根據上述職責，市工商行政管理局設14個內設機構：
（壹）辦公室
綜合協調局機關、直屬單位的工作；負責局機關重要文件、綜合材料的起草；負責局機關會務、文電、機要、印章、信訪、安全、統計、保密和檔案管理工作；組織開展系統政府信息和政務公開工作；承擔局機關車輛管理、公務接待等後勤保障工作；組織開展系統綜合性調研；組織系統新聞宣傳報道和政務信息工作；承擔人大議案、代表建議和政協提案的辦理工作；負責系統固定資產管理、基本建設和物資裝備的采購和管理工作；協調督促系統工作制度和各項工作的落實。
（二）財務裝備處
擬訂系統財務收支、內部審計等管理規定和辦法；負責貫徹執行財經法律法規及會計制度；編制系統經費預算方案並組織檢查落實；負責系統年終決算的編報及匯總工作；負責系統基本建設和物資裝備的資金審核和協調管理，協同市局有關處室管理系統國有資產；監督檢查工商行政管理收費項目、標準的執行，組織指導系統票據（證）的管理工作；承擔市局日常會計的核算工作；指導系統各單位的財務管理工作；配合市局內審小組組織內部審計。
（三）政策法規處
擬訂全市工商行政管理立法規劃，組織協調全市工商行政管理地方性法規、規章和政府規範性文件的起草、審核工作；負責市局規範性文件報備審查的初審、送審並組織清理；組織開展工商行政管理執法檢查；指導監督系統各業務部門依法行使職權；承擔市局行政處罰案件的核審；組織市局行政處罰案件的聽證；參與市局行政應訴工作；負責市局行政賠償案件的審理工作；組織、協調工商行政管理政策法規的宣傳培訓工作；指導系統法制建設工作。
（四）反不正當競爭執法處
擬訂全市反不正當競爭、直銷監督管理和禁止傳銷的具體措施和辦法；監督管理直銷企業和直銷員及其直銷活動；組織、指導、協調、監督不正當競爭、商業賄賂、傳銷、違法直銷及其他經濟違法案件的查處以及經濟檢查專項整治工作的開展，督查督辦大案、要案和典型案件；負責系統行政處罰案件的統計、分析、匯總和上報工作；會同有關處室管理涉案財物及有關文書、憑證；協同有關處室開展執法監督工作，承擔與行政處罰相關的信訪、投訴、舉報案件的處理工作；組織、協調與有關職能部門的協同執法工作；根據國家工商總局的委托，組織、協調有關方面的反壟斷工作。
（五）消費者權益保護處（市消費者權益保護委員會辦公室）擬訂全市保護消費者權益的具體措施和辦法；承擔全市流通領域商品質量監督管理和消費者權益保護工作，組織開展有關服務領域消費維權工作；根據法定職責分工查處經銷假冒偽劣商品、侵害消費者合法權益的違法行為組織開展消費者咨詢、申訴、舉報受理、處理以及相關的網絡體系建設工作；承擔市消費者權益保護委員會的日常工作，指導相關社團組織、行業組織和市場主體開展消費者權益保護工作。
（六）市場監督管理處
擬訂全市規範各類市場經營秩序的具體措施和辦法；監督管理市場交易行為和網絡商品交易及有關服務行為；參與查處市場違法行為；組織指導商品交易市場信用分類管理工作和市場專項治理工作。
（七）食品流通監督管理處
擬訂全市流通環節食品安全監督管理的具體措施和辦法；組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量監測及相關市場準入制度；承擔流通環節食品安全重大突發事件應對處置工作；參與流通環節食品安全違法案件的查處工作。
（八）企業註冊登記處（市個體勞動者協會辦公室）
擬訂全市內資企業、個體工商戶和農民專業合作社註冊登記的具體措施和辦法；組織、指導全市各類內資企業、個體工商戶和農民專業合作社的註冊登記及其他相關工作；承擔市局管轄的內資企業、農民專業合作社和其他生產經營單位的註冊登記工作，負責相關註冊登記檔案資料的收集、移送；負責全市內資企業、個體工商戶和農民專業合作社註冊登記的信息統計、分析和匯總工作；協同有關處室做好企業信用分類監管制度的實施工作；承擔市個體勞動者協會的日常工作，指導全市各級個體勞動者協會、私營企業協會開展工作。
（九）企業監督管理處（市市場中介機構管理辦公室）
擬訂全市各類內資企業、個體工商戶、農民專業合作社監督管理的具體措施和辦法；組織、指導、協調、監督全市內資企業、個體工商戶、農民專業合作社的登記監督管理工作及個體工商戶的驗照工作，並負責相關信息統計和匯總工作；承擔市局登記註冊內資企業的年檢工作及相關檔案資料的收集、移送工作；組織、指導、協調無照經營的查處工作，參與查處市局登記註冊內資企業違反註冊登記法律法規及規章的違法行為，負責市局登記註冊的內資企業逾期年檢違法案件的查處；組織、指導、協調、監督企業信用分類監管制度的實施；協同指導全市各級個體勞動者協會、私營企業協會開展工作。組織采集、管理和發布市場中介機構和執業人員的信用信息；負責對全市市場中介機構及執業人員監督管理的協調工作；承擔市清理和規範經濟類中介機構專項工作領導小組和市解決市場中介組織侵害群眾和企業利益問題協調小組的日常工作。
（十）外商投資企業註冊管理處
擬訂全市外商投資企業登記註冊管理的具體措施和辦法；組織、指導、協調、監督全市外商投資企業登記註冊管理及其他相關工作；承擔國家工商總局授權範圍內的外商投資企業、外國（地區）企業常駐代表機構和在廈從事生產經營活動的外國（地區）企業的登記註冊和監督管理工作；參與查處全市外商投資企業違反註冊登記法律法規及規章的違法行為，承擔全市外商投資企業逾期年檢違法案件的查處工作；承擔全市外商投資企業的信息統計、分析工作。
（十壹）廣告監督管理處
擬訂全市廣告業發展規劃、廣告監督管理的具體措施和辦法；指導全市廣告業的發展；組織、指導、協調、監督廣告管理工作；組織、指導廣告經營行政許可工作，做好相關備案及統計工作；參與查處廣告違法行為，負責媒體廣告違法案件的查處；指導全市戶外廣告管理機構、廣告監測咨詢機構以及廣告行業組織開展工作。
（十二）合同監督管理處
擬訂全市合同監督管理的具體措施和辦法；組織實施合同行政監督管理，參與查處合同違法行為；承擔動產抵押登記管理工作；監督管理拍賣市場，參與查處拍賣活動中的違法行為；組織開展守合同、重信用活動；指導合同示範文本的推行工作。
（十三）組織人事處
負責系統思想政治工作和黨建工作，協助市局黨組管理各區局的領導班子；負責系統隊伍建設工作，承擔系統機構編制、幹部人事、工資管理工作；組織、協調、指導系統基層建設工作；組織開展系統幹部教育培訓工作；組織實施系統評選表彰工作；組織開展系統精神文明建設；指導系統工青婦、計劃生育、綜治（平安建設）、雙擁***建工作；組織、指導、協調系統事業單位人事管理工作；負責辦理系統出國（境）人員政審和出國（境）手續。
（十四）離退休幹部工作處
負責局機關及直屬單位離退休人員的管理服務工作，指導系統離退休人員管理服務工作。
機關黨委 負責局機關及直屬單位的黨群工作。