秦始皇統壹中國後，在全國範圍內廢除分封制，代之以郡縣制。在皇帝的直接控制下，建立了從中央到郡縣的壹整套官僚機構，確立了中央的權威和中央集權。除了政治制度的改革，秦始皇還廣泛統壹了其他各種制度，包括國家水陸交通制度(同軌汽車)、國家文字制度(書籍和文字)、國家度量衡制度(度和秤)和國家貨幣制度(錢和硬幣)。他也曾試圖統壹全國的思想(焚書坑儒)，但終因暴力而未完成(思想的統壹直到漢武帝“罷黜百家，獨尊儒術”才完成)。應該說，正是因為秦始皇註重對被征服土地的統治和制度建設，不像同時代的其他征服者(如馬其頓的亞歷山大或羅馬的凱撒)，使得統壹的土地統治得以穩固，也使得中國在接下來的幾千年裏沒有像其他古文明那樣經歷真正不可逆轉的分裂或滅亡，為近代中國的疆域奠定了歷史基礎。
秦始皇開創驛站制度，修建驛道，為龐大帝國的政令通達和由此產生的郡縣制帝國奠定了技術基礎。“修驛道設縣”是中國采用先進水平的郡縣制取代西方分封制的必要條件。同時，羅馬並不能有效控制占領區，只有壹個強大的總督(總督掌管壹個地方的軍政大權，都是貴族，基層組織依靠原有的地方組織)，仍然類似於分封制，這是羅馬帝國後來分裂的壹個非常重要的原因。郡縣制是文官制，其軍政首領均由皇帝任命。根據他們的政績，他們的軍功可以升可以降，可以平調，這就導致了職業官僚和職業軍人的出現。職業官僚和職業軍人可以來自平民，郡縣制官僚有效保障了平民(布衣)參與和討論國家事務的權利(如李斯和蒙驁，都是布衣，只能按軍功出位)。與分封制的貴族政治相比，無疑是壹大歷史進步。有人認為現代國家的文官制度和軍隊制度都源於此。
自商鞅變法以來，秦就十分重視法治。秦始皇繼承了這壹傳統，對法家人物韓非推崇備至。他曾感嘆“與他同行，則無仇”。戰爭期間，秦始皇依法對將領進行獎懲。統壹中國後，秦始皇以秦國原有的法律法令為基礎，吸收了六國法律的壹些規定，制定頒布了全國統壹的法律。秦始皇雖然專制，自以為“我者天下”，但在秦朝仍然是依法治國。光武陳勝起義的原因是秦律嚴酷，罪大惡極，不得不造反。是“法逼民反”，而不是後世“朱門酒肉臭，路凍死人”那樣的嚴重腐敗導致的“官逼民反”。有人認為後來的儒家主張靠教化來人治，按人情禮儀而不是法律來治國，甚至是君主治國，導致人治、阿諛之風依然存在。
經濟上，秦始皇重視農業和土地政策。他實行重農抑商的政策。始皇三十壹年(公元前216年)，下令占有土地的地主和自耕農，只要向政府申報土地數量，繳納稅款，就得到政府的承認和保護。秦始皇還大力發展全國的水陸交通，修建了從鹹陽到焉耆、吳楚的赤道，從鹹陽經雲陽(今陜西淳化西北)到九原(今內蒙古包頭西)的直道，並在西南修建了武赤路，開鑿了連接湘江和漓江的靈渠。此外，秦始皇統壹計量，統壹貨幣，也為後世的經濟發展奠定了重要基礎。
秦始皇在位期間，還派兵南征北戰，擴張國家版圖。秦始皇末年，秦郡數由統壹之初的36郡增至40余郡，其疆域為“東至海朝，西至臨洮和仲強，南至北戶，北至河為塞，陰山至遼東”，史書記載為“北至千裏”，“凡過之處皆俯首”。根據戰國地圖，疆域幾乎是戰國七雄控制面積的兩倍。為了大力發展南越，秦始皇強迫50萬人遷入越區與越南人民共同生活，促進了各民族的長期融合與團結。為了消滅北方遊牧民族的多次入侵，秦始皇強行修建長城抵禦匈奴。至今，萬裏長城已經成為中國和中華民族最重要的象征之壹。