科學技術行政部門可以委托民營科技企業管理機構負責民營科技企業的具體管理和服務。
其他有關行政部門應當按照各自職責，加強對民營科技企業的支持和指導，並依法進行管理和監督。第五條民營科技企業依法獨立承擔民事責任，其合法權益和經營活動受法律保護。第二章設立、變更和終止第六條設立民營科技企業，除符合本條例第二條的規定和企業設立條件外，還應當符合下列條件:
(壹)符合國家和地方產業和技術政策；
(二)科技成果或新技術產品、合法專利和專有技術；
(三)有與其業務範圍相適應的註冊資本；
(四)有市科學技術行政部門規定數量的、與其業務範圍相適應的科學技術人員。
設立公司應當依照《中華人民共和國公司法》的規定進行登記。第七條設立民營科技企業，必須按規定辦理工商、稅務登記手續。第八條民營科技企業變更和終止，按有關規定到原登記機關辦理相關手續。第三章經營管理第九條民營科技企業必須按照國家有關規定明晰產權關系。民營科技企業的投資者依照法律規定或者合同約定，享有財產所有權和其他合法權益，並承擔相應的義務和責任。第十條民營科技企業應當以書面合同形式明確各產權主體的產權關系、利益分享方式和風險責任，保護各方合法權益。
民營科技企業中的國有資產必須向國有資產管理部門登記，並按國家有關規定批準和處置。第十壹條國有資產管理部門和審計部門應加強對國有民營科技企業國有資產的監督管理。對於經營不善，虧損超出經營者的擔保能力，又無力改變的，國有資產所有權管理者可依據合同解除原合同，並可依法追究責任。第十二條單位和個人的知識產權，經合法評估後，可以按照國家規定以固定價格投資於民營科技企業。第十三條民營科技企業有權在法律、法規和政策允許的範圍內，自主選擇組織形式，從事經營活動，自主決定內部機構設置、用工和解聘。第十四條鼓勵和支持民營科技企業參與各種形式的經濟技術聯盟，組建跨地區、跨行業、跨所有制的企業集團和股份制企業。
鼓勵和支持民營科技企業租賃、承包、兼並和購買其他企業，包括國有企業。第十五條民營科技企業可以按照國家規定從國外引進資金、技術、人才和生產、科研設備，或者按照國家有關規定利用外資設立合資、合作企業。第十六條民營科技企業可以參加對外貿易談判和技術交流，自主選擇外貿代理機構；經有關行政管理部門批準，可在國(境)外設立合資、合作企業和獨資企業，並可在國(境)外設立分公司或銷售網點。
民營科技企業經國家有關部門批準，可以享有進出口經營權。第十七條民營科技企業應根據國家有關規定建立健全內部管理制度，嚴格執行《科技企業會計制度》，並接受有關部門的審計和監督。第十八條民營科技企業應當依法簽訂勞動合同，按照有關規定辦理社會保險，建立健全員工勞動安全保護制度。
民營科技企業應當支持職工依法建立工會，維護職工的合法權益。第十九條禁止民營科技企業實施下列行為:
(1)侵犯企業財產或知識產權；
(二)非法收費、集資和攤派的；
(三)強制提供免費服務；
(四)違法扣繳、吊銷許可證或者強制停業的；
(五)其他違法行為。