1.內部控制風險。近年來，在申請IPO被拒的企業中，除了持續盈利、利潤操縱、關聯交易等主要原因外，內部控制缺陷成為另壹個致命因素。比如成都國騰電子，其監事會與公司高管利益高度壹致，監事會形同擺設，導致公司內控失效；杭州巨星科技與其總裁、副總裁、監事會主席關系密切，導致其內部控制制度存在重大缺陷；上海馮軻生物科技有限公司，由於內部控制存在缺陷，報告期收入中實際包含自然人銀行賬戶收取的銷售貨款，且比例較高。對於IPO審計人員來說，如果被審計單位沒有完整的內部控制體系，或者內部控制存在重大缺陷，註冊會計師未能及時發現並報告，無法保證被審計單位提供的會計信息的真實性、可靠性和有效性，那麽即使再認真細致，也是浪費人力物力，必將給會計師事務所帶來審計風險甚至法律責任。
2.會計政策和風險估計。利用變更會計政策和會計估計粉飾財務報表是申請人在IPO過程中最常用的手段。常用的方法有:變更資產減值準備；變更遞延收益的攤銷時間；改變資產折舊方法和年限；變更財務報表的合並範圍；改變固定資產和生物資產的初始計量方法；變更無形資產、收入和費用等的確認方法。經審計的財務報表中會計政策的選擇是否壹致，其變化的原因以及會計估計的恰當性都會對最終的審計報告產生壹定的影響，甚至關系到註冊會計師出具的最終審計報告的性質。因此，不能忽視會計政策和估計風險。
3.利潤操縱風險。由於證監會對申請IPO的企業最近三年連續盈利，並要求其發行股票等，當IPO企業業績不足以上市時，大量的利潤操縱行為就會層出不窮，很少計提甚至不計提資產折舊或攤銷，虛增收入，虛增成本費用等。，這無疑增加了註冊會計師的審計風險。如2006年，金利科技農業有限公司未對部分固定資產計提折舊，未攤銷部分無形資產和長期待攤費用，導致當年少計費用2227萬元，即虛增利潤2227萬元；2012，16年7月6日，被稱為“創業板欺詐上市第壹股”的新大地，本來已經過了發審委的關口，卻因為媒體曝光其低估成本，虛增收益，進而粉飾財務報表，被證監會審核，列入終止審核IPO申報的公司名單。
4.關聯方交易風險。關聯方交易是指母公司與子公司之間或控制方與被控制方之間的交易。部分上市公司可能利用大額關聯交易，將業績增長建立在關聯方虧損的基礎上，以此來掩蓋可能出現的業績下滑或投資虧損，達到符合上市要求的目的。常用的手段有債務擔保、轉嫁費用負擔、托管等。如果註冊會計師未能識別和理清被審計單位與其關聯方之間的復雜關系，將會帶來重大審計風險。比如2009年蘇州通潤驅動IPO被否，關聯交易成為最大詬病。報告期內，與關聯方代工廠存在持續的關聯采購。雖然蘇州通潤從2010起終止該代工廠合格供應商資格，但新供應商永輝代工廠仍通過原代工廠獲得約426萬元產品。因為公司采取了短時間的補救措施，最終被擋在了a股市場之外。證監會發審委最終認定公司無法撇清關聯交易關系。
5.審計結果公布後的法律風險。隨著社會主義市場經濟法律法規的不斷完善，越來越多的投資者意識到運用法律手段維護自己的利益。2003年2月，北京畢馬威華振和香港畢馬威會計師事務所被列為錦州港虛假陳述案的被告。2010畢馬威高級經理梁思哲被舉報因賄賂下屬幫助紅亮國際上市被停職，並承擔法律責任；2013年初，證監會對江蘇公證天業、田健鄭新、中瑞埃利奧特恩戈克三家會計師事務所出具警示函，原因是東吳證券、康達新材、隆基股份通過發審會後業績大幅下滑，但提供IPO審計服務的三家會計師事務所未能如實說明相關情況，證監會對相關註冊會計師采取行政監管措施。不難看出，投資者遭受損失時，不僅會起訴造假企業，還會將參與IPO過程的會計師事務所告上法庭，證監會也會追究會計師事務所的責任。因此，註冊會計師在IPO過程中面臨很大的法律風險。