本條例所稱示範區，是指經國務院批準設立的在促進自主創新和高新技術產業發展方面先行先試、探索經驗、做出示範的區域，包括深圳高新技術產業園區(以下簡稱高新區)和其他工業園區。
示範區內各工業園區的具體範圍由深圳市人民政府另行公布。第三條以科技創新為核心，加快建設創新驅動發展示範區、科技體制改革先行區、戰略性新興產業集聚區、開放式創新引領區和創新創業生態區，發揮自主創新引領輻射引領作用。第四，完善以企業為主體、市場為導向、產學研相結合的創新體系，促進創新要素向企業集中，不斷增強企業創新能力。第五條培育鼓勵創新的社會環境，營造開放包容、合作創新的氛圍，激發全社會創新活力。第六條市、區人民政府應當加強對示範區工作的組織領導，制定示範區發展規劃，建立相應的資金投入等保障機制，協調示範區工作中的重大問題。第七條對在示範區工作中做出突出貢獻的單位和個人，由市、區人民政府和有關部門給予表彰和獎勵。第二章科技創新第八條堅持以科技創新為核心，加強科學探索和技術攻關，突出關鍵技術、前沿引領技術、現代工程技術和顛覆性技術創新，形成持續創新的系統能力。第九條完善基礎研究財政投入穩定支持機制。加大對基礎前沿、社會公益、重大關鍵技術研究等公共科技活動的財政支持，不斷提高基礎研究投入在財政科技投入中的比重。第十條支持高等院校、科研院所、企業和社會組織開展核心關鍵技術研發，以科技發展的重大突破推動生產力跨越式發展。符合條件的，由財政資金給予相應資助。第十壹條財政資金應當逐步減少直接投入，綜合運用財政補貼、間接投入等方式，支持企業根據市場需求進行技術創新，引導企業加大研發投入。
財政資金應當作為所資助企業科學技術研究開發的配套資金，配套比例由市人民政府規定。第十二條支持高等院校、科研院所和企業在科學技術先進、創新資源密集的國家和地區建立境外R&D機構和技術交流平臺，參與國際科技合作計劃。
支持國內外知名R&D機構和科學家團隊在示範區設立R&D機構，開展核心關鍵技術和產業化應用研究的R&D。第十三條高等院校、科研院所和企業與深圳市以外的研究開發機構合作開展科學研究，其成果在示範區內實現產業化的，可視為示範區內的科研項目，按照規定享受相關優惠待遇。第十四條符合條件的戰略性新興產業和未來產業研發項目，可以由財政資金給予相應的配套支持；還可以對科研領軍人才的培養和引進以及大型科學儀器設施的購置和建設給予資金支持。第十五條優秀人才、國家級領軍人才、相當於國家級領軍人才以上的海外人才組成科研團隊開展科技項目研發，且其項目符合財政資助條件的，科研團隊主要負責人可以申請相關資助。獲得的資助經費由所在單位或合作單位按照有關規定進行管理。第十六條市、區人民政府可以委托具有相應資質和能力的機構行使出資人權利，通過分階段持有財政資金的方式，支持企業進行技術、管理和商業模式創新。
受托股權持有機構退出股權時，經第三方評估機構確認為合法投資並已盡職盡責的，可以核銷其已投入的財政資金。第十七條高等院校、科研院所和企業使用財政性資金或者國有資金購建大型科學儀器設施，其產權和相關收益歸購建單位所有。本協議另有規定的，從其規定。第十八條高等院校、科研院所、科研人員以知識產權設立公司或者在公司持股的，可以自主持股，並按照約定的股權分配比例辦理公司登記或者股權登記手續。第十九條高等院校、科研院所、企業等擁有大型科學儀器設施的單位，應當按照有關規定，在滿足自身使用需求的基礎上，將使用或者主要使用財政性資金、國有資本購置和建設的大型科學儀器設施最大限度地向社會開放，支持有關組織或者個人開展科學研究和技術開發。
大型科學儀器設施購建申請報告或者項目可行性研究報告應當包括開放服務承諾，並明確開放時間、範圍和方式。但是，涉及國家安全和重大社會利益的項目除外。
大型科學儀器設施對外開放，可按非營利性原則收取適當費用。
建立大型科學儀器設施開放使用信息平臺，及時公開相關信息供開放使用。