊問題，提出意見和建議；指導各級女工委的工作，承擔全市女工委的日常工作。
9.審計處(資金審查委員會辦公室)
審計監督本級第二屆人大所屬企事業單位的財務收支預算、決算和專項資金的管理和使用，審計領導人員變動情況；對所屬企事業單位的基建投資、維修和裝修工程進行審計和監督；審計和監督工會經費的行政劃撥和基層工會經費的解決。承擔市總工會經費審查委員會的日常工作，指導各級工會審計組織和經費審查委員會開展工作。
工業工作委員會的主要職責:
貫徹黨和國家關於工人運動和工會工作的方針政策；根據本行業特點，制定工作計劃，組織實施市總工會和上級產業工會的工作部署；調查研究制定反映本行業職工切身利益的法律、法規和政策；組織和指導基層工會開展工作；加強與政府相關職能部門的溝通協調，促進本行業勞動關系的穩定；協助有關單位黨組織管理工會領導班子。