在自貿試驗區改革創新中，對於符合改革方向、經過民主決策、遵循法定程序和規定、以推動工作為目的的失誤，個人及其所在單位沒有謀取私利或者惡意串通其他單位或者個人損害公眾利益的，可以不追究或者免予追究相關行政責任；相關主體在被問責時可以申請免責。第二章管理體制第四條建立自貿試驗區領導協調機制，研究解決自貿試驗區發展規劃、投資貿易、金融創新、兩岸經貿合作、知識產權、政府職能轉變和綜合監管等方面的重大問題，統籌協調各行政區、經濟功能區、中央和省屬駐廈單位及本市有關部門的試點任務。具體工作由自貿試驗區領導協調機構負責。第五條自貿試驗區管理委員會(以下簡稱“管委會”)按照規定的職責具體負責自貿試驗區的建設。
海關、檢驗檢疫、海事等市人民政府有關部門和中央、省屬駐廈單位應當按照規定做好自貿試驗區建設工作。
自貿試驗區所在地的區人民政府應當按照規定做好自貿試驗區建設工作。第六條自貿試驗區應當建設成為政府職能轉變和管理模式再造的示範區，以及貿易、投資、金融、科技創新等領域開放創新的綜合改革區。第七條自貿試驗區應當按照權責壹致的原則，實行權力清單、責任清單和公共服務清單制度，簡化辦理流程並公開。
實行多部門信息共享和協同管理機制，推進全程電子化管理。第八條建立和完善自貿試驗區行政審批目錄制度。根據自貿試驗區改革創新的需要，管委會可以制定行使相關行政審批事項的統壹方案，由市人民政府依照法定程序授權或者委托管委會實施。
管委會和本市相關管理部門對審批程序、時限等屬於自貿試驗區權限範圍內的審批事項作出了有利於申請人的靈活規定，並按照規定實行告知承諾制和審批改革備案管理，經市人民政府批準後公布實施。第九條自貿試驗區應當建立行政審批事項窗口受理機制，實行網上審批，對由壹個部門牽頭、其他部門協調的多部門審批事項實行聯合審批或者並聯審批，提高審批時限。第十條自貿試驗區對建設項目實行多規合壹管理制度，可對建設項目的生成和審批采取簡易程序，在其管理範圍內實施，並適時向全市推廣。適用簡易程序的建設項目目錄及相應的條件和時限由管委會制定並向社會公布。第十壹條自貿試驗區應當建立專家咨詢委員會制度，聘請相關專家作為顧問，參與自貿試驗區的制度建設、重要改革措施的決策咨詢、自貿試驗區建設的評估和考核。
自貿試驗區可以嘗試通過聘任制公務員、政府特邀專家等吸引人才的形式，引進自貿試驗區建設人才。第三章投資開放和貿易便利化第十二條自貿試驗區要全面對標國際貿易通行規則，加快建設開放型經濟風險和壓力試驗區。第十三條自貿試驗區對外商投資實行準入前國民待遇加負面清單的管理模式。
市人民政府應當按照內外資壹致的原則，組織清理相關制度、政策和措施，消除負面清單以外領域的投資準入和投資待遇差異。第十四條境內自然人可以在自貿試驗區投資設立中外合資、合作企業。
入駐自貿試驗區的企業可向全市備案經營場所，經營場所實行屬地監管。
外商投資企業可以自主約定經營期限。
有限責任公司的投資者可以自主約定出資方式，其出資情況應當通過廈門市商事主體登記和信用信息公示平臺向社會公示。
投資者以非貨幣財產出資的，應當評估作價，並能夠依法轉讓。非貨幣財產的實際價值明顯低於出資人約定的價格的，非貨幣財產出資人應當按照約定的價格對公司承擔法律責任。