(壹)以事實為依據，以法律、法規和規章為準繩；
(二)嚴肅、公正執法；
(三)查處違法行為，檢查與處理應當分離；
(四)對違法行為的處理，執行集體審查決定；
(五)處罰和教育、調查和幫助改進工作。第四條查處違法案件應當事實清楚、證據確鑿、定性準確、處理得當、程序合法、手續完備、文書齊全。第二章管轄第五條違法行為的查處實行分級管理。第六條區、縣(市)環境保護部門管轄下列違法行為的查處:
(壹)本地區的壹般違法行為；
(二)按照環境保護分級管理的原則，查處應當查處的違法行為；
(3)上級環保部門交辦的案件。第七條市環保部門對下列違法行為的查處有管轄權:
(壹)轄區內對當地經濟和社會生活造成嚴重影響的違法行為(包括汙染和破壞造成的中毒和死亡)；
(二)重大涉外違法行為；
(三)按照環境保護分級管理原則應當查處的違法行為；
(四)上級環保部門交辦的案件。第八條查處下列違法行為應當遵循以下原則:
(壹)航空器和各種機動車輛運行中的違法行為，由行為發生地或者發現地環境保護部門管轄，法律另有規定的除外；
(二)廢氣、廢水、廢渣、放射性物質和噪聲等造成汙染損害的違法行為。，由汙染源所在地的環境保護部門管轄；
(三)因堆放或者轉移有毒有害的廢棄產品、原料、廢物造成的違法行為，由責任人所在地或者堆放、轉移地的環境保護部門管轄。
兩個以上環境保護部門都有管轄權的違法行為的查處，由最先受理的環境保護部門管轄。第九條管轄權發生爭議時，由市環境保護部門指定管轄。第十條市環保部門有權查處下級環保部門管轄範圍內的各類違法案件。第三章案件查處程序第十壹條違法行為同時符合下列條件的，可以立案:
(壹)有明確的責任；
(二)有違反環境保護法律、法規和規章的事實；
(三)依法應當或者可以給予行政處罰的；
(四)在本級管轄範圍內。第十二條對符合立案條件的違法行為，應當在接到舉報或者發現違法行為之日起三日內立案，並填寫《環境保護違法行為查處登記表》，開展查處工作。
情況緊急，已經造成或者可能造成重大環境汙染和生態破壞的，應當立即組織現場調查，然後填寫《違反環境保護法律法規行為查處登記表》。第十三條違法行為案件必須由兩人以上組成調查組進行調查，並指定壹人為負責人。
進行現場調查或者檢查時，應當主動向違法當事人或者有關人員出示證件，表明身份，向當事人詳細詢問，並制作詢問筆錄，由被詢問人簽名。
查處違法案件，除了對主要事實、情節和證據進行核對、核實，取得必要的證明材料外，還應當依照有關法律、法規和規章的規定，寫出調查報告，提出處理意見。
勘驗現場時，應當繪制現場圖；如果可能的話，還應該對現場進行拍照或錄像。第十四條違法事實確鑿並有法定依據，對公民處以50元以下或者對法人或者其他組織處以1000元以下罰款或者警告的行政處罰，可以當場作出行政處罰決定。第十五條復雜或重大違法案件調查結束後，經部門領導批準後，將案件的全部材料提交環境保護部指定的查處違法案件審查機構，進行集體審查。第十六條對復核結果確認需要給予行政處罰的，先發出行政處罰通知書。行政處罰通知書應當載明下列內容:
(壹)當事人的違法行為；
(二)行政處罰的法律依據；
(三)行政處罰的種類和範圍；
(四)就要求從重行政處罰的事項進行陳述、申辯和舉行聽證的權利；
(五)權利實現的方式和期限。