警察系是2000年6月學院成立後，在原安徽警察學校業務教研室基礎上組建的專業教學系。建校之初就設立了警察專業，2000年9月首次招生。2002年，警察署開設了治安管理和刑事偵查兩個專業。2003年開設司法執行專業，次年兩校均招生。2003年9月，原政法管理部並入警察部。至此，警察系已有警察、治安管理、刑事偵查、司法執行、勞動與社會保障、律師事務、行政法律事務等7個專業。
為進壹步優化學科結構，使專業布局更加合理，打造專業群，2004年申報設立特警專業和公共事務管理專業，2005年申報設立行政管理、司法警察與心理咨詢(司法方向)專業。除了特警專業，次年招生。2005年，根據教育部頒布的《普通高等學校高等職業教育專業設置管理辦法(實施)》，學院對相關專業名稱進行了調整。警察系的警察專業更名為警察管理、刑偵技術、司法執行、特警、安全防範技術、律師事務、行政法律事務(行政法方向)。至此，警校有十壹個招生專業。11個專業學科包括:刑法學、監獄學、心理學、行政法學、公安與警察學科、管理學學科，100多門課程。
到2007年5月，警察署共有40名教職員工，包括辦公室、刑事偵查與治安管理教研室、刑法教研室、行政法與行政管理教研室。
2007年5月，學院根據安徽省機構編制委員會《關於印發安徽警官職業學院機構編制方案的通知》(皖編[2006]10號)文件精神，開展“三定”工作，增設院系。非警察專業從警察系轉到其他系，留在警察系的有警務管理、刑事執行、司法警務和心理咨詢(司法方向)2009年6月新增兩個國家試點專業:監獄管理和法律事務(基礎司法行政事務方向)。2009年7月申請開設安全技術與文秘專業，次年招生。在上述7個專業中，刑事執行專業是省級精品工程專業，是省重點支持建設的高職院校重點建設專業，是中央支持的提升高職院校專業服務產業發展能力的項目。心理咨詢(司法方向)是省級精品工程專業，該專業教研室是院級教學團隊。警務管理專業是學院級教改示範專業。
警察廳內設機構包括辦公室、學生處、監獄管理教研室、刑事執行教研室、法律事務(定向)教研室、司法警察教研室、心理咨詢教研室。擁有壹支年齡、職稱、結構合理，專兼職結合緊密，團隊合作精神強，教學經驗豐富，教學水平高，實踐能力強的教學團隊。警務室現有教職工34人，專任教師30人，校內外兼職教師18人。省級名師1。專任教師中，教授1人，副教授7人，講師17人，研究生學歷或碩士學位教師13人，兼職律師、心理咨詢師等雙師型教師20人。
為了實現各專業的培養目標，學院和院系壹直非常重視實驗室和實習基地的建設。建立了模擬審判、計算機房、語音室、駕駛訓練基地等實驗實訓場所，以及刑偵實驗室、刑事攝影室、輕武器射擊館、心理學實驗室等警察專業實驗實訓場所。在合肥監獄、蜀山監獄、未成年犯管教所、巢湖監獄、蚌埠監獄、安慶監獄、銅陵監獄、馬鞍山監獄、安徽省女子監獄、深圳公立羅湖分院、福田分院等單位設有警校學生實習實訓基地，在市司法局、司法所設有非警校學生實習實訓基地。
教師積極從事科研和產學研活動，承擔省、院級課題30余項，撰寫教學、科研論文100余篇，其中在國家壹、二類學術刊物上發表20余篇；主編、參與編寫國家高職院校規劃、試點專業規劃、國家司法警官學院“十二五”規劃等各類教材50余部，出版專著10余部。教師通過承辦訴訟案件、開展心理咨詢活動、參與國家普法工作、應邀到有關單位講課和講座、參加相關研討會和演示等方式，用自己的專業知識和技能為社會服務，產生了良好的社會效應。
警察系壹直圍繞服務導向和優質就業導向組織教學和管理。針對刑事執行、司法警務、安全技術、秘書三個專業的教學，緊密圍繞公務員、人民警察招錄方案和考試大綱的要求，開設課程，組織有經驗的教師授課。在每年的公務員、人民警察招錄中，我們的畢業生收獲頗豐。對於心理咨詢專業，根據高級應用型人才培養特點、學生參加本科自學考試和心理咨詢師國家職業資格考試的需求，制定培養計劃、設置課程、組織教學，與相關機構密切合作，共同開展心理咨詢師職業資格培訓和考試。本專業絕大多數學生畢業時都取得了國家三級心理咨詢師的職業資格。