首先是信息技術和網絡技術的普及和發展。特別是互聯網技術解決了信息共享和信息傳遞的標準和成本問題，使信息更廣泛地成為控制和決策的基礎和依據。因此，只要解決好信息的收集、傳遞、處理和共享問題，就能提高決策水平，帶來效益。在這個層面上，可能不涉及流程改造和優化的問題，信息系統的任務是為決策提供及時準確的信息。
其次，在利益機制的驅動下，企業不斷追求降低成本、加快資金周轉，將系統論和優化技術應用於物流流程設計和改造，並將其融入新的管理體系。這個時候信息系統有兩個作用，壹個是固化新的流程或者新的管理體系，使之能夠規範的執行；二是提供指定流程中的優化操作方案，如存儲和存取的優化方案、運輸路徑的優化方案等。此時，信息系統的作用主要在於固化管理和優化運行。
第三個層次是供應鏈的形成和供應鏈管理作用的上升，其中物流管理是其主要組成部分。要解決的問題是提高整個供應鏈的效率和競爭力，主要是通過對上下遊企業的信息反饋服務來提高供應鏈的協調性和整體效率，如生產企業與銷售企業之間的協調，供應商與采購商之間的協調等。物流信息系統不僅是供應鏈的血液循環系統，還是中樞神經系統。供應鏈的基礎是建立壹個利潤機制，但是這個機制需要壹定的技術方案來保證，這裏信息系統的主要作用就是實現這個互利機制。比如，賣方的庫存由供應商的自動補貨系統管理，制造商根據賣方的市場預測安排生產計劃。