自2000年6月成立以來，紅旗軟件迅速實現了主營業務的全面盈利，形成了以北京為總部，在廣州、上海等地設有分公司的架構，並擁有立體的銷售渠道和遍布全國的服務網絡。紅旗軟件提供的產品涵蓋了高端Linux服務器操作系統、集群系統、桌面版操作系統、嵌入式系統以及技術支持服務和培訓等領域，用戶廣泛分布在政府、郵政、教育、電信、金融、保險、交通、運輸、能源、物流、媒體和制造等各個行業。2014年2月10日，中科紅旗北京總部的大門上粘貼了壹張最新的公告，通知全體員工，公司正式解散，員工勞動合同全部終止，公司進入清算程序。伴隨著這張公告，這家成立14年之久的國產操作系統廠商的發展歷史可能就此終止。2014年6月27日，中科紅旗發布公告，宣布擬以公開競價方式轉讓公司全部註冊商標、全部軟件著作權等資產，正式啟動資產出售進程。12014年8月14日，北京中科紅旗軟件技術有限公司被五甲萬京信息產業集團成功收購，交易價格為3862萬元。收購後，五甲萬京將繼續承擔紅旗Linux相關產品研發、銷售、技術服務支持和品牌推廣等工作。