環保、建設、公安、交通、國土資源、農業、林業、旅遊、衛生等有關行政主管部門應當按照各自職責，做好石頭河水庫引水系統的保護工作。第七條任何單位和個人有權向有關部門舉報破壞引水工程和汙染水源的行為。第二章引水工程保護第八條石頭河水庫引水工程包括石頭河水庫輸水、蓄水、供水工程及其附屬設施。第九條石頭河水庫引水工程保護區是:
(壹)水庫大壩兩端延伸100米及其配套的輸水隧洞、泄洪洞、溢洪道等設施，以及水庫大壩下遊1500米的區域；
(2)紅河至積石(溢流壩、進水閘、沖砂閘)引水工程及引水隧洞進出口兩側各100米，上下遊各1000米的區域；
(三)輸水明渠外坡腳(開挖渠口線)兩側10米的區域；
(四)涵(管)及其兩側10米的覆蓋範圍；
(五)渡槽、倒虹通過河道，河道上遊1000m、下遊1500m的區域；
(六)10米範圍內的水質監測、通信、供電等附屬設施。第十條石頭河水庫引水工程保護區內禁止下列行為:
(壹)爆破、打樁、鑿井、鉆探、采石、挖坑、取土、挖砂、建墳；
(二)直接或者間接向輸水設施排放汙水和有害物質，傾倒垃圾；
(三)擅自從輸水設施截流取水的；
(四)遮蓋、移動或者損壞相關標誌和排氣孔；
(五)擅自修建建築物、構築物和種植電桿；
(六)毀林開荒、陡坡開荒以及其他破壞植被的活動；
(七)執行緊急任務的防汛、軍事、公安、救護以外的機動車輛在壩頂和通往大壩的道路上通行；
(八)在水庫壩體上堆放雜物、晾曬糧草；
(九)其他危及引水工程安全的行為。第十壹條石頭河水庫引水工程保護區內不得修建道路或者鋪設管線；確需修建道路、鋪設管道的，建設單位應當征求專門機構的意見，按照引水工程的安全要求組織施工，並接受專門機構的監督檢查。第三章水源保護第十二條專門機構和石頭河水庫水源所在地的市、縣、區人民政府應當加強水源保護，確保石頭河水庫水源保護區的水質符合國家規定的飲用水地表水源保護區水質標準。第十三條石頭河水庫水源保護區分為壹級保護區、二級保護區和準保護區:
(壹)壹級保護區:石頭河水庫正常水位線起100米的陸域和庫區所有水域；
(二)二級保護區:壹級保護區上邊界以外的水坡區或者從上邊界向外延伸300米的陸域，以及從流入水庫的河流入口向洪積石河取水口延伸2000米的水域和從兩岸向外延伸200米的陸域；
(3)準保護區:二級保護區上邊界以外的石頭河水庫流域。第十四條石頭河水庫水源保護區禁止下列行為:
(壹)破壞水源涵養林、護岸林和與水源涵養有關的植被；
(二)向水域傾倒工業廢渣、垃圾、糞便和其他廢棄物；
(三)使用劇毒和高殘留農藥；
(四)使用炸藥和毒藥捕殺魚類和其他生物；
(五)建設嚴重汙染水環境且無水汙染防治措施的小型學術制漿、印染、制革、電鍍、煉油、農藥等項目。第十五條石頭河水庫水源保護區內，還禁止下列活動:
(壹)供水設施和節水工程建設；
(二)向水體排放汙染物；
(三)礦產資源的勘查和開采；
(四)從事水產養殖和種植農作物；
(5)旅遊和旅遊開發活動；
(六)堆放工業固體廢物、垃圾、糞便和其他有毒有害物質；
(七)修建公墓，掩埋動物屍體；
(八)其他汙染水源的活動。
本辦法實施前，壹級水源保護區內現有排汙口應當限期拆除；應取締現有的旅遊設施、采礦設施和其他汙染源；有害物質應該被清除。