(1) 常用流程
(2) 樣品
(3) iTRAQ/TMT項目設計
體外等重同位素標記定量技術，可同時比較多個樣本之間的蛋白表達量差異（通常10個樣本以下）。
基本原則 ：
(4) Labelfree項目設計
Labelfree是通過比較肽段母離子質譜峰強度，分析不同來源樣品蛋白的表達量差異。該技術無需昂貴的同位素標記做內標。
基本原則 ：
（5）DIA項目設計
DIA是數據非依賴性采集定量技術，它將質譜整個全掃描範圍分為若幹個窗口，高速循環地對每個窗口中的所有離子進行選擇、碎裂及檢測，從而無遺漏、無差異地獲取樣本中所有離子的全部碎片信息。DIA無需指定目標肽段，掃描點數均勻，利用譜圖庫即可實現定性確證和定量離子篩選，並可實現數據回溯。
基本原則 ：
（6）各定量技術比較
從數據采集模式來說，iTRAQ/TMT和Labelfree都是傳統的DDA掃描，即在每個掃描周期內，只采集豐度最高的10-20個母離子信號的子離子碎片，其他信號的子離子信息丟失，因此覆蓋率低、隨機性高、重復性相對低；DIA掃描則在每個掃描周期內，將質量區間設置為多個區段window，每次采集window內所有母離子信息及其碎片（掃描速度足夠快），因此具有高覆蓋度、高重復性的特點。
（7）搜庫軟件
（1）色譜質控
進行蛋白質組學的研究，可從以下角度來分析：
（2）功能層面