與制藥工程專業密切相關的行業主要是制藥工業，包括傳統的化學制藥、生物制藥、中藥制藥和藥物制劑，壹些醫藥中間體生產企業、壹些保健品生產企業也與制藥工程專業有關。由於全球對人類健康越來越重視，“藥品”作為保證人類健康的最重要商品之壹，受到越來越多的關註，對藥的品種、質量、效果等提出了越來越高的要求。而且隨著人們生活水平的提高，對藥品的重視程度還會大大增加，國家也會加大對制藥業的準入制度和監管力度。
2003年，世界藥品市場的增長率為5%～7%，中國藥品市場的增長率為28%左右。其中，老年人和兒童仍然是藥品消費的重要對象。在國際上，仍然是研發型制藥企業獨占鱉頭。2003年，美國藥品研究和生產協會會員單位的研究開發費達332億美元，比2002年增長7.1%。其中用在美國本土的經費達到274億美元，58億美元用在美國之外的國家。這個經費比1990年美國的藥品研究開發費增加了5倍，同期，歐洲增加了2.5倍。國外制藥企業發展非常快，基本形成了以超大規模制藥集團為主體的制藥工業，壹些小公司的生存空間相對較小。2003年很多國際大型醫藥企業仍然運作很好。
國內醫藥企業的發展趨勢良好，外商獨資企業、中外合資企業、國營企業、民營企業等不同所有制和管理模式的制藥行業已經形成了壹個非常大的產業群。2003年，中國藥品制劑和原料藥生產企業***有5082家，到2004年4月底已有2800家企業通過了GMP認證，這些企業在市場上占有80%的份額。這些制藥企業正是制藥工程專業畢業生的主要去向。