隨著深圳經濟建設的發展，需要增加劃定水源保護區或者擴大或者縮小水源保護區範圍的，由深圳市人民政府另行頒布。未劃為集中式飲用水供水水源保護區的地表水水源的管理，參照本規定執行。第三條水源保護區的開發建設應當實行規劃控制。
水源保護區發展總體規劃由市人民政府制定，作為區域開發、人口控制、新建項目建設和現有項目調整改造的依據。
水源保護區總體規劃應在保證各級保護區水質目標的前提下，根據當地自然環境、資源條件和現狀特點，按照本規定的有關要求，使水源保護和經濟建設在規劃控制指標內協調發展。
水源保護區總體規劃應包括:開發規模、產業結構、人口指標、汙染防治和生態保護規劃、汙水收集和處理措施、固體廢物收集和無害化處理、水土流失控制、資金渠道、開發程序等。第四條市和區、縣人民政府應當將飲用水水源保護區水質保護納入本級政府任期目標責任制，將汙染治理納入經濟和社會發展規劃，並組織有關部門采取有效措施予以實施。第五條在水源保護區內，不得辦理加劇水汙染的項目。現有排放工業汙水和生活汙水的行業和企業，應當限期治理，使汙水達到規定的標準。第六條任何單位和個人都有保護水源的義務，並有權對汙染和破壞水源的行為進行檢舉和控告。對保護飲用水水源做出顯著成績的單位和個人，政府應當給予表彰或者獎勵。第二章監督管理分工第七條市環保局對全市飲用水水源環境保護實施統壹監督管理，協調有關部門在職責範圍內做好飲用水水源保護工作，檢查指導下級環保局開展水源保護工作。
區環保局是本地區水汙染防治的監督執行機構。
各水源地水源辦是水汙染防治的具體辦公室，負責檢查監督汙染防治措施的落實，及時向市、區環保局報告汙染事故。第八條區、鎮人民政府負責組織實施本轄區內集中居住區的汙水處理、垃圾收集和無害化處理。
市、區水利部門負責轄區內的水源開發建設和用水計劃管理，參與水源保護區規劃和水汙染防治計劃的制定。
市、區經濟管理部門負責本轄區內經濟建設和水源保護的協調工作。
市、區建設和土地管理部門分別負責所轄水源保護區的建設用地管理和建設項目布局。
市、區衛生行政部門負責飲用水水源的衛生監督管理，參與水源保護區規劃的制定。
各區、鎮農業部門負責所轄水源保護區內農藥、化肥、除草劑的使用和管理。
區、鎮公安部門負責所轄水源保護區的人口控制，並對劇毒和放射性物品的運輸、儲存和使用進行監督管理。第九條在深圳水庫-沈東供水幹渠水源保護區、觀瀾河流域水源保護區和西麗-長嶺皮-石塘坑水庫水源保護區壹、二級保護區內，所有建設項目的環境影響報告書(表)必須報市環保局審批；
在水源準保護區內設立壹般建設項目的環境影響報告表，由區環保局審批後，報市環保局備案；
在石巖水庫水源保護區、鐵崗水庫水源保護區和茅洲河流域水源保護區，壹般建設項目的環境影響報告書表由當地環保局審批後，報市環保局備案；
涉及大中型項目、限額以上投資項目、汙染嚴重項目等。按照國家和省有關建設項目環境保護管理的規定執行。
已建成項目的日常環保工作實行分級管理，二級保護區內由市環保局審批的壹般建設項目可移交區環保局管理。第三章保護水源和防止汙染