(二)農產品物流信息網絡故障。目前，我國尚未建立積極有效的統籌協調體系，基礎設施不完善使得許多鄉鎮無法建立自己的信息平臺，阻礙了與外界的溝通，基層農業部門的信息傳播渠道不健全，未能充分利用媒體的作用促進信息的傳播和擴散。
(三)農產品物流信息標準化程度低。在我國，廣泛應用於其他生產領域的物流信息技術，如RFID、EDI、POS技術，還沒有在農產品領域得到充分應用，導致農產品信息采集存在較大問題。而且物流信息的標準化程度相對較低，也使得農產品產業鏈各個環節的信息沒有得到充分的享受，從而降低了農產品物流的效率，無法獲得規模經濟的效益。同時，產業鏈信息流通不暢，大大降低了信息的利用率。
(四)缺乏信息技術人才。物流信息化建設人才的缺乏是阻礙農產品物流信息化實現的主要原因之壹。農產品物流信息化對其工作人員提出了更高的要求。他們不僅要掌握信息分類處理、軟件開發、系統維護等信息技術，還要熟悉農產品生產和流通規律，具有較高的業務實踐能力。
(5)政府和公益團體起步太快。在整個農產品物流產業鏈中，政府、企業或公益團體專註於搭建高水平的應用平臺，忽視了農民的接受程度，未能建立有效的信息流通和共享機制，導致農業和物流信息資源分散，信息發布不全面、不準確、不及時。