然而，關於她的是非才剛剛開始，她的壹句“我要打官司，我被自己人擰了”就讓形勢變得激烈起來。
“違禁藥物這個東西，我從來沒有用過。我想不通這19-去甲雄酮是哪裏來的。(嘆氣)我想知道，我死了，是什麽殺死了我。”
吳艷艷堅持說她沒有吃藥。壹是沒必要，因為“我當時是國家隊壹姐”，成績突出。她在1997創造的2分9秒72的世界紀錄壹直保持至今。二是發現的禁藥“過時無用”。“訓練中不得不服用這種藥物來增加肌肉力量，而且很容易發現。”吳燕燕在濟南比賽前五天接受了FINA的飛行尿檢，沒有任何異常情況發生。“等於說我在這壹周之內吃了藥。這不是自殺嗎？!"
遊泳管理中心忽略了“罪人”的常規借口，因為沒有法律規定官方有責任查明藥物的來源。但這是壹起被禁賽的吳艷艷和吳繼才教練最大的心病。於是，吳艷艷提出:告。起訴遊泳管理中心。
“我們沒有要求給他定罪，因為運動員條例裏已經提到，不管妳是不是誤服，都會被禁賽。當時想打官司追查這個東西的來源，想知道責任。不是我出事了，就好像我在街上買了藥吃了，我自己承擔了責任。我當時在國家隊的管理下，妳能給我壹個...(低頭嘆氣)“吳燕燕回憶，當時的衣食住行都是國家隊安排的，不記得有什麽單獨的行動。”(茫然)那時候什麽都是集體的，我自己也不會去想。
作為壹名多年的運動員，我沒想到...我覺得這種事情不會發生在我身上。我壹點也不在乎，而且我還挺粗心的。交談中，吳艷艷反復帶出這句話:“我從哪兒弄來的這種藥？誰給我的？”
當時媒體有這樣的敘述:“吳燕燕被查出是加拿大PVL營養公司生產的HMβ...在吳艷艷提供給記者的壹份營養清單中，寫明了16種營養素，其中包括HMβ，還有壹種也被國家體育總局明令禁止。據吳艷艷介紹，這份營養清單是國家隊提供給她的，相關人員分兩次給了她兩瓶HM。吳艷艷說她壹般不吃，只有累了才會用。”
吳燕燕承認HMβ和營養清單的存在，但她也猶豫著強調“當時國家隊給運動員提供的營養補充劑都是集體的；那為什麽我會有麻煩？別人怎麽可能沒事？”對於營養清單上的補充劑是否產生了尿樣中檢測出的19-去甲雄酮，吳碩表示，“我不知道這些好不好，但我覺得目前可能不好。也許是，也許不是。”
根據運動醫學學術界的研究，HMβ是壹種非類固醇補充劑，可以促進長期運動訓練後的肌肉體積、力量和運動成績，但與睪酮等特定的雄激素無關(所有合成的雄激素類固醇的化學結構都與睪酮相似)。但也有國外學者提醒，即使沒有危險的副作用，非甾體類補充劑也有惹事的可能，而且可能性很大。然而，目前還很少有關於在沒有監測的情況下使用這種補充劑的影響的研究。
吳艷艷催促追查，國家隊並不買賬。“我當時就覺得自己很無力。我什麽也說不出來，什麽也做不了。好像只要妳尿樣檢測陽性，妳做什麽都沒用。”
從1994到悉尼奧運會，中國遊泳的國際形象壹直受到質疑。1994廣島亞運會期間，來自中國的7名遊泳運動員尿檢呈陽性，均為獎牌獲得者。在1998世界遊泳錦標賽之前，中國遊泳運動員袁媛在悉尼機場被發現攜帶違禁藥物。在世界錦標賽期間，四名中國運動員尿檢呈陽性。四人的律師在FINA聽證會上提出了壹種名為艾維治的藥物，並證明這種由挪威公司制造的補充劑導致尿檢結果呈陽性。因為這壹證據，FINA在第壹次聽證會後暫時解除了對四人的暫時停職。然而，在第二次聽證會上，FINA對四人發出了兩年的禁令。四人向體育仲裁院提起上訴，但仲裁院維持原判。因為在國際賽場上事故頻發，FINA專門派人調查中國遊泳界是否有組織地服用違禁藥物。至此，中國遊泳運動員的國際形象跌入谷底。
沒有多次開庭，沒有仲裁庭上訴，吳艷艷的官司也沒有最終打完。“我向現實屈服了。”
“起訴有什麽用？如果妳起訴，妳會受到懲罰。現在妳還是這個圈子裏的教練。妳能告妳老板嗎？”
“我的領導和旁邊的人讓我冷靜下來。我想做，但我壹個人怎麽做？”其實當時也有輿論支持吳艷艷。原因是她是集體行為的受害者和替罪羊。
“在這壹點上我很尷尬。可能這個圈子裏是這樣，但我真的沒吃這個藥。”因病引起的咽喉痛此時嚴重阻礙了她的表達，她不停地咳嗽。但她還是堅持擠出了最後幾個字:“我覺得我挺難過的，在這件事上。”
官司沒打起來，但輿論的躁動已經無法控制。“當時我們領導跟我說，鳳凰衛視24小時新聞聯播，要每小時提壹次。我們廣西的領導說，‘以前沒有世界冠軍受過這樣的苦。’"
從國家隊退役後，吳艷艷回到廣西，住在大院宿舍。“我只是休息，偶爾去遊泳。”放棄訴訟後，吳艷艷正式成為壹名教練。“我上班要來遊泳池，但是我的心情很受影響。這就像壹個汙點。”因服用興奮劑受到處罰的吳艷艷在接受處罰後表示，將對處罰提出上訴。但中國遊泳中心官員認為，吳艷艷服用興奮劑的證據確鑿，即使上訴也沒用。2000年7月17日，在中國遊泳協會公布對遊泳運動員吳艷艷及其教練吳繼才的處罰決定後，記者於7月18日試圖與吳艷艷取得聯系，但其手機全天未開機。然後有消息說吳艷艷要上訴，把中國遊泳協會告上法庭。6月19日，記者就此問題詢問遊泳中心相關負責人。遊泳中心官員景嵐告訴記者:尿樣A瓶和B瓶檢測存在問題，證據確鑿。吳艷艷再上訴也沒用。
景嵐表示，遊泳中心尚未收到吳艷艷的申訴材料。和大家壹樣，他們也從網上看到了相關的說法，但是處理結果已經出來了，不會改變。幾名在上海被禁賽的運動員也向FINA提出上訴，但沒有任何結果。至於有人說遊泳中心對吳艷艷處罰太重，景嵐表示，遊泳中心只是處罰了四年，並沒有終身禁賽。至於其他廣西遊泳運動員被送回廣西的原因，景嵐解釋說，自從他們的教練吳繼才受到處罰並離開國家遊泳隊後，廣西運動員現在沒有教練了，所以他們只能回到原隊。傳言他們也是因為被查出服用禁藥而被送回來的，簡直是無稽之談。
吳艷艷在2000年6月舉行的全國遊泳錦標賽和奧運會的興奮劑檢測中，19-去甲雄酮陽性(5mg/ml以上)。根據《國際業余遊泳聯合會反興奮劑檢查規則》、國家體育總局令第1號和《中國遊泳協會反興奮劑實施細則》，中國遊泳協會對此事進行了聽證調查。根據調查結果，於7月17日作出處罰決定:取消吳艷艷2000年全國遊泳錦標賽和奧運會成績，禁賽四年，罰款8000元；吳艷艷主教練吳繼才被禁賽1年，罰款4000元；廣西遊泳協會被警告，並支付了20項額外的興奮劑檢查費用。在處罰出臺前，吳艷艷和主教練吳繼才已經回到廣西，國家隊的兩名廣西球員秦、也隨他們壹起回到廣西。處罰出臺後，國家遊泳隊總教練趙戈表示，對吳艷艷的處罰表明，中國遊泳協會負責官員對防止此類事件再次發生的態度非常明確。趙哥說:“這個處分肯定會有壹定的影響。我們希望這種事情不要再發生在其他運動員身上。我們的態度非常明確。興奮劑將被嚴格禁止。”壹直密切關註中國遊泳隊的澳大利亞遊泳協會主席蓋伊·瑟克爾(Guy Thirkell)表示，中國遊泳協會抓獲最著名的遊泳運動員吳艷艷是中國反興奮劑的重大突破。
得知處罰結果後，他說:“我受了委屈。我根本沒吃什麽藥。”她說:“我贏得了這麽多世界冠軍，並保持著世界紀錄。這樣的比賽我為什麽需要吃藥？”我沒有吃藥的動力，壹點意義都沒有。這是非常不公平的懲罰。我明天要見律師，以個人名義把中國遊泳協會告上法庭。"