然後，張國慶又在復雜系統“三論”的基礎上，提出了復雜系統的能流分析（energy analysis）、系統群分析（system group analysis）、TSE分析（TSDA，Time-Space Dynamic Analysis About Event）、代謝分析（metabolism analysis）、生命周期分析（life cycle analysis）等復雜系統分析方法，系統發展發育規律及其關鍵因子（key factor）分析方法，以及系統的精確管理（precisionmanagement）、GCSP（Graded management，Classificationmanagement，Subarea management，Phased management）、PDCS（Plan，Do，Check，Study）、健康管理與系統和諧等理論。張國慶並將上述理論分別應用於發展學、系統法學、系統企業學、標準學、災害學、人工智能等領域。
（1）在發展學中，1999年，張國慶在全球生態危機和社會危機日益突出的背景下，提出了和諧發展理論。他認為，和諧發展就是根據社會——生態系統的特性和演替動力，遵照自然法則和社會發展規律，利用現代科學技術和系統自身控制規律，合理分配資源，積極協調社會關系和生態關系，實現生物圈穩定和繁榮，達到“天人合壹”、“人地***榮”的目的。隨後，他又分析了危機產生的因子，將和諧發展歸納為：資源***享，適時協同，按需生產，和諧***榮。將和諧發展的最低目標確定為廣義的生態健康，最高目標確定為自然界和人類***同繁榮，而不僅僅是健康。2006年，張國慶又從發展學角度，分析了人類社會的顯性危機和隱性危機，構建了發展學學科架構，倡導符合和諧發展的生產生活方式（按需生產、清潔生產、節約生產、快樂生產、清潔生活、勤儉生活），劃分了人類文明進程，提出了和諧社會分配“九壹律”，以及全球和諧發展的途徑：生產和諧化，社會和諧化，個人和諧化。2013年，張國慶在《發展學》中又提出了發展學基本原理——生態基礎原理、民生至上原理、和諧發展原理，社會組織的職能與責任，勞動公平與勞動計量，社會規範的生命周期與進化，社會發展多元化、去貨幣化、減商化理論，和諧社會評價指標體系，社會系統的分析評價方法與社會系統管理理論與方法。
（2）在系統法學中，張國慶提出了系統法學的研究任務（研究良法之構件、良法之立法、善治之司法）和研究方法（師法自然、民心物體、融入民眾、創新發展）、系統法學基本原理（法制思想定律、法制人權定律、良法定律、善治定律、和諧定律、法制至上定律、人權至上定律、民主定律、司法獨立定律九大定律以及進化原理、LSP協同原理、罪因溯源原理、學習原理、GCSP原理、執者不議原理等28個原理），以及立法的系統方法、法制評價與監督、法制系統管理（法制系統生命周期管理與法制系統進化、健康管理、法制系統和諧化）等基本理論與應用技術。
（3）在系統企業學中，張國慶重新定義了企業、法人、生產要素等概念，並從法人、生產要素、勞動等角度論述了企業的內涵，提出了企業能流分析、企業群分析、企業TSE分析、企業代謝分析、企業生命周期分析等企業分析與評價方法，以及企業仿真、企業系統工程、企業和諧化、企業系統管理、企業健康管理、企業勞動計量與管理、企業減商化等理論。
（4）在標準學中，張國慶提出了標準化“和諧原理”、“法治原理”、“系統原理”等理論，在理論上對標準的統壹分類與命名、標準化的工作方法、標準化評價和合格評定等作了研究性探索，並將其應用到林業標準化理論研究，提出了林業標準化“生態優先原理”、“功能多樣性原理”、“生物性原理”和“生態補償原理”等理論。
（5）在災害學中，張國慶提出了“生態環”、“生態化”、“生命地球”等理論，以及“災因鏈”及關鍵災因分析、“防災減災原理”、“GCSP管理”、“學習原理”、“法治原理”等理論，並將其運用到生物災害學中，提出了“精確管理”、“時間管理”、“空間管理”等理論。
張國慶還起草、審定了多項林業生物災害防治國家行業標準、安徽省地方標準，參加了國家林業局“中國林業生物災害防治戰略研究”課題並完成了《中國林業生物災害防治戰略研究》部分章節的撰寫任務，參加了國家林業局“氣候變化對林業生物災害影響及適應對策研究”課題，承擔並主持了其中部分子課題研究任務。主要著作有《生態論：復雜系統研究》、《系統學概論》、《發展學》、《系統法學》、《系統企業學》、《標準學》、《林業標準學》、《災害學概論》、《生物災害學》、《生態健康概論》、《林業生物災害防治》、《有害生物主要防治技術》等。