同時協查函是由司法機關部門根據調查需要向其他單位發函請其協助調查的函件。壹般是公安、司法機關辦案過程中對需要調查核實而又在異地的事實，向相關部門發出的要求對方予以協助調查，並有正規回復的公文。
市場監督管理局協查函的意義是對涉嫌構成妨害藥品管理罪，掩飾、隱瞞犯罪所得罪，詐騙罪等，要盡職調查，不得以行政處罰代替刑事處罰。涉案藥品數量較大的，無論是否涉嫌犯罪，執法人員都應進行協查。
如果確認產品是標示生產企業生產，要向屬地監管部門移交線索，提醒企業加強管理，避免藥品流入非法渠道；如果不是標示企業生產且不夠涉刑移送標準，可考慮在銷售未經批準生產的藥品和非法渠道購進藥品兩種違法行為之間擇壹重處罰，另壹種未選擇的作為從重情節考慮。
法律依據：
《刑事訴訟法》第三條
對刑事案件的偵查、拘留、執行逮捕、預審，由公安機關負責。檢察、批準逮捕、檢察機關直接受理的案件的偵查、提起公訴，由人民檢察院負責。審判由人民法院負責。除法律特別規定的以外，其他任何機關、團體和個人都無權行使這些權力。
人民法院、人民檢察院和公安機關進行刑事訴訟，必須嚴格遵守本法和其他法律的有關規定。