第壹，從權利平衡到決策科學。
傳統公司治理要解決的主要問題是所有權和經營權分離條件下的代理問題。通過建立既能分權又能相互制衡的制度，降低代理成本和代理風險，防止經營者背離所有者利益，從而達到保護所有者的目的。這種制度通常被稱為公司治理結構，主要由公司的股東大會、董事會、監事會等法人機構組成。這種制度或治理結構的基礎是公司的權力配置。即所有者和經營者都以其法律賦予的權力承擔相應的責任。股東對公司擁有最終所有權，並以其投入公司的財產承擔有限責任。所以在法律意義上，公司是股東，對公司有無可爭辯的剩余索取權。經營者作為代理人，擁有公司的法人財產權而非所有權，但他直接控制著公司，控制著公司的盈余。由於法人財產權與最終所有權的不壹致，導致經營者與所有者在公司中的利益不壹致。因此，基於權力配置的公司治理制度對於維持各方權力的存在和實施是非常必要的。但是，公司治理不是制衡，制衡不是各方利益最大化的最有效方式。我們(南開大學公司治理研究中心)認為，衡量壹個治理體系或結構的標準應該是如何使公司最有效地運行，如何確保所有公司參與者的利益得到維護和滿足。因此，科學的公司決策不僅是公司的核心，也是公司治理的核心。因為公司各方的利益都體現在公司實體上，只有理順各方面的權責關系，才能保證公司的有效運行，而公司有效運行的前提是科學決策。因此，公司治理的目的不是相互制衡，至少，最終目的不是制衡，而是保證公司科學決策的方式方法。第二，從治理結構到治理機制。
傳統的公司治理大多停留在以分權制衡為基礎的公司治理結構層面，更註重對股東會、董事會、監事會和高層管理者之間制衡關系的研究。因此，公司治理可以說集中於公司的內部治理結構。但是，從科學決策的角度來看，治理結構還遠遠沒有解決公司治理的所有問題。基於科學決策理念的公司治理不僅需要壹個完整有效的公司治理結構，還需要壹些結構之外的具體治理機制。公司的有效運作和決策科學不僅需要通過股東大會、董事會和監事會發揮作用的內部監督機制；而且需要公司法、證券法、信息披露、會計準則、社會審計、輿論等壹系列外部治理機制通過證券市場、產品市場、經理市場發揮作用。在OECD最近制定的《公司治理原則》中，並不是簡單地強調公司治理結構的概念和內容，而是涉及許多具體的治理機制。這個原則主要包括以下五個方面:(1)股東的權利；(2)股東平等待遇；(3)利益相關者的作用；(4)信息披露和透明度；(五)董事會的職責。顯然，治理機制是壹個比治理結構更廣更深的公司治理概念。