企業內部控制是指企業為了保護其經濟資源的安全和完整，防止管理漏洞，保證會計信息的真實可靠，通過內部分工相互制約和聯系的具有控制功能的方式、措施和程序。內部控制的根本目的是加強企業管理，提高經濟效益；其基礎是企業內部的分工；其核心是壹系列具有控制功能的方式、措施和程序。它是現代企事業單位在管理經濟活動中廣泛使用的壹種控制機制。但是，從目前的現實來看，許多中小企業的內部控制問題十分突出，進壹步影響了中小企業的經濟效益，阻礙了中小企業的發展。
壹、中小企業的組織結構壹般來說，中小企業是指資產少、人員少、管理範圍相對較小的企業。這類企業的組織結構多采用直線制或直線職能制。對於經營活動簡單穩定的小企業，壹般采用直線式結構進行垂直管理，沒有專門的職能結構，是最簡單的集權管理。對於中型企業，壹般采用直線職能制結構進行管理。以直線制為基礎，在廠長(經理)領導下設立相應的職能部門，把廠長(經理)的統壹指揮和職能部門的參謀、指導結合起來，實現專業化管理。這樣既能保證統壹領導，又能充分發揮職能部門的指導作用，彌補領導專業管理知識和能力的不足，輔助領導決策。
二，中小企業內部控制的現狀分析
1.內部控制制度不完善。目前，大多數企業的內部控制制度不夠全面，沒有覆蓋所有部門和人員，沒有滲透到企業的所有業務領域和經營環節，使得中小企業會計工作混亂，會計核算不真實，導致會計信息失真極其嚴重。例如，許多企業沒有建立常規的票據管理制度、重要空白憑證的保管和使用制度以及會計人員分工的“內部牽制”原則。甚至有些小企業沒有正規的會計部門，會計、出納、審計等事務都是壹個人處理。原始憑證的取得或填制都是違法的，在此基礎上編制的會計憑證、登記賬簿、會計報表以及壹系列會計分析都是沒有意義的。壹些企業人為編造會計數據，設立“小金庫”，亂攤成本，隱瞞收入，虛報利潤，惡意偷逃稅款。這些都與企業內部控制制度不完善密切相關。主要原因有:壹是與組織架構有關；二是與制度體系有關；第三，與單位負責人有關。部門之間缺乏有效的協調和牽制，往往導致管理脫節，漏洞百出，給人以可乘之機。
2.缺乏有效的監督機制為了加強監督，我國形成了企業外部監督體系，包括政府監督和社會監督。但是如此龐大的監管體系對中小企業的監管效果卻不盡如人意。有些企業雖然有內部審計，但不能充分發揮其作用。壹些企業的業務經理、會計甚至領導幹部鉆監管不力的空子，大量收受賄賂，大肆貪汙公款，利用假發票非法占用企業資金。
3.對內部控制制度的片面理解。內部控制制度是各業務部門或人員在業務經營過程中形成的相互影響、相互制約的動態機制。它是具有控制功能的各種方法、措施和程序的總稱。它絕不等於規章制度，也不等於內部管理，更不是組織計劃。內部控制的前提是有效性，關鍵是作為內部控制體系主體的管理者和員工。由於壹些中小企業的管理者和員工對內部控制制度的認識存在偏差，企業沒有認識到內部控制制度的重要作用，導致企業的管理混亂。
4.內部控制系統的參與者素質較低。近年來，中小企業會計人員的思想教育和專業培訓未能跟上。壹些不具備專業資格的人混進了會計隊伍，思想素質差，業務壹知半解。連正常的會計業務都處理不好，更別說內控制度的應用了。有些企業領導對會計制度和會計準則壹竅不通，卻獨斷專行，必然給企業造成不可挽回的損失，讓資金緊張的企業難以為繼。
5.內部審計職能弱化內部審計是企業內部控制體系的重要組成部分。據調查，大量中小企業沒有設立內部審計機構。即使是設有內部審計機構的企業，其職能也嚴重弱化，無法正確評價財務會計信息和各級管理部門的績效。導致各級管理部門更加有恃無恐，趁機鉆內控的空子。此外，內部審計機構的職能在很大程度上取決於企業最高層的主觀意願。