所以在三個機關內部組建的專案組中，只有公眾和檢察院是合法的。第二種情況，檢察機關和公安機關是大檢察官，兩個機關的目的都是準備起訴。檢察機關具有行政機關和審判機關的雙重性質，在履行準備起訴職能時提前介入公安機關是符合法律規定的職能的。當然，作為具有法律監督職能的檢察機關，合二為壹，就變成了自我監督，使監督職能流於形式。但是，檢察機關辦理自偵案件時也存在這個問題。理論上，這種情況是通過檢察機關內部分工實現的，即檢察機關專門設立的法律監督部門監督內部偵查機關的偵查活動，也監督公安機關的偵查活動，各地檢察院也專門設立了“偵查監督部門”。從這個意義上說，檢察機關和公安機關的偵查起訴部門聯合組成專案組，也是有法律依據和合理性的。
當然，就程序監督而言，檢察機關作為大檢察官，監督的是屬於自己壹方的公安機關；甚至壹個原本屬於壹個機關的部門去監督另壹個部門，也有嚴重的缺陷。出路是由壹個中立的機構——法院來行使程序自由裁量權，即通過司法令狀來解決。我們之所以還沒有建立這壹制度，主要是為了讓辦案機關掌握打擊犯罪的主動權，必須充分信任辦案機關，賦予其極其廣泛而強大的權力，即專案組式的偵查程序是為了“打擊罪犯”而存在的，辦案程序必須服從鬥爭的需要。所有可能影響辦案機關辦案行為順利實施的設置，都被認為是不必要的，比如完全中立的法院的司法審查，是不能有效存在的，甚至壹般控制偵查程序的法院也要配合偵查機關。當然，政府會考慮到人性“惡”的問題，也會采取壹些措施限制辦案人員的行為。但這並不是簡單地限制專案組的權力，而是防止行使這種權力的人做出不利於國家的行為。比如壹些偵查措施的使用必須經過上級和其他機關的批準，但批準的機關不可能是中立的。可能和偵查機關的目的壹樣，迫切需要懲罰犯罪嫌疑人，才能贏得鬥爭的勝利。蘇聯《刑事訴訟法》第127-1條規定，偵查局長應當監督偵查人員揭露犯罪、預防犯罪的行為是否有效、及時，采取各種措施保證偵查人員能夠充分、全面、客觀地調查刑事案件。此外，第168條規定，根據偵查人員說明理由的決定進行搜查，必須經檢察長或副檢察長批準。在緊急和必要的情況下，可以不經檢察長許可而進行搜查，但是被搜查的物品應當在二十四小時以內報告檢察長。看似偵查程序在檢察長的監督之下，但檢察長的工作性質與法官的工作性質根本不同。蘇俄總檢察長可以直接進行或指揮審前調查和偵查。需要出庭或者委托出庭支持公訴的。檢察長和偵查人員幾乎在同壹戰線，這樣的監督對犯罪嫌疑人可能不是很有利。中國的政治制度和刑事訴訟制度是以蘇俄為基礎的，所以即使有了司法令狀制度，檢察機關和公安機關的內部監督仍然可以存在，但只是壹種內部控制的形式，而不是壹種超脫的程序監督。在現代社會，經過無數思想家的理論探索和許多國家的立法司法實踐，逐漸形成了壹套刑事司法機制，能夠最大程度地保證執法的公正。即在行政與司法分離的前提下，確立了無罪推定、司法獨立、審判公開等基本原則，確立了律師辯護、沈默權、回避、疑罪從無等基本制度，確立了法官中立、控辯對抗、集中審判等嚴格程序。這種正義要求以最不壞的形式的形式正義或程序正義來實現實體正義。在清末沈家本等人倡導的法律改革中，大部分內容都是在名義上加以規定的。
專案組是幾個機關聯合辦案，我們不能否認其出發點是好的，但實現其出發點的途徑是區分行政與司法，區分指控與審判，甚至區分黨的領導與公安司法機關的辦案職能。司法不同於行政的根本標誌是中立和裁決。如果沒有壹個中立的組織來判斷申訴行為中的實體問題和程序問題，整個處理過程與封建社會的行政行為和處理機制沒有區別，司法公正和人權保護的那些品質就無法發揮出來。因此，專案組辦案的本質是司法，具有行政權集中、高效的優點，但也存在行政權在處理刑事案件時容易導致錯案和侵犯人權的弊端。