1，誰破壞誰執行的原則。這壹原則要求賠償與主體的破壞相壹致。壹個主體在經濟建設過程中破壞了生態環境，有修復和補償的義務。但是，不要求在原位進行修復和補償。如果在經濟區的損害不可避免，允許在生態區進行修復和補償。這並不意味著可以在經濟區內隨意破壞，不做任何修復。壹定要盡力把損害降到最低，只有在經濟區無法完全修復的部分，才能去生態區進行修復和賠償。投資方和建設方必須在項目啟動前做好補償安排和預算，總投資必須包含適當比例的補償費用。
2.自我補償和委托補償。落實“誰破壞誰賠償”原則，主要是指破壞方必須履行賠償義務，支付賠償投入或費用。經濟區毀滅者既可以直接去生態區維修賠償，也可以委托專門機構或生態區維修賠償，由前者承擔全部費用。比如高速公路建設對生態環境造成壹定的破壞，高速公路的建設者可以進行異地修復補償，或者投資者和建設者可以向相關單位支付壹定的補償，由相關單位進行異地修復補償。可以成立專門從事生態修復補償的實體，根據不同的損害類型、範圍和程度，進行異地補償。
3.等額賠償和雙倍賠償。為維護整體生態平衡，應區分不同情況，實行等額補償和雙倍補償。等額賠償是指損害金額和賠償金額相等。比如壹個地方破壞了1公頃的森林或草地，另壹個地方建設了1公頃的森林或草地。有些損害可能沒有明確的計量單位，可以通過綜合計量相關生態功能來進行等價補償。雙倍賠償是指賠償金額大於損害金額。比如在壹個地方砍五棵樹，在另壹個地方種10棵樹，保證成活。對表2中壹般保護區的損害可以等額補償，但對綜合保護區和重點保護區或重點保護對象的損害應雙倍補償。
4.治理補償。異地對生態環境的壹些破壞是不容易補償的，比如排放各種汙染物，除了就地處理，也可以異地處理。破壞者向專門機構支付壹定費用，在控制區或其他區域進行異地治理，可以對整個生態環境起到壹定的修復作用。在表2所列的治理控制區中可以劃出部分區域，專門用於異地治理和恢復補償。
生態建設補償機制
1，貫徹* * *享受* * *的原則。所謂* * *享，就是不僅生態區受益，經濟區也共享生態保護和建設成果。所謂* * *建設，就是生態區和經濟區按照合理分工，共同進行生態建設。其中，生態區是專門保護和建設的；經濟區承擔部分保護和建設費用，也可派部分人員直接參與建設，提供技術指導。* * *享受* * *建設是構建生態建設補償機制的利益基礎。
2、以上級財政轉移支付為主要補償方式。如上所述，區域主體的功能定位取決於行政區域，生態區域和經濟區域通常由不同的行政區域管理。生態區壹般不能直接向經濟區索要生態建設補償費，只能通過國家或上級政府在經濟區征稅，然後以財政轉移支付的形式向生態區提供生態補償費。從全國來看，經濟區是財政收入的主要來源，需要按照財政收入的壹定比例提取生態補償費，通過法律規定建立生態補償基金。建立科學的生態保護和建設績效評價體系，由國家或上級政府組織對生態區環境保護成效進行綜合評價，實施轉移支付。
3.合理確定生態補償水平。需要綜合考慮生態區和經濟區的各種因素:(1)生態區保護和建設生態環境的有效性；(2)生態區保護和建設生態環境的直接成本包括人和財產的投入和消耗；(3)生態區保護和建設生態環境的機會成本主要是生態區為保護生態環境而放棄的經濟收益；(4)經濟區的經濟發展水平和支付能力。其中，(2)、(3)由生態區和經濟區按壹定比例合理分攤。
4.飛地補償。所謂飛地補償，就是把兩個主體功能區分成部分，分別由對方建設開發。這是在這種條件下的壹種生態補償方式。