辦公室
負責處理局機關日常事務，協調局機關事務；負責起草、審核、批準和印刷相關文件和報告；負責組織綜合性會議；負責文秘事務、文件管理、文件檔案、機要通信、保密、安全、調研、信息和宣傳等工作；負責辦理全國人大代表建議和CPPCC提案，處理來信來訪；負責起草局機關內部管理規章制度；承辦新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔門戶網站運營和信息維護；負責局機關和系統的績效目標管理和綜合管理。
政策法規司
制定並組織實施依法行政和稅收管理工作計劃；負責執法宣傳和執法示範單位(崗位)的創建；負責地方稅制改革和稅收政策、稅收法制等方面的研究工作；起草涉稅規範性文件，承擔上級和有關部門綜合性涉稅文件的審查、批復、備案和管理工作；牽頭審理重大稅收案件、稅務行政處罰和聽證；負責地方稅法定減免稅的集體審議、統計和管理；承辦稅務行政復議、稅務行政賠償和行政訴訟；負責系統的法制教育、法律培訓和執法資格認定；負責全國創業活動的組織和協調。
收入規劃辦公室
編制年度稅費任務和稅費收入長期規劃；制定和完善稅收征管和退稅制度，監督檢查稅收繳納和退稅情況；組織稅收分析預測和重點稅源監控管理；組織實施稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關制度；負責全市完稅憑證的印制、發放和稽查管理；承擔稅收數據的綜合管理和應用，對外發布稅收數據。
金融設備辦公室
制定財務和基本建設管理辦法；負責稅務資金、財務、設備和資產的管理；制定全市地稅系統的財務制度並監督檢查執行情況；編制審計系統的財務預算和決算；處理各種資金的核算和分配；負責系統內部財務計劃的制定和實施；負責局機關及直屬單位的資金管理；組織實施政府采購規章制度；承接系統化的服裝生產和分銷。
監督和內部審計辦公室
組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查；負責稅收執法責任制、過錯責任追究制等工作；承辦財務管理、基建項目、大宗貨物采購審計和領導幹部經濟責任審計；組織稅收和財務檢查，監督檢查下級領導班子和幹部執行重大稅收決策和紀律的情況。
收藏管理處
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體配套制度和操作辦法；擬訂稅收征管中長期規劃和綜合計劃並組織實施；組織實施稅收征管資料和綜合納稅評估方法的管理和應用措施；負責稅收征管質量評估和稅收征管因素分析；承辦稅務登記、納稅申報、稅務發票管理和稅控工具的推廣應用；承擔普通稅務發票和稅務登記證的印制和管理工作。
稅務管理壹室
組織實施營業稅和資源稅的征收管理，制定具體的征收管理辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估、稅源管理和稅基管理；負責法定減免稅的審核、審批和後續管理；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等涉稅工作。
稅務管理二科
組織實施所得稅征管，制定具體征管措施；解釋和處理所得稅的具體業務問題；組織實施所得稅的納稅評估、稅源管理和稅基管理；負責法定減免稅的審核、審批和後續管理；指導所得稅的日常管理和檢查；參與所得稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作。
稅務管理第三司
組織實施城市維護建設稅、城鎮土地使用稅、房產稅、車船稅、土地增值稅、印花稅、耕地占用稅、契稅等地方稅的征收管理；負責教育費附加和地方教育附加的征收和管理；制定具體的征收管理辦法；解釋和處理與稅務相關的具體業務問題；組織實施相關稅種的納稅評估、稅源管理和稅基管理；負責法定減免稅的審核、審批和後續管理；指導相關稅收的日常管理和檢查；參與納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等涉稅工作。
社會保障費管理處
負責市政府委托地稅部門征收的全市基本養老保險、基本醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險等社會保險費、河道堤防維護費、文化事業建設費、殘疾人就業保障金、價格調節基金、排汙費、工會經費(工會預備費)等行政事業性收費的征收管理，並制定具體征收辦法；解釋和處理具體的業務問題；制定和完善收費征管辦法，加強欠費和收費管理；組織收費、日常管理和檢查。
涉外稅務管理部門
組織實施涉外稅收政策法規，規範涉外稅收管理機制；按照規定權限組織協調國際稅收管理事務，包括國家(地區)間稅收協定的執行、非居民納稅人的管理、反避稅調查的調整、稅收信息的交換與核實以及國際稅收管理的合作；負責全市地稅系統涉外(國際)稅收政策法規和管理業務的指導和培訓；接受並提供涉外(國際)稅收政策法規和管理業務的咨詢和指導；負責組織實施全市地方稅務系統對外商投資企業和外國企業的審查納稅評估和稅務稽查。
稅務服務辦公室
組織實施納稅服務體系建設；制定納稅服務工作規範和操作流程；組織協調實施納稅輔導和咨詢服務並協助監管部門開展稅收法律救濟；組織實施納稅信用體系建設；指導稅務糾紛的調解；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；負責稅收的宣傳、多元化申報方式的推廣、辦稅服務廳的規範管理、12366納稅服務熱線、遠程席位、網站互動欄目的建設；承擔市局內外網站的信息發布和短信平臺的管理；協助國稅部門對稅務中介機構進行審批和管理，並參與其績效評價和資質等級評定。
技術管理辦公室(運維災難恢復辦公室)
制定並組織實施稅收管理信息化總體規劃和實施方案，負責稅收管理信息化建設中業務需求整合和流程優化的綜合管理；承擔稅收管理信息化建設項目的立項、技術標準和資金使用管理；負責信息設備管理；負責稅收管理信息系統的建設、監督和檢查；負責組織實施網絡、主機、數據庫、中間件等應用系統和設備的運行、維護和管理；負責信息系統運行的安全；負責數據綜合利用和查詢展示；負責計算機災難恢復計劃的制定和災難恢復所需資源的保障；開展全市系統的數據備份、應用備份、日常運行管理和災難恢復服務；負責相關外部網絡(財稅銀行聯網等網絡)的運行、維護和管理；承擔小型軟件的開發、推廣、應用和維護；進行信息技術培訓。
人事處
制定系統的幹部人事制度、稅務人員隊伍建設和人員教育培訓計劃並組織實施；負責系統內幹部的人事、工資、組織和公務員管理；按照幹部管理權限，承擔領導班子、領導幹部和後備幹部的管理、考核和監督工作；監督檢查系統執行幹部人事規章制度的情況；監督區局黨組重大決策和重要工作的落實；按照幹部管理權限，管理幹部出國(境)；負責承辦市局機關的統戰和雙擁工作；負責貫徹執行國家、省、市教育法規和全市地稅系統幹部教育培訓工作；負責制定和實施幹部教育培訓工作計劃和配套制度；負責地稅幹部首次培訓考核的組織管理工作；負責地方稅務系統教育培訓的組織和管理；負責教育經費的使用和管理；負責全市地稅系統幹部教育培訓教材建設和師資管理；
黨委辦公室(基層工作辦公室)
負責局機關和直屬單位的黨群工作；負責系統的思想政治工作、精神文明建設、稅收文化建設和基層稅務科(所)建設；承擔系統的文明創建、競賽、評比和表彰工作；負責稅務、紀律和著裝管理制度的制定和實施；指導系統的黨建工作；負責承辦市局計劃生育和青年婦女工作；負責制定系統工會和市局工會的工作計劃；指導系統工會工作，負責市局工會工作；配合黨政部門做好幹部職工的思想政治教育和職業道德教育；組織職工為貧困群眾治病、療養、送溫暖，開展各種文體活動，豐富業余生活；管好用好工會經費。
檢查辦公室
負責組織和指導實施系統的黨風廉政建設，糾正部門和行業不正之風；負責受理反映稅務人員違法違紀問題的線索和執法監察工作中發現的違法違紀問題線索，調查審理系統處級幹部和局級以下幹部違法違紀大案要案；負責受理稅務人員不服黨紀政紀處分的申訴，並對申訴案件進行復查和復核。
離退休幹部辦公室
負責市局離退休幹部工作，指導系統離退休幹部工作。宣傳貫徹中央、省、市有關離退休幹部工作的政策。負責本系統離休幹部、處級以上離休幹部和市局機關離休幹部開展慰問活動。負責組織離休幹部的休養。編制離退休幹部活動經費預決算，按規定統壹使用。