本條例所稱秦嶺生態環境保護範圍，是指在本省行政區域內，東西以省界為界，南北以秦嶺坡底為界的區域。具體範圍由秦嶺生態環境保護總體規劃確定。第三條秦嶺生態環境保護堅持保護優先、科學利用、統籌規劃、嚴格管理的原則。第四條省人民政府對秦嶺生態環境保護負總責。
秦嶺內設區的市、縣(市、區)人民政府負責本行政區域內的秦嶺生態環境保護工作。
鄉(鎮)人民政府和街道辦事處應當做好秦嶺生態環境保護的相關工作。第五條省人民政府設立秦嶺生態環境保護委員會，負責秦嶺生態環境保護的統籌規劃、綜合協調、監督檢查，並組織實施本條例。其主要職責是:
(壹)組織編制全省秦嶺生態環境保護總體規劃，指導設區的市秦嶺生態環境保護規劃的編制；
(二)審查涉及秦嶺生態環境保護的相關省級專項規劃；
(三)調查秦嶺生態環境，提出秦嶺生態環境保護政策建議；
(四)協調秦嶺生態環境保護工作，建立秦嶺生態環境保護政府信息平臺系統，發布秦嶺生態環境保護公告及相關信息；
(五)研究、確定和申報秦嶺生態環境保護項目；
(六)組織秦嶺生態環境保護的監督檢查和專項整治；
(七)省人民政府規定的其他職責。
省秦嶺生態環境保護委員會主任由省長擔任，其機構設置和具體工作職責由省人民政府規定。
秦嶺內設區的市、縣(市、區)人民政府可以根據秦嶺生態環境保護工作的需要，設立秦嶺生態環境保護管理機構。第六條秦嶺範圍內的縣級以上人民政府發展改革、科技、財政、國土資源、環境保護、住房城鄉建設、交通運輸、水利、農業、林業、旅遊、文物、公安等有關部門。，應當在各自的職責範圍內，做好秦嶺生態環境保護的監督管理工作。
秦嶺的自然保護區、風景名勝區、種質保護區、森林公園、地質公園、濕地公園、植物園、國有林場、自然和文化遺跡等管理機構應當做好管理範圍內的生態環境保護工作。第七條秦嶺範圍內縣級以上人民政府應當將秦嶺生態環境保護工作納入其所屬部門和下壹級人民政府年度目標責任考核，實行自然資源離任審計和生態環境損害終身責任追究制度。第八條秦嶺內設區的市、縣(市、區)人民政府應當在省秦嶺生態環境保護委員會的協調指導下，建立區域合作、信息共享、預警應急、聯合執法、交叉執法等機制，做好秦嶺生態環境保護工作。
根據秦嶺生態環境保護的需要，縣(市、區)人民政府可以建立綜合執法機構，或者縣級行政執法部門可以派出執法人員在鄉(鎮)組成聯合執法機構，或者委托相關保護管理機構依法執法。第九條省人民政府和秦嶺內設區的市、縣(市、區)人民政府應當將秦嶺生態環境保護納入國民經濟和社會發展規劃，設立秦嶺生態環境保護專項資金，並納入年度財政預算予以保護。
秦嶺生態保護專項資金用於秦嶺水源涵養、水土保持、生物多樣性保護、植被恢復、礦山環境治理等相關生態修復和環境保護工作。
秦嶺範圍內的省級人民政府和縣級以上人民政府應當整合和統籌秦嶺生態環境保護基礎設施建設的各類資金，支持綠色生態產業發展，改善當地居民生產生活條件。第十條省人民政府應當根據國家有關規定建立和完善生態環境補償機制，依法對秦嶺生態環境保護區給予經濟補償；建立生態損害賠償機制，依法追究破壞秦嶺生態環境者的賠償責任。
推動建立秦嶺生態環境直接受益區和生態產品供給區之間的跨區域橫向補償機制；支持法律規定的機關和符合條件的社會組織對破壞和汙染秦嶺生態環境的行為依法提起環境公益訴訟。第十壹條建立多元化的環境保護投融資機制，吸引國內外資金用於秦嶺生態環境保護。
鼓勵社會組織和個人對秦嶺生態環境保護工作進行捐贈和資助。