赤峰市國家稅務局內設行政機構10個、直屬機構2個、事業單位4個，另設機關黨委辦公室，下轄12個旗縣區國家稅務局，15個副科級分局,37個稅務所。 1、辦公室
負責起草和審核重要文件、報告，承擔稅收法規文件清理、鑒定及匯編工作;負責全市國稅工作會議、局長辦公會議和局務會議等組織籌辦工作;負責文秘事務、信息綜合、新聞宣傳、文電處理、文書檔案、印鑒管理、督辦查辦、調查研究和外事工作;負責辦公自動化工作；負責組織辦理市人大代表議案和政協委員提案及保密工作;負責信訪事項的分辦、轉辦、催辦和督辦工作;負責各類報刊的征訂、發行工作;負責完成領導交辦的其他工作。
2、政策法規科
負責進行有關政策法規的調研工作；負責貫徹、建立和推行規範稅收執法的規章、制度調研工作；負責全市國稅系統稅收執法的監督、檢查工作；負責全市國稅系統目標化管理考評工作；負責落實執法責任追究制度；負責對重大稅務案件的審理工作；負責全市國稅系統幹部執法資格認定工作；負責區局法規部門部署的系統普法和依法治理工作；負責稅務行政復議、訴訟和賠償等法律事務，負責完成領導交辦的其他工作。
3、流轉稅管理科
負責增值稅、消費稅、車輛購置稅等流轉稅的稅種管理、增值稅專用發票的內部管理工作。負責貫徹落實增值稅、消費稅、車輛購置稅稅收政策，根據稅法規定和稅種特點，結合自治區實際擬定所管稅種具體的稅收征管辦法；處理執行稅法和稅收政策中的有關事項；流轉稅政策調研、信息收集、業務培訓；增值稅專用發票的政策管理；負責增值稅金稅工程的業務管理工作；負責國家進出口稅收政策及管理辦法的貫徹落實；負責出口貨物退（免）稅認定工作；負責出口退稅計劃管理；負責出口貨物退免稅的審核、審批；負責出口貨物退免稅電子化管理系統的推廣應用和維護工作；負責出口退稅電子信息的采集、核查、傳遞；負責電子口岸執法系統的推廣應用；組織實施出口貨物退免稅檢查和清算工作；負責增值稅、消費稅、金融保險業營業稅、車輛購置稅的稅收調研工作；負責完成領導交辦的其他工作。
4、所得稅管理科
負責內資企業所得稅征收管理和政策管理及儲蓄存款利息個人所得稅的管理；負責企業所得稅匯算清繳的組織、督促、指導工作，布置企業所得稅各項檢查；根據規定權限依法受理、審批各類減免稅，督促和檢查各項政策的貫徹落實情況；履行對匯繳成員企業就地監督管理的職能；負責稅源監控和調查，及時報送稅源信息資料，分析稅源增減變化情況；制定和實施各項稅前扣除管理辦法，規範稅前扣除的有關臺帳；負責所得稅政策的宣傳和調查研究；負責城市商業銀行、城鄉信用社的財務制度管理工作; 負責全市涉外稅收工作的組織、指導、協調和監督；負責對現行涉外企業所得稅稅收政策的執行情況和日常管理情況進行監督檢查；負責國際稅收協定執行；負責反避稅、規模較大涉外企業的稅務審計、情報交換，我國及外國居民跨國收益稅收監管等國際稅務事項管理；負責完成領導交辦的其他工作。
5、征收管理科
組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章制度並制定綜合性稅收征管制度和辦法；負責稅務登記等稅收資料的管理；牽頭對征管質量的綜合考核；指導個體工商戶和集貿市場稅收征管；負責組織征管軟件和除涉及增值稅防偽稅控以外的稅控器具的推廣和應用工作；負責社會性協稅護稅及協助司法機關打擊偽造、倒賣、盜竊普通發票等違法活動；牽頭負責納稅評估綜合性制度、辦法的制定和組織實施工作；負責納稅服務、日常稅源基礎管理、日常管理性檢查及其綜合制度、辦法的制定；負責稅務代理工作的監督、管理、指導；負責完成領導交辦的其他工作。
6、計劃統計科
負責編制分配本系統稅收計劃，對稅收收入資料和數據進行統計、分析、匯總、上報；負責對全市百萬元以上重點納稅戶進行監測；負責稅收會計核算的監督、管理、指導、檢查工作；負責稅收會計政策落實及解釋工作，辦理各項提退稅款的審批；負責辦理延期繳納稅款的轉批；負責各種稅收票證的管理、監督、檢查工作；負責完成領導交辦的其他工作。
7、財務管理科
負責本系統經費預算編制、執行及決算工作；負責本級機關和直屬機構財務核算工作；負責本系統基本建設管理工作；負責本系統內部審計工作；負責本系統政府采購管理工作；負責本系統固定資產管理工作；負責本系統稅務制服管理工作；負責本系統銀行賬戶管理工作；與人事部門和紀檢監察部門***同承擔科級領導幹部任期經濟責任審計工作。負責完成領導交辦的其他工作。
8、人事教育科
負責設置、管理全市國稅系統副股級以上機構的設立、更名、撤並的上報和審批工作；負責全市國稅系統國家公務員的人事管理工作；負責管理全市國稅系統的編制核定、統計、分解工作；負責全市基層國稅局領導班子建設及領導幹部的考核、任免、交流、調配、獎懲等項工作；負責領導班子及領導幹部實績考核的日常運行和監控工作；負責全市國稅系統人員檔案、勞動工資及保險福利工作；負責全市國稅系統思想政治工作和精神文明建設工作，並組織實施；對基層局思政工作進行指導、檢查、考核，總結推廣工作經驗；負責全市國稅系統各類爭創活動的組織、指導、考核、驗收工作；負責全市國稅系統獎勵事項承辦工作；負責完成領導交辦的其他工作。
離退休幹部管理辦公室（副科級，掛靠人事教育科）。貫徹落實各級有關離退休工作的方針政策；負責監督、檢查系統離退休人員政治生活、經濟生活待遇落實情況；接待處理離退休人員的遺屬管理工作；負責機關離退休人員的政治學習、文體活動和日常管理服務工作。
9、監察室
監督、檢查全市國稅機關及其工作人員貫徹執行國家法律法規、執行財經紀律、執行人事制度的行為；受理對稅務機關及其工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及稅務機關及其工作人員不服行政處分的申訴；調查處理稅務機關及其工作人員的違法違紀行為；負責黨風廉政建設和糾正行業不正之風工作；負責完成領導交辦的其他工作。
10、辦稅服務廳（車輛購置稅）
負責貫徹執行車購稅征收管理法規、條例和規章，及上級制定的有關征收業務、工作制度和實施辦法；負責全市車購稅征收管理及有關政策、規定的貫徹落實和進行業務指導工作；負責全市車購稅憑證的請領、保管、發放、使用、收存、繳銷等管理工作，編制上報票證使用去向明細表及票證月報表；負責辦理全市汽車、掛車、免稅車輛的車購稅征收業務及異動、丟失補辦、換證和建檔工作；負責車購稅征管業務及政策的咨詢解釋工作；負責完成領導交辦的其他工作。
機關黨委辦公室：負責機關黨組織的換屆改選工作；負責發展黨員、接轉組織關系、收繳黨費工作；負責組織召開機關黨員大會，組織黨員學習教育活動；負責機關紀檢工作；負責機關綜合治理宣傳教育等工作；負責市局機關的工會工作，組織開展各種文體活動，組織開展各種競賽活動，活躍職工的文化生活；負責完成領導交辦的其他工作。 1、稽查局
負責對紅山區國家稅務局、松山區國家稅務局、赤峰市國家稅務局直屬稅務分局所轄企業涉稅案件實施稽查，負責對全市國稅系統大案、要案查處工作，負責組織、指導、協調和監督本系統的稅務稽查工作；負責對年度計劃確定的重點稅源企業和稅務違法案件的查處、審理、執行工作；組織貫徹稅務稽查規章制度，擬定具體實施辦法；負責稅收案件舉報的受理、轉辦；對下級稅收檢查情況進行復查復審；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查中的司法工作；負責金稅工程發票協查工作；負責牽頭組織稅收專項檢查工作；負責完成領導交辦的其他工作。內設機構7個：辦公室、綜合選案股、檢查壹股、檢查二股、檢查三股、案件審理股、案件執行股，級別均為正股級。
2、直屬稅務分局
直屬稅務分局負責紅山區轄區內增值稅壹般納稅人企業、匯總納稅的中央直屬企業，銀行及非銀行金融機構、涉外企業的稅收征管工作,為正科級非全職能分局。負責對所轄企業的稅收監控、管理和服務，負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅源預測和分析、重點稅源管理跟蹤監控、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、戶籍管理、政策送達、稅源調查催報催繳、數據采集分析、處理壹般性違規違章行為等。內設機構6個：辦公室、綜合業務股、稅源管理壹股、稅源管理二股、稅源管理三股、辦稅服務廳，級別均為正股級。 1、信息中心
負責全市國稅系統信息化建設的管理和指導工作，對各旗縣區局信息化建設工作進行目標考核；負責市局及基層局的各種電子信息的管理工作；負責全市國稅系統計算機網絡規劃、建設和安全工作，並對各旗縣區局的網絡建設項目進行審批；負責全市國稅系統軟件開發、推廣應用工作；負責全市國稅系統計算機基礎知識及操作技能的培訓工作；負責全市國稅系統計算機應用的技術保障和技術服務工作；負責完成領導交辦的其他工作。
2、機關服務中心
負責市局機關後勤服務、保障工作；負責機關財務管理、安全保衛及機關事務工作；負責機關基本設施、固定資產的管理；負責機關辦公樓水、暖、電的維修和保養；負責管理機關各種車輛及設施；負責完成領導交辦的其他工作。
3、票證中心
負責增值稅專用發票的計劃、領購、發售工作；負責普通發票的審批、印制、領購、發售管理和檢查工作；負責丟失、被盜、流失發票的管理工作；負責發票庫房的安全保衛值班工作；負責組織加油機稅控裝置的安裝、檢查及燃油稅專用憑證的領購、發放、檢查工作；負責完成領導交辦的其他工作。
4、內蒙古自治區國家稅務局赤峰培訓中心
負責實施內蒙古自治區國家稅務局及赤峰市國家稅務局部署的教育培訓工作；負責制定全市國稅系統幹部教育培訓規劃；負責對培訓中心事務管理，負責培訓的服務、食宿等工作；負責完成領導交辦的其他工作。 赤峰市旗縣（區）國家稅務局是主管赤峰市旗縣（區）國家稅收工作的正科級全職能局。旗縣（區）國家稅務局12個：
阿魯科爾沁旗國家稅務局、巴林左旗國家稅務局、巴林右旗國家稅務局、林西縣國家稅務局、克什克騰旗國家稅務局、翁牛特旗國家稅務局、喀喇沁旗國家稅務局、寧城縣國家稅務局、敖漢旗國家稅務局、元寶山區國家稅務局、松山區國家稅務局、紅山區國家稅務局。 副科級稅務分局15個：
阿魯科爾沁旗國家稅務局城鄉稅務分局、巴林左旗國家稅務局豐水山稅務分局、巴林右旗國家稅務局大板稅務分局、克什克騰旗國家稅務局經棚稅務分局、翁牛特旗國家稅務局烏丹稅務分局、翁牛特旗國家稅務局梧桐花稅務分局、喀喇沁旗國家稅務局乃林稅務分局、寧城縣國家稅務局天義稅務分局、寧城縣國家稅務局八裏罕稅務分局、元寶山區國家稅務局平莊稅務分局、元寶山區國家稅務局雲杉路稅務分局、松山區國家稅務局穆家營子稅務分局、松山區國家稅務局文鐘稅務分局、松山區國家稅務局紅花溝稅務分局、紅山區國家稅務局城區稅務分局。
稅務所37個：
阿魯科爾沁旗國家稅務局天山稅務所；巴林左旗國家稅務局林東稅務所、十三敖包稅務所、隆昌稅務所；巴林右旗國家稅務局寶日勿蘇稅務所；林西縣國家稅務局大井稅務所、林西稅務所、統部稅務所、新城子稅務所；克什克騰旗國家稅務局土城子稅務所、宇宙地稅務所、廣興源稅務所、達裏稅務所；翁牛特旗國家稅務局廣德公稅務所、烏敦套海稅務所、新蘇莫稅務所；喀喇沁旗國家稅務局牛營子稅務所、錦山稅務所、王爺府稅務所；寧城縣國家稅務局城關稅務所、瓦房稅務所、壹肯中稅務所；敖漢旗國家稅務局城區稅務所、新惠稅務所、四家子稅務所、下窪稅務所、哈沙吐稅務所；松山區國家稅務局安慶稅務所、當鋪地稅務所；紅山區國家稅務局西屯稅務所、站前稅務所、同濟稅務所、三中街稅務所、東城稅務所、城郊稅務所、橋北稅務所、紅廟子稅務所。級別均為正股級。
稅務分局（所）主要負責對所轄稅源的監控管理工作，對轄區內納稅人實行分類管理和有效服務。具體負責所轄納稅戶稅務登記及納稅申報的調查核實、進行稅收預測和分析、稅收宣傳、納稅輔導、稅收調研、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催報催繳、數據采集分析、組織實施納稅評估、處理壹般性違規違章行為和零星稅款的征收等，承辦上級局交辦的其他工作。