工商、質量技術監督、衛生、商務、食品藥品監管、環境保護等部門應當在各自職責範圍內做好農產品質量安全的監督管理工作。第五條市和區(縣)人民政府應當將農產品質量安全監督管理納入本級國民經濟和社會發展規劃，建立健全農產品質量安全監督管理體系和技術保障體系，保障農產品質量安全工作經費。第六條市和區(縣)人民政府及有關部門應當加強農產品質量安全知識的宣傳，提高公眾農產品質量安全意識。
鼓勵和支持農產品質量安全科學技術研究，推廣先進安全生產技術，推進農產品標準化生產，引導農產品生產經營者加強質量安全管理，保障農產品消費安全。第七條農業行政主管部門應當建立農產品質量安全預警系統和應急機制，分析、預測和評估可能影響農產品質量安全的潛在危險，采取有效措施，預防農產品質量安全事故的發生。第八條農業行政主管部門應當建立農產品質量安全舉報制度，公布舉報方式，接受舉報並依法核實、處理和回復。
任何組織和個人有權舉報違反本條例規定的行為。舉報經調查核實的，予以獎勵。第二章產地管理第九條農業行政主管部門應當根據統壹規劃、合理布局、因地制宜、合理發展的原則，制定農產品生產發展規劃，報同級人民政府批準後，組織實施。第十條農業行政主管部門應當推進標準化示範基地、示範養殖場、養殖小區(場)和無規定動物疫病區建設，保障農產品質量安全，引導農產品生產者按照農產品質量安全標準進行生產。第十壹條農業行政主管部門應當根據農產品特點、區域自然條件和土壤肥力狀況、土壤和水體中有毒有害物質狀況，按照國家有關規定，提出禁止生產的農產品區域和品種，報同級人民政府批準後公布。農業行政主管部門應當在禁止生產區設立標誌牌，標明禁止生產的農產品的名稱、地點、範圍、面積和品種。第十二條農產品生產者應當在農業行政主管部門和有關部門的指導下，對不符合農產品產地質量安全標準的農產品產地進行修復和治理。
生產環境得到改善的禁止生產區符合農產品質量安全標準的，經農業行政主管部門確認並報本級人民政府批準後恢復生產，並及時變更標誌內容或者撤除標誌。第十三條農產品生產者可以按照有關規定申請無公害農產品產地認定和綠色食品、有機食品原料基地認證。通過認定認證的無公害農產品產地和綠色食品、有機食品原料基地，不得擅自改變名稱、區域、範圍和生產類型；確需變更的，應當經原認證認可機構批準。第十四條禁止向農業生產區排放、傾倒、掩埋下列汙染物:
(壹)重金屬、硝酸鹽、油類、酸液、堿液、有毒廢物和放射性廢物；
(二)不合格的工業廢渣、廢氣、廢水、汙水和含有病原體的汙物；
(三)超過國家規定標準的有毒有害固體廢物、生活垃圾和其他汙染物。第十五條農業行政主管部門應當建立和完善農產品安全監測體系，根據需要在農產品產地設置監測點，對農產品產地的安全狀況和發展趨勢進行監測和評估。第十六條突發事件造成或者可能造成農產品產地汙染的，有關單位和個人應當及時采取控制措施，減輕或者消除危害，並向農業行政主管部門或者環境保護行政主管部門報告。接到報告的部門應當立即趕赴現場進行調查處理，並向同級人民政府報告。第三章生產管理第十七條農業行政主管部門應當采取措施，組織實施農產品質量安全標準，指導農產品生產者執行相關技術規範和操作規程。生產的農產品應當符合國家質量安全標準。
農業科研教育機構和農業技術推廣機構應當加強對農產品生產者的質量安全知識和技能培訓，並按期組織實施。