從企業的自身原因分析，前期的信息化建設大多缺乏長遠與統籌規劃，不同階段只考慮各種局部需求，造成了各種不同應用系統的盲目引進，如其中有上級部門下發推廣的，也有自行開發或合作開發引進的等渠道。由於大多數應用系統之間沒有統壹的技術和數據標準，數據不能自動傳遞，缺乏有效的關聯和***享，從而形成壹個個彼此隔離的信息孤島。
信息孤島的存在所帶來的弊端是顯而易見的。首先是導致信息的多口采集、重復輸入以及多頭使用和維護，信息更新的同步性差，從而影響了數據的壹致性和正確性，並使企業的信息資源拆亂分散和大量冗余，信息使用和管理效率低下，且失去了統壹的、準確的依據。其次是由於缺乏業務功能交互與信息***享，致使企業的物流、資金流和信息流的脫節，結果造成賬賬不符、賬物不符，不僅難以進行準確的財務核算，而且難以對業務過程及業務標準實施有效監控，導致不能及時發現經營管理過程中的問題，造成計劃失控、庫存過量、采購與銷售環節的暗箱操作等現象，給企業帶來無效勞動、資源浪費和效益流失等嚴重後果。再次是孤立的信息系統無法有效地提供跨部門、跨系統的綜合性信息，各類數據不能形成有價值的信息，局部的信息不能提升為管理知識，以致對企業的決策支持只能流於空談。同時由於企業信息孤島的存在，還將影響信息化的集團化、行業化應用。