(1)人員素質差。從業人員的文化素質相對較低，大專以上學歷人員比例小，專業技術人員少，為數眾多的鄉以下小企業甚至沒有具有專業技術職稱的技術人員和大專以上學歷人員。小型企業所有者的素質也相對低下，許多所有者往往憑經驗和感覺進行管理，容易導致決策的失誤，這也是許多小企業成長不起來或破產的原因。
(2)技術裝備水平落後。小企業的人均固定資產原值遠遠低於大企業，僅為大企業的l/4，而且設備陳舊落後。從地區來看，占小企業絕大多數的農村工業企業中，相當壹部分使用的是城市淘汰的舊設備，中西部壹些企業又是使用東部淘汰的設備；從行業來看，以中小企業為主的機械、棉紡行業中，機床出廠年限屬於70年代甚至以前的占全部機床的比重高達38.1%，棉布織機該比重也高達31.7%。
(3)信息來源渠道不暢，信息收集手段落後。現階段，絕大多數中小企業自行搜集信息，信息收集成本較高，由於缺乏高素質的信息分析人員，信息利用效率較低。對信息中介組織的利用程度低。
(4)融資渠道過於單壹。中小企業的資信差，抗禦風險的能力弱，難以像大企業那樣自由進入金融市場，在我國對中小企業直接融資嚴格加以限制。間接融資成為中小企業籌集資金的主要形式，而銀行出於自身風險的考慮，對中小企業貸款要求提供擔保，而我國對中小企業的信貸擔保不足，導致中小企業貸款困難重重。
2、運營能力方面的問題
(1)財務風險高。我國中小企業普遍資產負債率偏高，其中中小工業企業資產負債率平均高於大型企業7個百分點，而流動比率偏低，中小工業企業流動比率低於大型企業10個百分點。這說明我國中小企業償債能力不足，財務風險較高。
(2)管理風險高。中小企業由於規模較小，資源有限，壹般沒有能力實現管理職能的專門化，管理工作不少是由企業所有者自己兼任，或者是把各種管理職能盡可能地加以簡化合並後集中於少數幾個人手中。由於管理者缺乏專門的專業化訓練，管理水平較低，管理方式表現為簡單化和集權化，往往造成企業內勞資關系緊張，人員流動頻繁，嚴重影響中小企業的經營績效。同時大多數中小企業缺乏戰略管理能力、組織創新能力，使中小企業的管理風險加大。
(3)產品風險大。中小企業產品質量狀況與經濟發展要求有較大差距，產品檔次低，質量差，抽查合格率低，假冒偽劣商品屢禁不止，優難勝、劣不汰現象較為普遍。
3、中小企業宏觀管理方面的問題
（1）宏觀管理體制不順暢
目前，我國有鄉鎮企業管理局、中小企業管理局、工商行政管理局、企業管理協會以及壹些地方性生產力促進委員會等機構分別對中小企業中的某壹所有制類型或企業活動的某些環節進行管理，導致政出多門、職能交叉、多頭管理，使地方和企業無所適從。政府對中小企業的狀況和發展趨勢缺乏全面掌握，更缺乏對中小企業進行宏觀管理的規劃、引導、監督和扶持。
(2)經濟政策不公平
我國目前的經濟政策主要是依據所有制類型和行業特性來制定的，而不是根據不同規模的企業所具有的不同行業特性來制定的，在經濟政策上經常自覺或不自覺地偏好於大企業。如國家給非國有小企業的貸款規模過小，使之處於不平等的競爭地位。國家銀行的呆賬準
備金、資本結構優化扶持金、新增貸款和新增上市額度等優惠政策幾乎全對大中企業傾斜。另外，中小企業還負擔著各種稅收構成以外名目繁多的收費。
(3)法律保障體系不完善
現在，我國對中小企業針對性較強的法律條文，主要是《城鎮集體所有制企業條例》和《鄉鎮企業法》。但這兩部法規是按所有制性質和不同的組織形式分類立法的，缺乏統壹的立法標準和行為規範，容易導致不同所有制性質和不同組織形式的小企業在法律和權力地位上的不平衡發展和不規範運作。
(4)社會服務體系不健全
壹方面社會中介機構往往設在政府部門，較少對中小企業直接開放，即使向中小企業開放，中小企業也很難得到有效的服務，而且服務對象往往局限在本系統、本部門的小企業內；另壹方面有些中介機構的設立，帶有濃厚的官辦色彩，中介服務的好壞沒有同工作人員的利益結合在壹起，缺乏為企業主動服務的內在動力。另外，新創立的壹些商業性較強的中介公司，服務收費昂貴，中小企業難以承受。中小企業發展中存在的諸多問題，單靠中小企業自身是難以解決的，政府必須在其中扮演重要角色，這已為世界各國的經驗所證實.