目前，我國礦產資源開發利用的補償和利益分享還存在法律體系不完善、法律規定不明確等問題。礦產資源開發和生態環境保護沒有形成完整的法律法規和政策體系，相關法律法規之間缺乏緊密聯系。主要表現在:礦產資源開發利用和保護的立法起步較晚，許多法律法規剛剛開始制定，還不完善，有的還在修訂中。比如，《中華人民共和國礦產資源法》只規定開采礦產資源必須按照國家有關規定繳納資源稅和資源補償費，但對開采造成的生態破壞和環境補償沒有明文規定，成為現行法律制度的“盲點”。再比如，礦山環境恢復保證金制度剛剛制定，繳納標準和計算方法沒有明確規定。
此外，壹些法律法規不明確，難以把握。比如，很多國家政策規定，在分享資源開發收益方面，民族自治地方要給予優惠，但這只是原則規定，對於不同少數民族地區的具體情況，並沒有更明確具體的操作辦法。雖然在壹些關於礦產資源利益分享的法律法規中涉及到地方政府和資源區居民，但只是宏觀層面的定性規定，缺乏可操作性。
從區域立法來看，新疆是我國的少數民族地區，民族地區資源開發利用的法律主要體現在《中華人民共和國民族區域自治法》中。2001修訂的《中華人民共和國民族區域自治法》第六十五條規定:“國家在民族自治地方開發資源和進行建設的時候，應當照顧民族自治地方的利益，作出有利於民族自治地方經濟建設的安排，照顧當地少數民族的生產和生活。國家采取措施，對出口自然資源的民族自治地方給予壹定的補償。”第六十六條規定:“民族自治地方對國家的生態平衡和環境保護作出貢獻的，國家給予壹定的利益補償。”這些法律規定為民族自治地方在資源開發、利用、保護和出口過程中建立資源開發利用補償機制提供了法律依據。但只是原則上規定，沒有具體說明，實踐起來難度很大。
總的來說，中國的立法未能突出對資源所在地的補償。無論是國家立法還是地方法規，關於資源環境補償的立法和理論都只是散見於零散的條文中，而且壹般都是原則性的規定，對補償標準、補償主體、補償範圍等都沒有明確的規定，使得很多具體的實踐問題難以解決。
5.2.2資源產權制度缺陷
5.2.2.1產權界定不清。
明晰產權是建立資源補償機制的前提。有效的產權制度安排具有三個特征:普遍性、排他性和可轉讓性。福利可以通過有效的產權安排來改善。
然而，目前我國礦產資源的所有權和使用權並不明晰。雖然《中華人民共和國憲法》和《中華人民共和國礦產資源法》明確規定礦產資源屬於國家所有，也就是說，資源所在的資源屬於國家所有，只有國家有權開采。礦產資源國家所有權包括國家對礦產資源的占有、使用、收益和處分的權利，但在實踐中，代表國家的往往是不在資源所在地的經濟組織或個人。通過建立礦權制度，收取礦產資源補償費，在法律上和經濟上實現礦產資源的國家所有權。但這種所有制實現形式忽視了地方政府和居民在礦產資源中的利益，客觀上導致了礦產資源開發中利益分配不均。
5.2.2.2產權配置不合理。
在礦產資源壹級所有壹級開采的礦權制度下，國家擁有礦產資源的所有權、開發利用權和資源收益權，資源獲得資源收益的方式是參與分享礦產資源稅費。
多年來，新疆油氣資源開發采取央企直接開發、資源出口的方式，開發的資源主要運往東部地區加工。因為國企比例高，技術先進，就業容量有限，與資源輸出地聯系不緊密。同時，國企所得稅全部上繳中央，不利於地方財政收入增長。由於礦產品不在當地加工，資源開發無法通過延長產業鏈、提高產品附加值來促進當地經濟發展。
5.2.2.3產權結構不完整。
主要表現在現行產權制度中缺乏對資源地區居民優惠受益權的考慮[77]。由於資源在地域和空間分布上的不平衡性和相對集中性，同壹資源的不同區域的居民自然會擁有不同的權利，更接近資源的人會優先受益。在國外，壹些資源豐富的國家和地區，資源稟賦與資源區居民的關聯度很高，資源區居民大多能從資源開發中獲得豐厚的收益。比如海灣六國雖然水資源和耕地的份額是世界上最低的，但是石油資源豐富，所以當地人民非常富裕。再比如科羅拉多州，除了科羅拉多河沒有其他資源。根據美國政府的立法，科羅拉多河流經的每個州都必須繳納水資源使用費，並將費用補貼給州政府。科羅拉多州以水資源換取發展權，獲得了更大的發展空間和機會。
5.2.2.4政府和企業的權利和責任不對等。
長期以來，國有礦產資源有價無市、無償開發利用，礦山企業無償占有和使用礦產資源，使得節約利用、合理開發礦產資源成為壹句空話，直接導致礦產資源流失高、綜合利用率低、經營效率低、生態環境惡化，使得礦產資源消耗得不到補償，亂采濫挖屢禁不止，資源保護、土地復墾、生態環境無人負責。礦山企業實行粗放經營，急功近利，不惜壹切代價，不計後果，把經濟利益建立在掠奪性資源開采和生態環境惡化的基礎上。但是，企業在獲得巨大經濟利益的同時，把治理環境汙染的責任轉嫁給政府去解決，自己不承擔治理環境汙染的責任。
5.2.2.5礦產資源產權交易市場體系不完善。
由於新疆礦產資源產權市場不夠成熟，產權交易操作不夠規範，產權轉讓風險大，阻礙了礦產資源產權價值的實現。以探礦權采礦權市場為例。自1998《礦產資源勘查區塊登記管理辦法》和《礦產資源開采登記管理辦法》頒布以來，雖然在制度上確立了探礦權采礦權的有償取得，但實際上仍有相當壹部分由國家出資的“兩權”是無償取得的。據國土資源部統計，全國1.4萬多“兩權”中，已繳納的不到壹半，礦業權無償取得和有償使用“雙軌”並行，使國家權益大量流失。此外，“兩權”使用費現行支付標準過低，降低了準入門檻，壹定程度上鼓勵了資源的“跑馬圈地”和粗放利用、無序開發。
另壹方面，作為礦產資源產權市場體系的重要組成部分，中介服務體系尚不完善，產權經紀人隊伍尚未完全建立，產權中介機構的作用尚未充分發揮，仍無法為礦產資源產權交易提供高水平的決策咨詢、政策法規、金融、工商稅務等配套服務。實現礦產資源產權價值的交易市場服務體系不完善，嚴重影響了其產權價值的實現[78]。
5.2.2.6礦產資源產權價值實現的保障體系不完善。
為了保證礦產資源產權價值的實現，必須從法律、制度、政策和經濟等方面營造高效的外部保障環境。新疆屬於經濟欠發達地區，礦產資源產權法律法規體系尚不健全，實現礦產資源產權價值的保障機制建設滯後，特別是缺乏可操作性的具體規定和經濟措施，使得新疆在實現能源礦產資源產權價值方面缺乏有力的保障和支持。
5.2.3資源稅制度缺陷
5.2.3.1資源稅單位整體稅額過低，地方收入過低。
我國陸上油氣資源稅是地方稅，歸地方財政。因此，資源稅對於調節和平衡油氣資源收益在中央和地方政府之間的分配，促進資源產區從資源優勢向經濟和財政優勢轉變具有重要意義。但長期以來，油氣資源稅的單位稅額普遍較低，導致資源產區資源收入較低，資源稅對地方財政收入貢獻不大。雖然2005年國家調整了資源稅標準，但調整後的油氣資源稅從價稅稅率僅為1.5‰，仍遠低於全球10%的平均水平[79]。礦產資源稅收征收水平低，同時還要承擔礦產資源開發的社會成本和資源枯竭的可持續發展成本，不利於地方經濟的發展，也在很大程度上導致了非法開采油氣和礦區開采秩序混亂的現象。
5.2.3.2資源稅的計稅依據和計稅方法不合理。
資源稅雖然是地方稅，但由於資源稅采取從量計征、稅價分離的原則，地方資源稅收入與油氣資源價格漲跌無關。油價上漲帶來的暴利往往被油氣資源開采企業獲得，地方政府很難從中受益。現行的以數量配額為基礎的資源稅制度無法反映油價漲跌對稅收的影響，地方政府無法通過稅收分享油價上漲帶來的巨大收入分配，地方財政無法享受資源價格上漲帶來的好處，同時地方政府還要承擔資源開發帶來的環境問題。現行資源稅費制度扭曲了資源收益分配機制，亟待改革。
在我國，資源稅的征稅對象不區分省內和省外消費，油氣價格相對較低，導致石油、天然氣等初級產品大量出口時溢出效應嚴重。在國外，礦產資源從本州出口到外地消費時，要征收州際稅。通過這種方式，資源豐富的國家可以最大限度地分享資源的價值和收益，增加財政收入[80]。
5.2.3.3資源補償率過低，不能反映資源的價值。
征收礦產資源補償費的目的是維護國家對礦產資源的財產權益，補償礦產資源使用權的損失。礦產資源補償費體現了國家作為礦產資源所有者與采礦權人之間平等的財產交換關系。根據馬克思的地租理論，礦產資源補償費屬於絕對地租。在性質上相當於大多數市場經濟國家的特許權使用費，但與國外的特許權使用費相比，我國礦產資源補償費費率過低，平均僅為1.18%，而國外壹般為2%~8%。我國對石油、天然氣、煤炭等重要能源的補償僅為1%，而國外石油天然氣礦產資源的補償率壹般為10% ~ 16%。即使是礦產資源遠超中國的美國，特許權使用費也是12.5%。我國現行的礦產資源補償費標準自1994以來壹直沒有調整。這個補償標準不僅遠低於發達國家，甚至低於很多發展中國家，不足以體現國家對礦產資源的所有權。
外國特許權費率見表5.2。
表5.2國外特許權費率比較單位:%
來源:姜福秀。建立和完善礦產資源收益分配制度的研究。南方國土資源，2007，1。
我國《礦產資源補償費征收管理條例》第三條規定:“礦產資源補償費按照礦產品銷售收入的壹定比例征收。”第五條規定:“征收礦產資源補償費數額=礦產品銷售收入×補償率×開采率系數。”補償費以礦產品銷售收入和補償率為依據，但補償率太低，補償金額遠低於資源本身的價值。礦產資源補償費過低，必然使西部的自然資源優勢無法轉化為產業優勢和經濟優勢，反而會拉大東西部的差距。資源補償費過低壹方面刺激了礦產品需求的不合理擴張，導致“采富棄貧”現象普遍存在，另壹方面人為提高了礦產資源開發加工業的利潤，導致礦產資源過度過早開采。
5.2.3.4的稅費制度過於復雜，存在理論矛盾。
由礦區使用費、礦產資源補償費和資源稅組成的我國礦產資源“兩費壹稅”稅制，在維護國家資源所有者權益、促進油氣勘探開發方面發揮了重要作用。但隨著市場化改革的不斷推進，該制度已不能適應發展資源節約型、環境友好型社會的需要，且過於復雜繁瑣，存在理論缺陷，不利於建立和完善資源有償使用制度，推進資源性產品價格改革。
從資源稅方面看，普遍征收原則與調節差別收入的目標存在矛盾。資源稅的目的是調節資源開發活動中的差別收入，但在具體實施中，實行普遍征收原則，其征收對象既包括開采優質資源的礦山企業，也包括開采劣質資源的礦山企業，也就是說，其實際調節對象既包括資源的差別收入，也包括資源的絕對收入。我國資源稅的征收主要是通過“普遍征收”來實現組織財政收入的功能，而差別調節的目標並沒有完全實現。
就礦產資源補償而言，在《中華人民共和國礦產資源法》中被視為國家實現礦產資源所有權權益的壹種方式，是實行資源有償使用制度的壹項措施。它調整的是作為礦產資源所有者的國家與采礦者之間的經濟關系，是采礦權人開采不可再生礦產資源時對作為礦產資源所有者的國家的壹種補償。但就目前情況來看，我國礦產資源補償費費率過低，與礦產資源補償費的內涵和外延不相稱，不能使國家礦產資源所有權在經濟上得以實現，在運行過程中更難以征管，降低了其地位。礦產資源補償費沒有成為資源有償使用制度的主體，沒有準確反映礦產資源的價值，不能真正發揮其應有的作用，不能真正體現礦產資源國家所有權的財產效益。
5.2.4資源收益分配制度的缺陷
參與新疆能源礦產資源開發的利益相關者是多元的，主要包括中央政府、地方政府、中央企業、地方企業和資源區居民。從目前的實施情況來看，中央和地方在礦產資源開發收益權分配上存在壹些矛盾。
壹是資源開采企業向資源地繳納的稅款較少。我國礦產資源開發主要采用增值稅和所得稅的稅收模式。地方政府可以分享的礦產資源稅主要有兩種:壹種是資源稅、城鎮土地使用稅、城建稅及教育費附加、房產稅和車船使用稅；另壹類是歸類為* * * *的增值稅、所得稅、營業稅、礦產資源補償費。由於資源稅稅率低，營業稅和城建稅只占企業稅的壹小部分，增值稅是壹種稅。此外，由於油氣資源被國家高度壟斷，由中央部委管理，地方幹預程度相當有限，很多礦產資源以初級產品的形式出口，留給地方政府的增值稅很少。
新疆從事油氣資源開采的企業多為中央大型國企，稅收大部分上繳企業總部。這樣，大型央企對地方財政收入的貢獻遠遠小於地方企業。【81】中石油、中石化等中央直屬企業，雖然位於資源所在地，但其收入核算和稅務都在北京。地方GDP數字增加了，財政卻沒有受益。據初步估算，2006年僅新疆地區的損失就約為88億元。以巴音郭楞蒙古自治州為例。巴音郭楞蒙古自治州是塔裏木盆地油氣田的核心區，是自治區主要的油氣生產基地和我國“西氣東輸”的源區。目前在該地區開采油氣田的單位主要隸屬於中石油、中石化等四大央企。受央企稅制影響，近年來該州地方財政收入受到較大影響。據國家財政局測算，2005年至2007年，三年預算損失地方財政收入36.3億元。從企業所得稅來看，只有從事油氣服務的零散企業向霸州繳納企業所得稅，三大油田的所得稅通過總部上繳中央財政。根據國稅部門的規定，所有石油公司的所得稅稅率為15%。按照現行的所得稅分享比例，2005年國家損失的地方財政收入為11.5億元，2006年為1.74億元。可見，在現有的財稅體制下，地方政府從礦產資源開發中分享的稅費相當有限。石化行業產值和利潤雖然高，但對地方稅收和財政收入的貢獻並不大。
此外，根據現行稅法規定，管道運輸業應向機構所在地繳納所有費用，而從事管道運輸業的機構壹般位於東部大中城市，其運輸營業稅在發達城市繳納。這種分配政策不利於資源所在地的經濟發展。比如中國的“西氣東輸”工程，起於新疆巴音郭楞蒙古自治州輪臺縣輪南鎮，全長4000多公裏，新疆境內有1000多公裏。巴音郭楞蒙古自治州開采的天然氣主要負責向上海及沿途地區供氣。但由於“西氣東輸”總部設在上海，該州出口的天然氣大部分在上海支付。據統計，“西氣東輸”天然氣管道運輸營業稅每年達3億元，全部在上海繳納，每年僅返還新疆就達6543.8億元。
二是資源補償資金使用分配比例不合理，資源開發利用領域貧富分化，低收入群體擴大。根據《礦產資源補償費征收管理條例》，中央與省、直轄市的礦產資源補償費比例為5:5；中央與自治區的礦產資源補償費比例為4:6。但地方政府並沒有從資源稅和資源補償費中獲得很大收益，反而要為資源開發的不利影響“買單”。
5.2.5資源補償機制缺陷
長期的資源開發和廉價的資源出口給資源產地帶來了產業結構不合理、環境破壞等諸多問題，必須通過國家建立相應的補償機制來解決。
5.2.5.1完善的資源補償機制尚未建立。
雖然我國明確提出了“誰開發誰保護，誰破壞誰恢復，誰利用誰付費”的原則，建立健全了礦產資源有償使用和生態環境修復的經濟補償機制。但從總體上看，礦產資源開發利用補償缺乏有效的運行機制，生態環境保護和治理缺乏資金支持，有效的補償制度尚未建立。根據《新疆維吾爾自治區礦產資源管理條例》第八條，自治區實行礦產資源有償開采制度，開采礦產資源應當按照國家和自治區的有關規定繳納資源稅和資源補償費。雖然開征了資源稅和礦產資源補償費，但由於資源稅費征收標準不合理，沒有充分用於生態保護，資源環境補償不到位。根據1998年5月發布的《新疆維吾爾自治區礦產資源補償費使用管理實施細則》規定，自治區征收的礦產資源補償費全額征收並上繳入庫， 且自治區劃分的部分由地礦部會同自治區財政廳、自治區計委統籌安排平衡使用，其中地質勘查專項費用占40%，礦產資源保護專項費用占20%，礦產資源管理補充資金占40%。 但由於礦產資源補償費征收標準低，且納入財政預算，用於礦產資源保護的支出比例不高。
礦產資料補償費是礦產資源國家所有權的經濟實現，是絕對地租的具體形式之壹，類似於國外的特許權使用費。征收特許權使用費是國際上的通行做法。壹般礦區使用費全部上繳國家財政，不用於資源勘探，也不作為征管部門的開支，而是用於替代資源的研究和發現，以彌補資源開發中的資源價值損失。根據《礦產資源補償費征收管理條例》，我國向礦產企業征收礦產資源補償費的目的是“保障和促進礦產資源的勘查、保護和合理開發，維護國家財產權益”。在我國，“礦產資源勘查的礦產資源補償費支出不低於礦產資源補償費年度支出預算的70%，適當用於礦產資源保護支出和征收礦產資源補償費的部門預算”。也就是說，礦產資源補償費實際上是政府向作為勘查投資者使用勘查成果的礦山企業收取的勘查成果有償使用費，而資源開采區的資源損失補償卻被忽略了。
長期以來，我國壹直存在著資源無價、原材料低價、產品高價的扭曲價格體系。自然資源被廣泛掠奪，原材料生產加工企業利用無償或低價占有環境資源獲取超額利潤。地區之間產品的不對等交換模式導致資源提供者無法得到合理的補償，壹定程度上制約了新疆資源優勢向經濟優勢的轉化，資源的價值無法得到很好的體現。新疆豐富的資源並不能給資源地區帶來更多的好處。
由於我國沒有建立衰竭補貼制度，勘探投資過度依賴國家，礦山企業投資積極性不高。同時，由於礦業投資環境的制約，民間資本不易進入，使得礦產資源的勘查開發處於“青黃不接”的局面。我國許多老礦山企業由於資源枯竭，沒有足夠的資金勘探新的礦體，面臨停產閉礦的困難局面。
5.2.5.2缺乏有效的資源開發生態補償機制。
雖然我國相繼出臺了相關法律和政策，但缺乏專門針對礦區生態環境保護的法律法規和技術標準。目前《中華人民共和國礦產資源法》、《中華人民共和國礦產資源法實施細則》和《礦產資源補償費征收管理條例》只規定開采礦產資源的企業必須按照國家有關規定繳納資源稅和資源補償費，對礦產資源開采造成的生態破壞如何修復和補償沒有具體要求。雖然我國部分省(區)市已征收生態補償費和保證金用於礦區恢復治理，但國家層面還沒有專門的礦產資源生態補償法律法規，地方政府需要國家盡快制定相應的法律法規，為生態補償提供法律依據。
從我國目前實施的生態補償政策來看，很多都是短期的，缺乏可持續有效的生態補償政策。我國頒布的生態補償政策大多是以項目、工程、計劃的形式組織實施的，因此都有明確的時限，導致政策的連續性不強，給實施效果帶來很大的變數和風險。當項目期滿時，當地居民的利益將不會得到補償。為了生活和發展的基本需要，他們將不再從保護生態環境的角度限制其生產和發展，從而不斷對當地的生態環境施加壓力。實踐中，與生態建設相關的經濟政策嚴重缺失，導致受益者無償占有生態效益，而保護者卻沒有得到應有的經濟激勵。破壞者未能承擔生態破壞的責任和成本，受害者無法獲得經濟補償，影響了區域和利益相關者之間的和諧。
此外，礦產資源開發生態補償沒有統壹的標準，補償主體不明確，補償沒有保障，使用存在很大漏洞。補償標準是生態補償的核心問題。目前，我國生態補償的評價方法僅處於理論研究階段，尚未建立科學、合理、可操作的生態補償評價體系，缺乏統壹的補償標準。此外，政府作為監管者，在生態環境的修復和治理中壹直處於被動地位，而不是破壞者。目前，新疆礦區生態環境補償主要依靠中央財政撥款和補貼，由資源所在地地方政府組織恢復治理。由於新疆地方政府財力有限，對國家投資依賴性強，各地礦產資源恢復治理往往面臨資金不足的困境。
5.2.6資源開發利益分享機制的缺陷
在《中華人民共和國民族區域自治法》和《礦產資源補償費征收管理條例》中，對少數民族地區在礦產資源開發中的利益共享機制做了壹些制度安排。但在具體的政策制度中，除了礦產資源補償費的標準設計體現了向少數民族地區傾斜(中央與省、直轄市的礦產資源補償費分成比例為5:5；除了礦產資源補償費中央與自治區的比例為4:6)，在其他政策體系中，很少有專門針對少數民族地區特殊情況的政策。國家對少數民族地區的照顧主要體現在財政的二次分配上，即中央和省級政府通過轉移支付給予少數民族地區更多的財政支持。按照現行財政體制，除了分稅制財政體制確定的中央-地方機構收入、壹般性轉移支付等“國家普惠制”政策外，只有壹項政策，即民族地區專項轉移支付制度。這種專項轉移支付制度也是針對所有少數民族自治區、自治州、自治縣的。實際上是對少數民族地區的“普惠制”政策，沒有考慮資源開發型少數民族地區的特殊因素。現有的政策框架只提供了少數民族地區利益共享的壹些渠道，而缺乏建立這些渠道的具體措施。