第二步 免抵退出口業務記賬。按開具的出口發票，在貨物報關離境的當月確認免抵退出口銷售收入（以離岸價格確認收入）。借：應收賬款（銀行存款） 貸：主營業務收入-出口銷售收入（免抵退出口銷售額）
第三步 確認出口報關單信息。在口岸電子執法系統-出口退稅子系統中，對出口報關單電子數據進行核對無誤後（或查詢報送或選擇報送），將認可的出口報關單數據提交至稅務機關。
第四步 收匯核銷。實行網上核銷的企業，出口貨物收匯後，在出口收匯核銷系統中進行收匯核銷處理；未實行網上核銷的企業，出口貨物收匯後，到外匯管理局進行人工收匯核銷。
第五步* 免稅進口料件記賬。對當期進料加工業務免稅進口的料件，按進口貨物報關單登記存貨帳簿。借：材料-保稅進口料件 貸：應付賬款（預付賬款、銀行存款），進料退運業務以負數記賬。
第六步* 進料加工手冊登記。從事進料加工業務的企業，在海關核發進料加工業務登記手冊的當月，在出口退稅申報系統中對該手冊進行登記錄入。選擇“基礎數據采集-進料加工手冊登記錄入”，逐項錄入加工手冊內容。
第七步 出口貨物明細數據錄入。選擇“基礎數據采集-出口貨物明細申報錄入”，將當月的免抵退出口貨物數據按出口報關單或出口發票進行逐條錄入，單證不齊的在“單證不齊標識”欄打上標識，無出口報關單錄入B，無收匯核銷單錄入H（限未實行網上核銷的企業錄入），無代理出口證明錄入D（限委托出口的貨物錄入）。
第八步 前期已申報單證不齊的業務作收齊處理。前期申報的單證不齊的出口業務，在收齊單證的當期，在出口退稅申報系統中作單證收齊處理。選擇“基礎數據采集-收齊出口單證明細錄入”，在索引窗口選中應收齊單證的該條記錄，點擊工具欄的“批量接單”，在顯示的界面中“確定”即可。如原申報錄入的出口報關單號碼有誤，可在作收齊單證處理後，選擇工具欄的“修改”，對出口報關單號碼進行修改。
第九步 前期申報錯誤的出口業務沖減處理。作單證收齊處理後，對於原申報數據有誤的，應對該條申報數據作沖減處理。選擇“基礎數據采集-生成出口貨物沖減明細”，在索引窗口選中應沖減的該條記錄，點擊工具欄的“沖減出口”，在顯示的界面中“確定”即可。
第十步 作沖減處理的業務重新申報。對當期作沖減處理又需要申報免抵退稅的業務，在完成沖減處理後，再錄入正確的申報數據（其中“所屬期標識”須與出口報關單出口日期的年份壹致）。申報錄入操作方法同第七步。
第十壹步* 免稅進口料件數據錄入。在出口退稅申報系統中錄入當月進料加工業務的進口料件明細數據（包括進料退運）。選擇“基礎數據采集-進口料件明細申報錄入”，按進口報關單逐條錄入免稅進口料件數據，已申報退免稅的進口料件退運的，數量以負數錄入。
第十二步* 進料加工手冊核銷。對海關已作核銷結案的進料加工業務手冊，在該手冊項下的進料、出口業務申報退稅完畢的下壹個申報期，通過退稅申報系統對進料加工登記手冊進行核銷。選擇“基礎數據采集-進料加工手冊核銷錄入”，根據海關結案通知書、代征進口關稅或代征增值稅繳款書的有關數據進行錄入。
第十三步 生成明細申報數據盤，到稅務機關進行預審。選擇“免抵退稅申報-生成明細申報數據”，按提示將錄入的明細申報數據存儲到軟磁盤上，然後持該磁盤到稅務機關進行預審（主要審核申報的出口數據有無外部電子信息、申報的出口數據與外部電子信息是否壹致）。
第十四步 查詢預審反饋疑點。將預審後的磁盤插入軟驅，選擇“反饋信息處理-稅務機關反饋信息讀入”，把預審反饋疑點信息讀入到出口退稅申報系統。然後選擇“反饋信息處理-稅務機關反饋信息查詢-預審疑點反饋情況查詢”，逐條查看申報的疑點問題。
第十五步 修改、調整申報錄入的出口明細數據。對主觀原因造成的疑點問題（數據錄入錯誤），應逐條進行修改。首先撤銷明細申報數據：選擇“申報數據處理-撤銷已申報數據”。然後修改錄入有誤的數據：選擇“基礎數據采集-出口貨物明細申報錄入”，在“索引窗口”點中應修改的紀錄，點擊工具欄的“修改”鈕，對錯誤的數據項進行修改。
第十六步 再次預審。對主觀錯誤修改完畢後，再次生成明細申報數據盤，到稅務機關進行預審，直到無疑點（不包括無信息的疑點）為止。（參照第十壹步操作）
第十七步 預審信息反饋處理。將預審後的磁盤插入軟驅，選擇“反饋信息處理-稅務機關反饋信息讀入”，把預審反饋疑點信息讀入到出口退稅申報系統。然後選擇“反饋信息處理-稅務機關反饋信息處理”。
第十八步 生成正式明細申報數據盤。選擇“免抵退稅申報-生成明細申報數據”，將軟磁盤插入驅動器，按提示操作即可。
第十九步 打印《免抵退出口貨物申報明細表》。選擇“免抵退稅申報-打印申報報表”，點中《出口貨物免抵退稅申報明細表（當期出口明細）》，打印壹式二份。
第二十步* 模擬出具免稅證明。選擇“申報數據處理-模擬出具進料加工免稅證明”。
第二十壹步* 打印《生產企業進料加工進口料件申報明細表》、《進料加工海關登記手冊核銷申請表》、《生產企業進料加工貿易免稅證明》。選擇“免抵退稅申報-打印申報報表”，分別打印上述申報報表壹式二份。
第二十二步 確認當期出口銷售額、不得免抵稅額。依《出口貨物免抵退稅申報明細表（當期出口明細）》的“出口銷售額人民幣”合計數調整賬載免抵退出口銷售額。依《出口貨物免抵退稅申報明細表（當期出口明細）》的“出口銷售額乘征退稅率差”合計數減《生產企業進料加工貿易免稅證明》的“免抵退不得免征和抵扣稅額抵減額”合計數，確認當期不得免征和抵扣稅額並做帳務處理 借：主營業務成本 貸：應繳稅費-應繳增值稅（進項稅轉出）。
第二十三步 手工填寫《生產企業出口貨物預免抵統計測算表》
第二十四步 在納稅申報系統錄入增值稅納稅申報數據，打印《增值稅納稅申報表》
第二十五步 在出口退稅申報系統錄入增值稅申報數據。選擇“基礎數據采集-增值稅申報表項目錄入”，按《增值稅納稅申報表》和《生產企業出口貨物預免抵統計測算表》的有關項目錄入。然後選擇工具欄“擴展-打印當前紀錄”， 打印“增值稅納稅申報表錄入數據”表。
第二十六步 申報匯總表數據錄入。選擇“基礎數據采集-免抵退申報匯總表錄入”，點擊工具欄“增加”，按回車鍵到底即可（不得人工修改數據）。
第二十七步 生成匯總申報數據盤。選擇“免抵退稅申報-生成匯總申報數據”，將軟磁盤插入驅動器，按提示操作即可。
第二十八步 打印《免抵退稅申報匯總表》。選擇“免抵退稅申報-打印申報報表”，點中“出口貨物免抵退稅申報匯總表”，打印壹式三份。註意查看匯總表C列第2行、第15行有無差額，如果有差額則說明增值稅申報表數據有問題。
第二十九步 到稅務機關進行出口貨物預免抵申報和增值稅納稅申報。
第三十步 打印《免抵退稅申報匯總表附表》。選擇“免抵退稅申報-打印申報報表”，點中“出口貨物免抵退稅申報匯總表附表”，打印壹式二份。
第三十壹步 打印其他申報表。選擇“免抵退稅申報-打印申報報表”，分別打印*《進料加工登記申報表》、《出口貨物當期單證齊全並且信息齊全明細表》、《出口貨物前期單證齊全並且信息齊全明細表》各壹式二份。
第三十二步 裝訂申報報表。按《增值稅申報表錄入數據表》、《免抵退稅申報匯總表》、《免抵退稅匯總申報表附表》、《出口貨物申報明細表》、《出口貨物當期單證齊全並且信息齊全明細表》、《出口貨物前期單證齊全並且信息齊全明細表》、《進料加工登記申報表》、《生產企業進料加工進口料件申報明細表》、《進料加工海關登記手冊核銷申請表》、《生產企業進料加工貿易免稅證明》的順序，分別裝訂成兩冊（其中壹冊裝2份《免抵退稅申報匯總表》）。
第三十三步 裝訂申報出口單證。按申報明細表順序裝訂單證（只裝訂單證齊全的，每單業務的裝訂順序為：核銷單、出口報關單、代理出口貨物證明、出口發票、進口報關單）。
第三十四步 持申報數據盤和裝訂成冊的出口退稅申報表、申報單證到稅務機關申報退稅。
第三十五步 根據當期申報匯總表的應退稅額（第24行）做帳務處理。借：其他應收款-應收出口退稅款 貸：應繳稅費-應繳增值稅（出口退稅）。
第三十六步 出口單證備案。將出口貨物明細單、裝貨單、運輸單據按要求裝訂成冊。
附：出口退稅申報軟件安裝更新
1、首次啟用退稅申報系統。從中國出口退稅咨詢網上下載最新版本的貿易企業出口退稅申報系統（下載到計算機根目錄下），然後按提示進行軟件安裝。安裝完畢後進行系統維護，進入“系統維護-系統設置配置與修改”界面，逐項錄入企業的基本信息，其中“企業代碼”為10位企業海關代碼，“納稅人識別號”為國稅稅務登記證號碼，“企業名稱”為單位全稱，“計稅計算方法”設置成“2”，“稅務機關代碼”為120117，“稅務機關名稱”為園區國家稅務局。
2、退稅率文庫更新。更新出口商品退稅率文庫按如下操作：從中國出口退稅咨詢網上下載最新版本的出口商品代碼庫（下載到計算機根目錄下），然後解壓縮。(1)進入“系統維護-代碼維護-海關商品碼”界面，選擇工具欄代碼讀入將解壓縮的文件CMCODE.DBF讀入到出口退稅申報系統，讀入完畢後點擊工具欄“設為自用”即可。(2) 進入“系統維護-代碼維護-標準海關商品碼”界面，選擇工具欄代碼讀入將解壓縮的文件STDCM.*讀入到出口退稅申報系統。
3、更新退稅申報系統。當出口退稅申報系統版本升級時，應先將原退稅申報系統數據進行備份，選擇系統維護-系統數據備份界面，即可完成數據備份。然後從中國出口退稅咨詢網上下載最新版本的貿易企業出口退稅申報系統，安裝後將原退稅申報系統的備份數據導入新退稅申報系統。選擇系統維護-系統備份數據導入界面，在舊系統路徑下查找最新備份文件，按提示即可完成備份數據導入。