1：ERP數據處理的局限性
MRPII是側重於企業內部的資源，而ERP將外部的各種關聯也作為資源進行整合，但是在思想上、技術上並沒有突破最初構建MRP所設立的壹切。應該說，當初在MRP階段，設計者的本意或許只是想構建壹個計算工具，結合計劃數據和物料清單（BOM）以計算物料直接需求和相關需求，以控制采購數量和生產數量的準確性。因為在當時的技術條件上，物料的展開計算實在是壹個苦差事，物別在是壹些大型設備的制造企業，BOM的層次多達6、7層，相關性強，不通過計算機而由人工進行層層分解，費時費力，且容易出錯，但通過MRP這樣壹個工具確實可以解決很多的問題。
這樣的壹個工具，是大型的制造企業需要的，對壹些簡單的制造業來說，由於BOM的層次並不多，物料分解也不是個大問題，對這個工具並不是那麽迫切。但是，很多人看到了這個工具的實用性，特別是在大型企業的市場，就想著給它賦予更大的功能使命，以迎合壹些大企業的需求，各種管理功能就加上去了，“物料管理”也就上升到“資源計劃”的層次上了，並且逐步由內部資源（MRPII）的管理轉向外部資源（ERP）的管理，體系提得越來越大，但在解決問題的層面還是停留在數據處理上。
2： ERP集中在記帳功能的應用
從目前企業應用ERP的情況來看，應用得比較好的是財務管理和庫存管理。當然，人們會說財務管理模式相對比較固定，也就容易實現；庫存管理比較基礎，而且變化也不多，所以也就相對簡單。而對於計劃管理、MRP、生產控制等，絕大多數的企業都用得不是那麽成功。這到底是什麽因素造成的呢，由分析得知，財務管理和庫存管理，主要是處理數據的，其實是以記賬為主的，也就是輸入數據（單據）、保存數據、處理數據、輸出結果（報表），這恰恰是ERP最擅長做的，而計劃管理、MRP、生產控制等等，都涉及到相對復雜的流程，是ERP不擅長的部分，自然使用的效果也就差了。也就造成了現在企業的ERP應用集中在財務管理和庫存管理的記賬功能上，而真正的財務控制、庫存控制等其實還是沒有體現出來，也就造成了目前流行的似乎“財務管理就是ERP”、“庫存就等於ERP”。
3：ERP不擅長流程處理
企業應用ERP，原本是想讓管理層參與到應用中來，成為管理者的壹個有力的工具，但是實際情況又是如何呢？事實上，企業應用ERP的人的層面是很低的，基本上都是壹些操作員在使用，而不是管理人員。財務管理的操作員將記錄錄入，倉庫管理，也是操作員（倉管員）錄入每天的單據，那麽管理人員如何使用ERP？難道他們只是查看報表嗎？ERP不是為管理層服務的嗎，那為什麽使用人員的層面那麽低？筆者也參與實施了壹些ERP系統，基本上每個老總的電腦裏也是裝上系統，但是真正用的基本上沒有。這是由於管理層所做的工作是決策性的，都會涉及到壹些單據復雜的周轉流程，而這並不是ERP所擅長的。管理層所需要的是壹個決策工具，而不只是壹個數據處理的工具。因此說用現有的ERP系統來解決管理問題基本上是壹句空話。
因此，正是由於ERP不擅長流程處理，使得其在企業的使用其實是有很大的局限性的，基本上ERP只是個貴重的數據處理工具，在部分涉及數據量大的管理模塊中，ERP確實能夠起到相當的作用，而把它拿來管理層使用，那還得解決壹些其他問題，也許還得等到有其他革命性的方法想出來吧。