總分支機構企業的匯總納稅是指總機構和分支機構在納稅時按照行規範進行匯總，然後按照壹定比例在兩者之間進行分攤，最終就地進行繳納或退庫。具體做法如下：
1. 匯總計算企業所得稅。總分支機構企業須按照行規範，根據各分支機構實際利潤計算所得稅，並將各分支機構的所得稅匯總計算，得出總機構和所有分支機構的應納稅額。
2. 按比例分攤應納稅額。總分支機構企業的所得稅繳納比例是由稅務機關根據稅務登記證上的信息確定的。應納所得稅額按比例分攤後，就可以確定總機構和每個分支機構需要繳納的所得稅額。
3. 繳納或退庫。總分支機構企業可以選擇在當地稅務機關就地繳納所得稅，也可以繳納後申請退庫。在退庫時，總分支機構企業須提交相應的申請材料，包括匯總計算表、稅收管理部門或者財政部門出具的分攤比例、分支機構所在地稅務機關出具的納稅證明等。
預繳稅款
預繳稅款是指企業在計算並繳納當年所得稅的過程中，提前繳納壹定比例的所得稅款，以應對未來可能出現的稅負風險。對於總分支機構企業來說，預繳稅款的計算和劃撥方式如下：
1. 計算預繳稅款額度。總機構須按規定將應納所得稅額的50%按比例分配給各分支機構。分支機構需要在規定時間內就地申報預繳所得稅，並報送相關材料。稅務機關依據申報的各分支機構預繳所得稅的信息，計算出企業整體的預繳稅款額度。
2. 劃撥預繳稅款。總機構將企業整體預繳稅款的50%劃撥至各分支機構，由分支機構代為繳納。預繳稅款的劃撥方式有兩種，壹種是按比例進行劃撥，另壹種是按實際經營情況進行劃撥。
跨地區經營和二級分支機構的特別說明
對於居民企業的跨地區經營和二級分支機構，總分支機構企業所得稅管理辦法也有相關說明。在跨地區經營時，總分支機構企業需在各地納稅，同時需要滿足下列條件：營業收入在跨地區的分支機構必須達到總收入的30%以上；跨地區分支機構必須開立獨立銀行結算賬戶；跨地區分支機構應向稅務機關提交納稅申報表、資產負債表等相關資料。
對於二級分支機構，總分支機構企業所得稅管理辦法明確規定：二級分支機構可以直接繳納所得稅，也可以通過上級分支機構進行匯總繳納；在預繳稅款方面，上級分支機構依照總機構的要求進行劃撥。
總之，總分支機構企業的匯總納稅和預繳稅款是壹個十分復雜的系統工作，需要企業落實相關的制度和流程，以保證企業所得稅合規納稅。
法律依據
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第二十二條增值稅納稅地點：（壹）固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。（二）固定業戶到外縣（市）銷售貨物或者應稅勞務，應當向其機構所在地的主管稅務機關申請開具外出經營活動稅收管理證明，並向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅；未開具證明的，應當向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅；未向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅的，由其機構所在地的主管稅務機關補征稅款。
（三）非固定業戶銷售貨物或者應稅勞務，應當向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅；未向銷售地或者勞務發生地的主管稅務機關申報納稅的，由其機構所在地或者居住地的主管稅務機關補征稅款。（四）進口貨物，應當向報關地海關申報納稅。
扣繳義務人應當向其機構所在地或者居住地的主管稅務機關申報繳納其扣繳的稅款。