1、特許經營備案查詢應通過商務部或省級商務主管部門的官方網站進行；2、在省級範圍內從事特許經營活動的，應向所在地省級商務主管部門備案查詢；3、跨省級範圍從事特許經營活動的，應向國務院商務主管部門備案查詢；4、商業特許經營備案信息通過商務部設立的商業特許經營信息管理系統進行全國聯網備案，公眾可在系統中查詢備案信息。
商業特許經營的監管機構：
1、國家市場監督管理總局：負責全國範圍內的商業特許經營監管工作；
2、省級市場監督管理局：在各自的行政區域內負責商業特許經營的監管；
3、市、縣級市場監督管理局：在地方層面執行商業特許經營的監管任務；
4、商務部：負責制定商業特許經營的相關政策和規範；
5、工商局：在商業特許經營備案中承擔壹定的管理和服務職能。
綜上所述，查詢商業特許經營備案企業應通過商務部或省級商務主管部門的官方網站，依據經營範圍在相應級別的商務主管部門進行備案查詢，且商務部已建立的商業特許經營信息管理系統實現了全國聯網備案，使得公眾能夠方便地在線查詢相關備案信息，確保了查詢的便捷性和信息的透明度。
法律依據：
《中華人民***和國商業特許經營管理條例》
第十三條
特許經營合同生效後，特許人應當在三十日內向商務主管部門提出備案申請，並提交與特許經營合同有關的材料。商務主管部門應當自備案申請材料齊全之日起六十日內，依照本條例的規定和有關法律、行政法規的規定，對特許經營合同及其附件進行審查，並將審查結果告知備案申請人。