1，兩者的本質是不同的:
(1)電子商務的本質:即使電子商務在不同國家或不同領域有不同的定義，但其關鍵仍然是基於電子設備和網絡技術的商業模式。隨著電子商務的快速發展，它不僅包括購物的主要內涵，還包括物流配送等輔助服務。
電子商務包括電子貨幣交換、供應鏈管理、電子交易市場、在線營銷、在線交易處理、電子數據交換、庫存管理和自動數據收集系統。
(2)信息系統的本質:信息系統是以處理信息流為目的，由計算機硬件、網絡和通信設備、計算機軟件、信息資源、信息用戶和規章制度組成的人機集成系統。
2、兩種類型不同:
(1)電子商務的類型:電子商務分為ABC、B2B、B2C、C2C、B2M、M2C、B2A(即B2G)、C2A(即C2G)、O2O等。
(2)信息系統的類型:根據信息系統的發展和特點，可以分為五種類型:數據處理系統、管理信息系統、決策支持系統、專家系統(人工智能的壹個子集)和虛擬辦公室。
根據管理的層次結構，經理信息系統、營銷信息系統、制造信息系統、財務信息系統、人力資源信息系統和信息資源信息系統可以分為兩個層次。這是壹個邏輯管理信息系統，而不是物理管理信息系統，也稱為組織信息系統。
3、兩者的特點不同:
(1)電子商務的特點:電子商務作為壹種新的交易方式，將生產企業、流通企業、消費者和政府帶入了壹個網絡經濟和數字化存在的新世界；在電子商務環境下，人們不再受地域的限制，客戶可以用非常簡單的方式完成過去復雜的商務活動。
比如網上銀行，可以全天存取賬戶資金，查詢信息，同時可以大大提高企業對客戶的服務質量。在電子商務的商務活動中，有大量的聯系人需要開發和交流，工作時間靈活，完成公司的要求，有錢有閑。
電子商務可以規範交易處理的工作流程，將人工操作和電子信息處理融為壹個不可分割的整體，不僅可以提高人力物力的利用率，還可以提高系統運行的嚴謹性。
(2)信息系統的特征:壹個完善的管理信息系統有以下四個標準:明確的信息需求、信息獲取和處理、通過程序為管理者提供信息、信息管理。統壹規劃的數據庫是管理信息系統成熟的重要標誌，它標誌著管理信息系統是軟件工程的產物。
通過MIS實現信息增值，通過數學模型對數據進行統計分析，實現輔助決策。MIS是發展變化的，MIS是有生命周期的。管理信息系統的開發必須有壹定的科學管理基礎。只有在合理的管理制度、完善的規章制度、穩定的生產秩序、科學的管理方法和準確的原始數據的基礎上，才能進行MIS的開發。？
因此，為了適應MIS發展的需要，企業管理必須逐步完善以下工作:(1)管理工作程序化，各部門都有相應的操作流程；管理業務的標準化，每個部門都有相應的操作規範；統壹報告文件，固定內容、期限和格式；數據的完善和編碼。
二、電子商務與信息系統的關系:
電子商務是以信息網絡技術為手段，以商品交換為中心的商業活動；也可以理解為在互聯網、內網、增值網上以電子交易的形式進行交易活動及相關服務的活動，是傳統商業活動各環節的電子化、網絡化、信息化；以互聯網為媒介的商務活動都屬於電子商務的範疇。
電子商務是利用計算機技術、網絡技術和遠程通信技術實現電子化、數字化、網絡化和商品化的整個商務過程。電子商務是在法律允許的範圍內，以商務活動為主體，以計算機網絡為基礎，以電子手段進行的商務活動的交易過程。
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