負責政務公開，監督檢查機關工作制度的執行情況；負責重要會議的組織和會議決定事項的督辦；負責NPC提案和CPPCC提案的辦理；負責文秘和公文管理、辦公自動化、重要文件和領導講話起草、信息、保密、檔案、車輛、警衛、值班、接待和後勤管理；負責局機關和直屬單位的新聞發布工作；負責局機關系統的維穩、信訪、社會治安綜合治理和計劃生育工作；負責局機關財務報銷和資產管理；負責該局工作人員的住房公積金、醫療保險及工資發放。
2、組織人事部門
負責局機關和直屬機構的機構編制、幹部人事、出國政審等管理工作；承辦局黨委管理的領導班子和領導幹部的考察、選拔、任免、掛職、人事檔案、退休審批等工作；負責本系統幹部的教育和培訓；負責局直屬單位黨組織建設；負責目標管理綜合考評及局考評辦日常綜合協調工作；負責局機關、事業單位幹部職工的考核、獎懲、調配、辭職辭退、招聘錄用；負責局系統專業技術職務的評審和專業技術人員的管理；負責局機關和事業單位工資和社會保險管理工作；負責宣傳工作；指導行業精神文明建設。
3.政策法規司
組織起草有關地方性法規和政府規章草案；負責本機關相關規範性文件的合法性審核；負責監督、檢查和指導路政管理、道路運輸、水路運輸、城市公共交通、公路收費和公路工程質量監督及行政執法；負責辦理交通行政復議和行政訴訟；指導和監督直屬單位的法律顧問工作；承辦本局的具體法律事務；負責組織交通行業政策的調查研究；負責普法；負責局機關和直屬單位政府信息公開工作；負責出租汽車、汽車維修、機動車駕駛員培訓機構和駕駛員培訓的管理。
4.財務管理辦公室:
負責擬訂全市公路、交通行業的投融資政策；負責籌集交通建設資金；管理交通、預決算、外匯、信貸和利用外資專項資金；負責下屬單位和部門的預算(決算)測算和資金撥付管理；負責局機關及所屬單位的政府采購；負責下屬單位國有資產的財務監督管理；負責收費公路的經營和管理。
5、綜合計劃部:
負責編制全市交通行業中長期發展規劃和年度計劃；負責編制和監督國省幹線和農村公路發展規劃以及全市客貨運輸站場規劃；負責國家投資、國家地方聯合投資和利用外資基礎設施建設項目的前期工作和後評價；負責交通基礎設施的綜合統計、預測和信息工作。
6.建築管理辦公室
貫徹執行國家、省、市有關交通基礎設施建設的政策、法規和技術標準；負責交通設計、監理和施工單位的資質審查；維護公路基礎設施建設的平等競爭秩序；監督公路工程項目的招標投標、工程造價和工程質量；監督重點公路交通建設項目的實施和竣工驗收管理；負責全市幹線路網運行的監控和協調；貫徹國家、省、市有關公路設施養護管理的方針、政策、法規和措施，並監督實施；負責維修資質預審、技術標準和規範、規程、定額等的起草和管理；負責全市公路養護管理；指導全市農村公路建設；負責路政管理工作，維護路權；負責車輛超限超載治理的組織協調工作。
7.道路運輸辦公室
負責全市城鄉道路運輸市場監管，指導城市客運管理，制定全市交通運輸發展戰略及相關政策、制度和標準並監督實施；負責運輸線路、營運車輛、樞紐和運輸站的管理；負責營運車輛的綜合性能檢測；負責公共汽車和汽車租賃的指導；負責制定物流業的發展戰略和規劃；按照規定承擔物流市場的相關管理工作；負責交通客貨運站項目的規劃和建設；負責協調公路、水路等運輸方式平等競爭的秩序；負責運輸運價的管理和監督；負責交通行業的統計工作；管理交通領域的國際交流與合作；引導交通運輸行業結構調整；指導交通行業體制改革。
8.安全監督辦公室
貫徹執行國家、省、市有關交通安全生產的方針、政策和法律法規；制定我市公路水路安全生產政策和應急預案並監督實施；指導全市交通運輸安全生產和應急管理體系建設；負責全市道路運輸業和城市客運的安全生產監督管理；負責全市水上交通安全和旅遊湖泊、渡口、水上船舶等交通安全設施的監督檢查；依法組織或者參與事故調查處理；指導交通企業的勞動工資工作；負責交通行業從業人員的勞動保護。
9.科技信息辦公室
擬訂交通科技和教育發展規劃；交通行業標準、質量、計量、環保、通信、節能減排的管理；組織實施交通科技項目和重大交通科技研究；負責對外交通科技合作與交流；負責指導交通行業信息化工作，組織制定交通行業信息化發展規劃；負責交通信息化建設項目的立項、評估、組織和驗收；負責電子政務和交通門戶網站的建設和運營管理；負責指導交通行業的繼續教育、成人教育和職業技術教育。
10，市交通戰備辦公室
貫徹國家有關國防交通的方針、政策、法律、法規和規章，負責起草本地區的國防交通規定；負責轄區內交通戰備物資裝備的監管；負責轄區內部隊國防道路和進出口道路建設；負責轄區內軍事活動和其他緊急任務的交通保障；組織協調重點物資和應急客貨運輸；負責編制民用運力動員計劃和重點運輸保障目標計劃；負責征兵。
11，機關事業單位退休人員服務管理處
負責局機關離退休人員服務管理工作，指導下屬單位離退休人員服務管理工作。
12，監察室(與紀委合署辦公)
負責全市交通系統的行政監管和效能建設；負責落實黨風廉政建設責任制；負責黨員幹部違法違紀案件的調查處理；負責全市交通系統和機關作風建設，治理公路“三亂”工作；負責分管局機關黨員幹部來信、來訪、投訴和檢舉的調查處理；負責局機關幹部任期和離任審計；組織開展局機關及直屬單位財務收支、固定資產投資項目、預算內和預算外資金管理和使用、經濟管理和效益的審計工作；指導全市交通行業內部審計工作。
13，機關黨總支
負責黨的組織建設；負責機關政治理論的學習；協助局黨委搞好黨員幹部的教育和監督工作；負責精神文明建設。